New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 2854319334 (1.160)10 (0.040) 9/150 NT 2.9% intergenic (+17/+396) yflS/USA300HOU_RS14625 Putative malate transporter YflS/hypothetical protein
?USA300TCH1516_ALE = 2854338 359 (1.330)intergenic (+36/+377) yflS/USA300HOU_RS14625 Putative malate transporter YflS/hypothetical protein
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 443 total aligned reads displayed.

ATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTC  >  USA300TCH1516_ALE/2854249‑2854428
                                                                                         |                                                                                          
 ttatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgc                                                                                          >  1:2347002‑M2/1‑89 (MQ=255)
 ttatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTGAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgc                                                                                          >  2:3600575‑M2/1‑89 (MQ=255)
  tatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcg                                                                                         >  2:2239149‑M2/1‑88 (MQ=255)
   atCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgc                                                                                        >  1:2731909‑M2/1‑87 (MQ=255)
    tCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgct                                                                                       >  1:962179‑M2/1‑86 (MQ=255)
     cTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtt                                                                                      >  1:5550251/1‑91 (MQ=255)
      tGGATTGGTTTAGGATCACGTTGGATGAAAGTAATTTGTATATTTTAAAATAGTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttt                                                                                     <  2:4199529/91‑1 (MQ=255)
       ggATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtttt                                                                                    >  2:1997049/1‑91 (MQ=255)
       ggATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtttt                                                                                    >  1:843558/1‑91 (MQ=255)
       ggATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtttt                                                                                    >  1:4589689/1‑91 (MQ=255)
       ggATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtttt                                                                                    <  1:2543760/91‑1 (MQ=255)
        gATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttttt                                                                                   <  2:817274/91‑1 (MQ=255)
         aTTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTa                                                                                  <  1:3131176/91‑1 (MQ=255)
           tGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAAt                                                                                >  1:100414/1‑91 (MQ=255)
            ggTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAAtt                                                                               <  2:5433925/91‑1 (MQ=255)
              tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg                                                                             <  1:3458463/91‑1 (MQ=255)
              tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg                                                                             >  1:4223646/1‑91 (MQ=255)
              tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg                                                                             <  2:2504469/91‑1 (MQ=255)
              tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg                                                                             <  2:539219/91‑1 (MQ=255)
               ttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGt                                                                            <  1:1715090/91‑1 (MQ=255)
               ttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGt                                                                            >  2:1587669/1‑91 (MQ=255)
                tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa                                                                           >  2:4956881/1‑91 (MQ=255)
                  ggATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTAtt                                                                         >  1:3071273/1‑91 (MQ=255)
                  ggATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTAtt                                                                         <  2:3171752/91‑1 (MQ=255)
                      cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa                                                                     >  2:2585380/1‑91 (MQ=255)
                      cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa                                                                     >  1:5276968/1‑91 (MQ=255)
                      cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa                                                                     >  1:4456688/1‑91 (MQ=255)
                       aCTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTTGAATCTCATTCATTTTGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaaa                                                                    >  2:5595840/1‑91 (MQ=255)
                       aCTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaaa                                                                    >  1:4323618/1‑91 (MQ=255)
                        cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAATATATTTACATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTCTGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt                                                                   <  2:3473203/91‑1 (MQ=255)
                        cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt                                                                   <  2:2311094/91‑1 (MQ=255)
                         tttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATc                                                                  <  2:3094260/91‑1 (MQ=255)
                          ttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCa                                                                 >  1:468809/1‑91 (MQ=255)
                            ggATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAAc                                                               >  2:4543096/1‑91 (MQ=255)
                              aTGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCt                                                             <  2:4862875/91‑1 (MQ=255)
                              aTGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCt                                                             <  2:1119197/91‑1 (MQ=255)
                              aTGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCt                                                             <  1:2808477/91‑1 (MQ=255)
                                gAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCttt                                                           >  1:1078939/1‑91 (MQ=255)
                                 aaaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTg                                                          <  1:2381838/91‑1 (MQ=255)
                                  aaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGc                                                         >  1:762588/1‑91 (MQ=255)
                                    gTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTa                                                       >  1:4779362/1‑91 (MQ=255)
                                      aaTTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTaaa                                                     >  1:3741475/1‑91 (MQ=255)
                                          ggTATATTTTAAAATATTTAAATTAGTGCTCGACTCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCaa                                                 >  1:5620806/1‑91 (MQ=255)
                                          ggTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCaa                                                 >  2:1706247/1‑91 (MQ=255)
                                           gTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAg                                                >  2:1815195/1‑91 (MQ=255)
                                            tataTTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGa                                               >  2:5470817/1‑91 (MQ=255)
                                             atatTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGAc                                              <  1:2627765/91‑1 (MQ=255)
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                                             atatTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGAc                                              <  2:430155/91‑1 (MQ=255)
                                              tatTTTAAAATATTTTAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACt                                             <  2:4343054/91‑1 (MQ=255)
                                              tatTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACt                                             <  1:2124378/91‑1 (MQ=255)
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                                               atTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTc                                            >  1:5417266/1‑91 (MQ=255)
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                                                ttttAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTcc                                           <  1:3944496/91‑1 (MQ=255)
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                                                ttttAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTcc                                           <  2:2154329/91‑1 (MQ=255)
                                                 tttAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTccc                                          <  1:893358/91‑1 (MQ=255)
                                                 tttAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTccc                                          <  1:142834/91‑1 (MQ=255)
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                                                        tatTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTaa                                   >  1:4078538/1‑91 (MQ=255)
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                                                           ttAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAAt                                <  1:1329216/91‑1 (MQ=255)
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                                                            tAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATa                               >  2:4901843/1‑91 (MQ=255)
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                                                              aaTTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACg                             <  1:5078170/91‑1 (MQ=255)
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                                                              aaTTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACg                             >  1:538924/1‑91 (MQ=255)
                                                                ttAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGtt                           <  2:1360973/91‑1 (MQ=255)
                                                                ttAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGtt                           <  1:1997049/91‑1 (MQ=255)
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                                                                   gcgcTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTAt                        <  2:4006930/91‑1 (MQ=255)
                                                                    cgcTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATc                       >  1:3835228/1‑91 (MQ=255)
                                                                    cgcTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATc                       >  1:1921202/1‑91 (MQ=255)
                                                                    cgcTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATc                       >  2:3573671/1‑91 (MQ=255)
                                                                    cgcTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATc                       >  1:4920511/1‑91 (MQ=255)
                                                                      cTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCt                     <  2:5550251/91‑1 (MQ=255)
                                                                       tCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCtt                    <  2:2857776/91‑1 (MQ=255)
                                                                       tCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCtt                    <  2:337446/91‑1 (MQ=255)
                                                                        cGAATCTCATTGATTTGGgcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccagataataa                   <  1:5359750‑M2/91‑74 (MQ=255)
                                                                        cGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCttt                   <  1:602660/91‑1 (MQ=255)
                                                                        cGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCttt                   >  2:2679960/1‑91 (MQ=255)
                                                                         gAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTa                  <  1:1565388/91‑1 (MQ=255)
                                                                         gAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTa                  <  2:4581543/91‑1 (MQ=255)
                                                                           aTCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTaaa                <  1:1182399/91‑1 (MQ=255)
                                                                           aTCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTaaa                <  2:5202981/91‑1 (MQ=255)
                                                                              tcATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCATTTAAATCa             >  2:5362965/1‑91 (MQ=255)
                                                                               cATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTTATATTTGTTTATCCTTTAAATCAt            >  2:4417912/1‑91 (MQ=255)
                                                                               cATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCAt            <  1:3373445/91‑1 (MQ=255)
                                                                                 ttGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTg          <  2:3812670/91‑1 (MQ=255)
                                                                                  tGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGc         >  1:2176040/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    aTTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGt       >  2:1650845/1‑91 (MQ=255)
                                                                                       tGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCt    >  2:4687299/1‑91 (MQ=255)
                                                                                        gggCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCtt   >  1:1871105/1‑91 (MQ=255)
                                                                                        gggCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAAGCATTGCGTGCtt   >  2:3759051/1‑91 (MQ=255)
                                                                                         ggCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTc  <  1:3279387/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         ggCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTc  >  2:662119/1‑91 (MQ=255)
                                                                                         |                                                                                          
ATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTC  >  USA300TCH1516_ALE/2854249‑2854428

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.