| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 1177 | 813 (0.940) | 5 (0.010) | 4/268 | 47.0 | 0.64% | coding (18/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1180 | 782 (0.950) | coding (15/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/1032‑1177‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctggcAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGAC < NC_012417/1180‑1041 AAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTT > 2:8223/1‑141AAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTT < 1:194339/141‑1AAAAGTACGGGCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATCTTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTT < 1:26781/141‑1 tAAGTACTGGCTTATTTTTGTGACATATTCTGTATGTAGTTTCACAATAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGTTTTCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 2:168327/140‑1 AAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 2:236570/141‑1 AAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 1:302909/141‑1 AAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 2:64065/141‑1 AAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 1:253776/141‑1 AAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 1:116822/141‑1 AAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGGGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 1:373/141‑1 AAAGTACTGTCTTAGTTTTGTGACAAATGATGGATGTAGTGTAAAAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 2:143944/141‑1 AAAGTACTGTCGTATTTTTGTGACAAATGTTGTATGTAGTGTCACAGAAACAAAACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTC < 2:214514/141‑1 AAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCT < 1:203523/141‑1 AAGTACTGACTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCT < 1:234097/141‑1 aggACTGTCTTAGTTATGTGAAAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTG < 2:290589/138‑1 AGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATACGACAGTACAGCTTTGTCTGATCTCCTGATAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTG > 1:190880/1‑141 AGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAATACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAAACTATGGAATTTCTG > 2:44189/1‑141 AGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGACTTTCTG < 2:248893/141‑1 AGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTG < 1:205851/141‑1 AGTACTGTCTTAGTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACCAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTG < 2:149721/141‑1 AGTACTGGCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTG < 2:174499/141‑1 AGTACTGGCTTATTTGTGTGACAGAGGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAAGACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTG < 2:80125/141‑1 GTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGG > 1:137685/1‑141 GTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGG > 1:90221/1‑141 tatTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC < 2:269405/138‑1 cACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC < 1:149420/140‑1 TACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTCTGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC > 1:12705/1‑141 TACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC < 1:10859/141‑1 TACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC < 2:167672/141‑1 TACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC < 1:211842/141‑1 TACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATAACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGt > 2:251534/1‑140 TACTGTCTTATTTTGGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC < 2:166500/141‑1 TACTGTCTGATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC > 1:14107/1‑141 CTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGCCAAACGCCATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTATGGATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAAACCATGGAATTTATGGatt > 2:208826/1‑138 CTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCAA < 1:179652/141‑1 CTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCAA < 2:297213/141‑1 TTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCAAAGCCAGAAAT > 2:226487/1‑141 CAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAA < 1:226487/141‑1 TATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCAAAGCCAGAAATTCCAGGCGTTTCAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAACGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAAATATATTGAGTTTGTCTTATTT > 2:56565/1‑141 atgggttTGGTAAAGCCAGAAATTCCATGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTTTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACA < 2:206589/134‑1 TCTGGCAAAGTCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAAT < 2:98041/141‑1 TCTGGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAAT < 1:274224/141‑1 CTGGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATA < 2:207839/141‑1 CTGGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATA > 1:278328/1‑141 CTGGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATA < 1:258742/141‑1 TGGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGAATTTGTCACAAAAATAA > 2:46120/1‑141 GGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGCCACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAACAATAAt > 1:62709/1‑140 GGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTTTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAG > 2:35204/1‑141 GGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAG > 1:261417/1‑141 GGCAAAACCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCAAAAAGAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAG < 1:207582/141‑1 GCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACACAAATAAGA > 2:78284/1‑141 CAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACTAAGCTGTTCTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGAC < 1:11162/141‑1 CAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGAa > 1:195074/1‑140 CAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGAC > 1:292639/1‑141 CAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGAC < 1:278233/141‑1 AAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/1032‑1177‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctggcAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTTGTGACACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGAC < NC_012417/1180‑1041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |