New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 341 (1.190) | 16 (0.070) +TACATTATAAAATACATATC |
8/120 | NT | 6.7% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2479065 | 251 (0.870) | intergenic (+21/+119) | USA300HOU_RS12765/hrtA_2 | hypothetical protein/Putative hemin import ATP‑binding protein HrtA |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTATACTACTATGTCTTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2478975‑2479155 | cAAGCTATATGCATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCtttttt < 2:5651757/91‑1 (MQ=255) aGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTAc < 1:3999491/91‑1 (MQ=255) aGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTAc < 2:4280906/91‑1 (MQ=255) gCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACa > 2:1797305/1‑91 (MQ=255) atatGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTg > 2:1537667/1‑91 (MQ=40) tGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCt > 1:4059347/1‑91 (MQ=37) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |