New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | = 512004 | 147 (0.820) | intergenic (+72/‑6691) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
AAGTGACGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTG > USA300TCH1516_ALE/511832‑512111 | aaGTGACGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAA < 1:1147244‑M1/141‑1 (MQ=255) aaGTGACGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAA < 3:84276‑M1/141‑1 (MQ=255) aGTGGCGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGACGTTTCGCGTATGCTCACGAAGAAACCTTAAGTACAGCCATCGAAGATAGGAAATAAATGTAATAACTTCTAATAAACGTTTGTAATTATCATACTATAGTAAg < 4:311891/141‑1 (MQ=255) aGTGACGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAg < 3:276426/141‑1 (MQ=255) aGTGACGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAg < 2:14476/141‑1 (MQ=255) gTGACGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGa < 2:488656/141‑1 (MQ=255) tGACGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGaa > 2:521865/1‑141 (MQ=255) tGACGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGaa > 1:350676/1‑141 (MQ=255) aCGAGATTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGaaaa < 1:111177/141‑1 (MQ=255) agaTTAGCACAAGGGTTATCGGTAGGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTc > 4:536770/1‑141 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |