New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2872581 | 193 (1.160) | intergenic (‑117/+10) | rnpA/rpmH | Ribonuclease P protein component/50S ribosomal protein L34 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCGTTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAGTACGT > USA300TCH1516_ALE/2872441‑2872720 | tttAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCGTTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAg > 2:1461679/1‑141 (MQ=255) tttAATTCGGTAAGCATTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCGTTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATAAAAAAAAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAg < 2:1609941/141‑1 (MQ=255) ttAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCGTTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGt > 1:1174167‑M2/1‑140 (MQ=255) aaTTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCGTTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGtca < 1:262930‑M2/141‑4 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tCACAGA‑TGAGacagcgatcttttttttcgcttaaattaagaataaatagaaatttatgttataagctcaatagaagtttaaatatagcttcaaataaaaacgaaaaataagcgagagatgtgattggaaaaagcttaccg < 2:551570‑M2/141‑131 (MQ=255) cACTGA‑TGAGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGAt > 2:782533/1‑141 (MQ=255) aCTGA‑TGAGtcagtgatcttttttttcgtttaaattaagaataaat < 2:1491915‑M2/46‑38 (MQ=255) aCTGA‑TGAGtcagtgatcttttttttcgtttaaattaagaataaat > 1:1491915‑M2/1‑9 (MQ=255) cTGA‑TGAGtcagtgatcttttttttcgtttaaattaagaataaatagaaatttatgttataagctcaatagaagtttaaatatagcttcaaataaaaacgataaataagcgagtgatgttattggaaaaagcttaccgaat < 1:440662‑M2/141‑134 (MQ=255) tga‑tgaGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAg < 2:1249056/141‑1 (MQ=255) a‑tgaGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAGTa < 1:1409611/141‑1 (MQ=255) gaGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAGTACg < 3:518368/141‑1 (MQ=255) | TTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCGTTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAGTACGT > USA300TCH1516_ALE/2872441‑2872720 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |