| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 170 (0.760) | 110 (0.740) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
58/166 | NT | 49.0% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
ACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAA > USA300TCH1516_ALE/1998145‑1998411 | cAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaa < 2:816417/134‑1 (MQ=37) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaaa > 1:2291956/1‑134 (MQ=40) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGATAATTCTCCGATTTaaaa > 1:441129/1‑134 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt > 1:2602300/1‑134 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt > 2:2093463/1‑134 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAACATGCCTgg > 2:581303/1‑134 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:2030669/1‑134 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:2032563/1‑134 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCCACCCTCTGCTTGTAAGGAAGAAGCTCACCCAGCTGAGCTAATTATCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:2837912/1‑134 (MQ=14) ctctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc > 1:2684638/1‑134 (MQ=255) tacgagttGGGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGGGGAGAATGACGGGTTCGACCCGCAGGAAGTAAGCGTTGAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:1753146/128‑1 (MQ=17) tACCAATTGAGCTAGGCCTGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCTAACCGCCGACTCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 1:296364/134‑1 (MQ=255) gatggAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTc < 1:1598976/130‑1 (MQ=255) tGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAc > 1:36533/1‑134 (MQ=255) tGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGACAAATGCTCTACCAAATGAGCTAATTATACGATACAAAACTGCCTGGAAACGTTCTAc > 1:2553169/1‑134 (MQ=17) cTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTa > 2:2444922/1‑134 (MQ=255) cTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTACAAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTa > 1:1562424/1‑134 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAg > 2:882159/1‑134 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTacc > 2:489601/1‑132 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGc > 2:846876/1‑134 (MQ=255) gCAATATGTAAGAATAAATGGTTGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCTGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:2798361/134‑1 (MQ=255) aaTATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAACTAATAATCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa > 1:352251/1‑134 (MQ=255) aaTATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATACTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa > 1:2303893/1‑134 (MQ=255) tatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAg < 2:2599484/134‑1 (MQ=255) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTAGAACCGCCGACCCTCTGCTGGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGACAAGTAAGtt > 2:1078159/1‑134 (MQ=17) gTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGCACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCAGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCCGAACGTAAGTTc > 2:2533368/1‑134 (MQ=255) gAATAAATTGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGTTATTTGTTCTTTCAGTTGTGCTAATTCTTAGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt < 1:727774/134‑1 (MQ=17) gAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGTTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt < 1:2209986/134‑1 (MQ=255) gAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt > 1:2048621/1‑134 (MQ=255) ctAAATTGGGGAGCATGAAGGGGTTGAACTGCGGATCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:1615594/133‑1 (MQ=14) aTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:1828758/134‑1 (MQ=255) tAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTCCTTTCGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 2:1044085/134‑1 (MQ=255) caaaTGGTGCAGTATGACTGTTTCGAACCGCCGGCCCTCTTCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTCACACTGCCTGGCAACGTTCTGCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 2:2013998/133‑1 (MQ=14) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTCCGACTACCAt > 2:644605/1‑134 (MQ=255) aTGGTGGAGAATGACGGGTTAGAACAGCAGATGCTCGGCTTGTGAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc > 1:1245622/1‑134 (MQ=14) ggtggAGAATGAGGGGTTCGAGCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGa < 2:119202/134‑1 (MQ=255) ggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGa > 1:2110073/1‑134 (MQ=255) gtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCCTCGAc > 2:1457705/1‑134 (MQ=255) gtggAGAATGAAGGATACGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTCCGGCAGATGCACACCTACATGCACTAATACGCCGGTTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTCCGACTACCATCGAc > 2:2795111/1‑134 (MQ=14) tgaagaATGAGGGGTTCGAACCGGTTACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGATCTAATGCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGAAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 2:363694/131‑1 (MQ=14) 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aaTTCTCCGATTTAAATCTGTCTGGCAACGTTCTACTCTACCGGAACGTAAGTTCGACTTCCATTGTTGTTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:131485/134‑1 (MQ=14) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:1831336/134‑1 (MQ=255) ttgtcCGATTTTAAACTGCCTTGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTAGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:1078159/131‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTTTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 1:2667396/134‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAAAGGTTGTACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat > 2:1879147/1‑134 (MQ=255) tgcGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat < 2:1923904/132‑1 (MQ=39) gagATTTAAAGCTGCCTGGCAACGTTCTACTATAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:2166994/132‑1 (MQ=255) ccGATTTAAAACTGCGTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:2105951/134‑1 (MQ=255) ccGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 1:1922655/134‑1 (MQ=40) aTTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTTTTCTAGCGTATTGTAAGTTTGACTTACTTCTACGATAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAt < 1:1651939/134‑1 (MQ=11) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTATCGGCACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGACATGGGAACAGGTGTGACATCATTGCTATAGTCACCCGACATATGAATGtc > 1:2634707/1‑133 (MQ=11) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCTACGCTAATGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACCAGTGTAACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACCGATGCATGTaa > 2:391734/1‑134 (MQ=11) | ACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAA > USA300TCH1516_ALE/1998145‑1998411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |