New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 18 (0.640) | 6 (0.250) | 4/244 | 2.9 | 28.7% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 14 (0.570) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
TGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAA > USA300TCH1516_ALE/895648‑895922 | tGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGCTGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTACAGTTa > 2:294769/1‑140 (MQ=255) ttttcaagggcaaaagaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaattatt > 1:141633‑M1/136‑140 (MQ=255) cGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTAAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAattatt > 2:242640/1‑140 (MQ=255) ttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTcc < 1:214956‑M1/7‑1 (MQ=255) tcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTc < 1:198268‑M1/6‑1 (MQ=255) tcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTc > 2:198268‑M1/133‑138 (MQ=255) aagggcaaaaaaatggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGc > 1:69718‑M1/131‑140 (MQ=255) aagggcaaaaaaagggaataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGc > 1:186526‑M1/131‑140 (MQ=255) tCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAaat > 1:225834/1‑140 (MQ=255) cataattAATTGCGGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCaa < 2:95618/135‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTTAAAGAAGTACATCAAGATGATAAGAAAATTAAAGACTTGCTGGAAGTATTACAATCTAAAGATATTTAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaata < 2:197129/140‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTATTGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaata < 1:189046/140‑1 (MQ=255) tGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATaaaa > 1:256036/1‑140 (MQ=255) aagaagGACATCGAGATGAAAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCtt < 2:90065/140‑1 (MQ=255) agggtatgaataataaattatcttaaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcacttgaacttccttgataatctgactaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATCCCATTTAAAaac < 2:20869‑M1/48‑1 (MQ=255) aCATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCACTAATTGAAGTATTACAATCCAAAGATATTAAAGACTTCATTAAGGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCAGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATaac < 2:22812/140‑1 (MQ=255) aTCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCCTTGGATGAAGGATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCATTAATaacaa > 2:149911/1‑140 (MQ=255) aaaGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAACGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATCAAGGGGTTATTTTtg > 2:190436/1‑140 (MQ=255) ttGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTGTTGGGTTATTGag > 1:44557/1‑139 (MQ=255) tGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGaaa < 1:224426/140‑1 (MQ=255) atgtatatataacaatgttttgattgcccttgaacttcctttataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATaa > 2:166211‑M1/56‑140 (MQ=255) atgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttactggataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATAACAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATaa > 2:1105‑M1/56‑140 (MQ=255) ttCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGc < 2:256036/140‑1 (MQ=255) tCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGACa > 1:55870/1‑140 (MQ=255) aaGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGTAAATAAAAAAAATCACAAAATGAGCAGt > 1:204882/1‑140 (MQ=255) tgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTAATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACACAAGGGGCAGtat < 1:219493‑M1/109‑1 (MQ=255) gCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaaaa > 1:10974/1‑140 (MQ=255) gCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGAGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaaaa > 1:311602/1‑140 (MQ=255) aaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAATAAGGTCACAAAAGGTGTTGTTTATGCAAATTATCGAATTTTAAACaaaaaa < 1:106585‑M1/138‑1 (MQ=255) aaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaaaaaa < 1:320475‑M1/138‑1 (MQ=255) | TGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAA > USA300TCH1516_ALE/895648‑895922 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |