New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2751374 | 312 (1.090) | 11 (0.040) | 9/146 | NT | 3.7% | intergenic (‑222/+39) | betA/gbsA | Oxygen‑dependent choline dehydrogenase/Betaine aldehyde dehydrogenase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2751393 | 285 (1.090) | intergenic (‑241/+20) | betA/gbsA | Oxygen‑dependent choline dehydrogenase/Betaine aldehyde dehydrogenase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
TCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTACTCTT > USA300TCH1516_ALE/2751303‑2751483 | cTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGc > 2:2657591‑M2/1‑90 (MQ=255) tATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGca < 1:4384249‑M2/91‑3 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac > 2:4318626‑M2/1‑88 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac > 1:4138408‑M2/1‑88 (MQ=255) gATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcactc < 1:1011183‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcactca > 1:3917973‑M2/1‑85 (MQ=255) cATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCt < 1:4019631/91‑1 (MQ=255) cATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTAGACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCt < 2:5437968/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCtt < 2:957542/91‑1 (MQ=255) ttttGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTa < 1:942481/91‑1 (MQ=255) tttGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTAt < 2:2229389/91‑1 (MQ=255) ttGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATc < 1:2370613/91‑1 (MQ=255) gCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTa > 1:4107347/1‑91 (MQ=255) gCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTa < 2:800593/91‑1 (MQ=255) gCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTa > 2:5129407/1‑91 (MQ=255) gCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTa < 2:1829492/91‑1 (MQ=255) cGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcactcactgtgttttg < 1:4476340‑M2/91‑17 (MQ=255) cGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTaa < 2:2774947/91‑1 (MQ=255) cGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTaa > 1:1434722/1‑91 (MQ=255) ttAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAAttt > 1:3725796/1‑91 (MQ=255) ttAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAAttt > 1:4960746/1‑91 (MQ=255) atttcAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAAttttt > 2:5001512/5‑91 (MQ=255) aGTCCAAAGTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAAttttt < 2:1457165/91‑1 (MQ=255) gTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTa < 2:4942833/91‑1 (MQ=255) cAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTAttt < 2:1420326/91‑1 (MQ=255) aaaTTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTAttcg < 2:2869898/91‑3 (MQ=255) aaaTTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTg > 1:2935585/1‑91 (MQ=255) aaaTTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTg > 1:3264025/1‑91 (MQ=255) aTTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCt < 2:1225586/91‑1 (MQ=255) aTTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCt < 1:3537689/91‑1 (MQ=255) tATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTaa < 1:5532853/91‑1 (MQ=255) tATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTaa < 2:1504249/91‑1 (MQ=255) tATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTaa < 1:3070389/91‑1 (MQ=255) tATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTaa < 1:192249/91‑1 (MQ=255) tATCAACCAACATTTCGCAACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGCCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGcgat < 2:1674837/91‑4 (MQ=255) tcaatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAAc > 2:4658433/1‑91 (MQ=255) tcaatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAAc < 1:5345202/91‑1 (MQ=255) caatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCATGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAAcc > 2:2622796/1‑91 (MQ=255) aatcaaCATTTCGCCACTTATACACAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCa > 1:5458089/1‑91 (MQ=255) aatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCa > 1:129245/1‑91 (MQ=255) aatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCa > 2:1165566/1‑91 (MQ=255) aatcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCa > 2:3756313/1‑91 (MQ=255) atcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCaa > 1:1649137/1‑91 (MQ=255) tcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAAt < 1:355020/91‑1 (MQ=255) tcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAAt < 2:671104/91‑1 (MQ=255) aaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTc > 1:1887582/1‑91 (MQ=255) aCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCa < 1:565634/91‑1 (MQ=255) aCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCa < 1:1127610/91‑1 (MQ=255) cATTTCGCCACTTATACAAAACACAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCAc < 2:2263465/91‑1 (MQ=255) aTTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACt > 2:5343340/1‑91 (MQ=255) ttCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATCCACTaa > 2:5170108/1‑91 (MQ=255) tCGCCACTTATGCAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCAGTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAAt > 2:5618314/1‑91 (MQ=255) tCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAAt < 1:1842831/91‑1 (MQ=255) cGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAAtt > 2:4221232/1‑91 (MQ=255) cACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATtgtg > 1:1209491/1‑91 (MQ=255) cACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATtgtg > 2:239084/1‑91 (MQ=255) cTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTggc > 2:3170732/1‑90 (MQ=255) tataCAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatt < 2:4443950/91‑1 (MQ=255) ataCAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGattt < 1:2449318/91‑1 (MQ=255) taCAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttg > 2:4003675/1‑91 (MQ=255) acaaaacaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgt < 1:4430682/91‑1 (MQ=255) caaaacaaaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgta > 1:1550565/1‑91 (MQ=255) caaaacaaaGCGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTAATTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGatttgta < 1:5620295/91‑1 (MQ=255) aaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTa < 1:255464/91‑1 (MQ=255) aaGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTa > 1:4877232/1‑91 (MQ=255) agtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaa > 2:3278452/1‑91 (MQ=255) agtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaa > 2:105852/1‑91 (MQ=255) agtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATAGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaa < 2:2134359/91‑1 (MQ=255) gtgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaa < 2:3867251/91‑1 (MQ=255) tgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaaa < 1:2113789/91‑1 (MQ=255) tgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaaa > 1:3171244/1‑91 (MQ=255) tgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaaa > 1:3392084/1‑91 (MQ=255) tgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaaa > 1:5191831/1‑91 (MQ=255) tgagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTaaaa > 1:670915/1‑91 (MQ=255) gagtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAAt < 1:4815349/91‑1 (MQ=255) agtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAAtg < 1:5090231/91‑1 (MQ=255) agtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAAtg < 1:1359556/91‑1 (MQ=255) agtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAAtg > 2:1319367/1‑91 (MQ=255) 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tACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAgg < 2:2521240/91‑1 (MQ=255) tACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAgg < 1:2636982/91‑1 (MQ=255) aCAATGGcactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatcatagattatttcattac > 2:3186928‑M2/1‑7 (MQ=255) aCAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGt > 1:1055125/1‑91 (MQ=255) cAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTa > 1:2328969/1‑91 (MQ=255) cAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTa > 2:3388657/1‑91 (MQ=255) cAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTa > 2:2032192/1‑91 (MQ=255) aaTGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTAc < 2:4123138/91‑1 (MQ=255) aaTGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTAc < 2:5307597/91‑1 (MQ=255) aaTGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTAc > 1:2388255/1‑91 (MQ=255) tGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGCTTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTAGAAACAACGTActc > 1:4700287/1‑91 (MQ=255) tGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTActc < 2:5551109/91‑1 (MQ=255) tGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTActc > 1:2044563/1‑91 (MQ=255) gCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTACtctt > 2:3544007/1‑91 (MQ=255) | TCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGTTTTGAAACAAGGTACTCTT > USA300TCH1516_ALE/2751303‑2751483 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |