| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 176 (0.960) | 3 (0.020) | 3/232 | NT | 1.9% | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2830247 = | 147 (0.880) | intergenic (+75/+372) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA > USA300TCH1516_ALE/2830050‑2830330 | atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAC < 1:419271‑M1/141‑1 (MQ=255) ggaaagtcaggttacaataatgtgcaagttggggtgggacgacgaaataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAaca > 3:561205‑M1/137‑141 (MQ=255) atCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 3:667731‑M1/141‑1 (MQ=255) cACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGC > 2:913178‑M1/1‑141 (MQ=255) agtcaggttacaataatgtgcaagttggggtgggacgacgaaataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcgcg > 4:684211‑M1/133‑141 (MQ=255) agtcaggttacaataatgtgcaagttggggtgggacgacgaaataaattttgcgaaaatatcatatctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcgcg < 2:995218‑M1/9‑1 (MQ=255) actactATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCG > 1:268245‑M1/1‑141 (MQ=255) gtcaggttacaataatgtgggagttggggtgggacgacgaaataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcgattagaatatatgtataacaatattAAACACGCgg > 1:982972‑M1/132‑141 (MQ=255) gtcaggttacaataatgtgcaagttggggtggggagacgaaataaattttgcgaagatctcatttctgaccaactcacattggcaattacgaagtttaaatgtgcaattagaataaatgtataacaatattAAACACGCgg > 1:1074458‑M1/132‑141 (MQ=255) gtcaggttacaataatgtgcaagttggggtgggacgacgaaataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCgg > 2:1095242‑M1/132‑141 (MQ=255) taTTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTggg < 3:341986/141‑1 (MQ=255) tttCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGc < 4:473150/140‑1 (MQ=255) ttCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCg < 4:161234/141‑1 (MQ=255) tCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa < 2:505540/141‑1 (MQ=255) cATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGaa > 1:381387/1‑141 (MQ=255) tttAGGATTATGTATTGATGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc < 1:510037/141‑1 (MQ=255) ttAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCa < 3:454192/141‑1 (MQ=255) ggATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGtt > 1:1133808/1‑141 (MQ=255) aTTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTg < 3:696825/141‑1 (MQ=255) aTGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAAt < 1:1495726/141‑1 (MQ=255) tGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAAtt > 2:1187063/1‑141 (MQ=255) tataGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtga < 2:1350786/141‑1 (MQ=255) tataGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtga < 2:1574043/141‑1 (MQ=255) taGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGACAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:867005/1‑141 (MQ=255) taGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:743479/1‑141 (MQ=255) aGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactg > 1:1609911/1‑141 (MQ=255) gtgtCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactgcc < 2:457020/141‑3 (MQ=255) gtCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt > 2:181792/1‑141 (MQ=255) gtCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt < 3:655441/141‑1 (MQ=255) tCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAAACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGAATTACTTc > 2:1201139/1‑141 (MQ=255) ggCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGt < 1:922266/141‑1 (MQ=255) ggCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGt > 4:284565/1‑141 (MQ=255) gCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt > 3:497768/1‑141 (MQ=255) gacgaaataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 3:143353‑M1/97‑141 (MQ=255) cATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 2:731372/1‑141 (MQ=255) tGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa < 1:93065‑M2/141‑2 (MQ=255) atatTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTacc > 2:775140‑M2/1‑138 (MQ=255) tatTGCGTGAATTCTATATCTTTATGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccg > 2:845747‑M2/1‑137 (MQ=255) tatTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccg > 1:183808‑M2/1‑137 (MQ=255) ttGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcg < 1:727541‑M1/141‑42 (MQ=255) ttGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcg < 1:564363‑M1/141‑42 (MQ=255) ttGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcg < 1:1440669‑M2/141‑7 (MQ=255) tGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgt > 3:284565‑M2/1‑134 (MQ=255) cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgt < 2:1329072‑M2/141‑10 (MQ=255) cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgt < 3:44761‑M2/141‑10 (MQ=255) tGAAGTCTATAACTTTAGGTTGTTTGTTGGAAAACAACGACATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTACTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAATTCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCTCTTGttt > 4:329570/1‑141 (MQ=255) gAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTa < 3:259365/141‑1 (MQ=255) aaTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa < 3:92703/141‑1 (MQ=255) aaTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa < 1:1389214/141‑1 (MQ=255) aTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAat > 3:406340/1‑141 (MQ=255) ttCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaa < 1:1037025‑M1/141‑51 (MQ=255) ttCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAata < 1:117860/141‑1 (MQ=255) tCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAatat < 1:646010/141‑1 (MQ=255) cTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATAtt < 2:268245/141‑1 (MQ=255) cTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATAtt < 1:932686/141‑1 (MQ=255) tatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGtt > 3:664066/1‑141 (MQ=255) aGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata > 1:606893/1‑141 (MQ=255) ggattattaTTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTAACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatat > 2:1528901/4‑141 (MQ=255) tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTACTGCTTAGTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat > 3:515967/1‑141 (MQ=255) tattatTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTc < 3:419405/141‑1 (MQ=255) tattatCGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTc < 2:1580764/141‑1 (MQ=255) attGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAt > 1:1298973/1‑141 (MQ=255) tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTg > 4:451372/1‑141 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc > 2:6339/1‑141 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc > 2:215412/1‑141 (MQ=255) aaaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGcac > 2:1145265/1‑141 (MQ=255) aacaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt < 1:1040086/141‑1 (MQ=255) caacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt > 4:65087/1‑141 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTggg < 1:99955/63‑1 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccacc > 3:209371‑M1/1‑60 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTaa < 1:537302/139‑1 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTaa > 2:537302/1‑139 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA < 2:662883‑M1/51‑1 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA > 1:662883‑M1/1‑51 (MQ=255) atatAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACt < 1:1285593/141‑1 (MQ=255) atatAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACt > 2:1151482/1‑141 (MQ=255) ataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTc > 2:805643/1‑141 (MQ=255) taAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCg < 2:1499998/141‑1 (MQ=255) aaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatt > 4:213364‑M1/1‑51 (MQ=255) aaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACACTTAAACTTCGTa > 1:1090981/1‑141 (MQ=255) aaCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGc > 4:523216/1‑141 (MQ=255) aaCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGc > 1:1567394/1‑141 (MQ=255) aaCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGc > 1:1155276/1‑141 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact < 1:1562330/67‑1 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCaa > 2:1229735/1‑141 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCaa < 2:518848/141‑1 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCaa < 1:212494/141‑1 (MQ=255) ttAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAAt < 2:40614/141‑1 (MQ=255) tGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGa < 2:839233/141‑1 (MQ=255) tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTgg > 1:812925/1‑141 (MQ=255) taattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGAc < 2:93065/141‑1 (MQ=255) aattattaaGCTATGTGAAAAACACGCGGTGGGCAAAATCAGTTTGAATTTACTGACTTCGTTGTACCGCGTGTTTAATATTATTATACATATATTCTAATTGCACATTTAGACTTCGTAAATGCCAATGGCAGTGGGACa > 4:135951/1‑141 (MQ=255) tattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGaa < 4:515967/141‑1 (MQ=255) aGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGat > 4:612433/1‑141 (MQ=255) aGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGat > 2:291885/1‑141 (MQ=255) cTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGatat > 4:405257/1‑141 (MQ=255) aaaCACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaatttctatggttgttttccaatactaaacctaaagatatagaattca > 2:1283351‑M1/1‑11 (MQ=255) aaaCACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaatttatatggttgttttccaataataaacctaaagatatagaattca > 2:384557‑M1/1‑11 (MQ=255) AAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt > 4:58809‑M1/1‑44 (MQ=255) AAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCaaa > 3:368986‑M1/1‑141 (MQ=255) | GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA > USA300TCH1516_ALE/2830050‑2830330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |