| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 12551 | NA (NA) | 82 (0.110) | 20/170 | 27.5 | 22.6% | coding (45/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0016 | IS257 transposase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 36492 = | 297 (0.900) | coding (60/675 nt) | USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
AAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTgtagc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/12462‑12551‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAA > USA300TCH1516_ALE/36492‑36586 AAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG < 1:1903218/91‑1AAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG > 1:32044/1‑91AAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG > 2:1056853/1‑91AAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG > 2:1611918/1‑91AAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |