| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 18 (0.640) | 6 (0.250) | 4/244 | 2.9 | 28.7% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 14 (0.570) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
TTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCT > USA300TCH1516_ALE/909606‑909878 | ttttCAAGGGCAAAAGAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttatt > 1:141633‑M2/1‑135 (MQ=255) ttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcc < 1:214956‑M2/140‑8 (MQ=255) tCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattc < 1:198268‑M2/138‑7 (MQ=255) tCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattc > 2:198268‑M2/1‑132 (MQ=255) aaGGGCAAAAAAATGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgc > 1:69718‑M2/1‑130 (MQ=255) aaGGGCAAAAAAAGGGAATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgc > 1:186526‑M2/1‑130 (MQ=255) aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTaaataaat < 1:18006/140‑1 (MQ=255) aggataTAATTTTGAAACAAAGGGAAAGAGTATGAATAATAACTTATATTGAAAATATTATACAAAACTATTTAAAAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCATGATAATATGTTAATTTATTTCTTCTAAATAAATCat < 2:84992/135‑1 (MQ=255) gCATAATTTTGAAACAAAGGTCAATGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATAtt < 1:83614/140‑1 (MQ=255) gAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAg > 2:167431/1‑140 (MQ=255) aaaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTGAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACg > 2:276014/1‑140 (MQ=255) aGGGTATGAATAATAAATTATCTTAAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCACTTGAACTTCCTTGATAATCTGACTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatcccatttaaaaac < 2:20869‑M2/140‑49 (MQ=255) tGAATAATAAATTATCTTGAAGATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGc < 1:57273/140‑1 (MQ=255) aataatAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtt > 2:273192/1‑140 (MQ=255) aTGTATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTTATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataa > 2:166211‑M2/1‑55 (MQ=255) aTGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTACTGGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataacaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataa > 2:1105‑M2/1‑55 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAATTAGATCATATTAATTGCTCAGTATCGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt < 1:12021/140‑1 (MQ=255) tggATTGCCCTTGAACTTCCTTAATAATCTGGCTAATTATTACTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt < 2:20811/138‑1 (MQ=255) gttggtccTTGAATATACTTGTTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCTTATTAATTGCTCAGTAACTTTATTTTGCTGTGCTTTTTAATTTATACTGTTATTTATATGATATTTAGGAATTAGATTCTATTAc < 2:253451/134‑1 (MQ=255) tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggtaatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacacaaggggcagtat < 1:219493‑M2/140‑110 (MQ=255) cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa < 1:296989/140‑1 (MQ=255) tGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTCAAATCCTATatgcatgc > 2:190711/1‑140 (MQ=255) tGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAAAAGGTATTTAGATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatac > 2:198632/1‑138 (MQ=255) tGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGAGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTCAACAGGTAGTTATATGATATTTAGCAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTCAAATCCTATatgcatgc > 2:198622/1‑140 (MQ=255) aattattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaataaggtcacaaaaggtgttgtttatgcaaattatcgaattttaaacaaaaaa < 1:106585‑M2/140‑139 (MQ=255) aattattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaaaaa < 1:320475‑M2/140‑139 (MQ=255) | TTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCT > USA300TCH1516_ALE/909606‑909878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |