| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 2937 | 607 (1.010) | 3 (0.010) | 3/246 | 34.3 | 0.53% | intergenic (‑263/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– |
| ? | NC_012417 | = 2949 | 551 (0.950) | intergenic (‑275/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2805‑2937‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaacTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATA < NC_012417/2949‑2822 TTTTGTTAATTCTATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG < 1:165063/129‑1TTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCTTTGGTTTTTATATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG < 1:167387/129‑1TTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGTAATAGGTTGTTTTTTG > 2:231914/1‑129TTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG < 1:167116/129‑1TTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTAATTAGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG > 1:165927/1‑129 TTTGTTAATTCGTTTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGTGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGA < 2:112096/129‑1 TTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTAATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGA > 1:102129/1‑129 TTGTTAATTCGTTTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA < 1:73848/129‑1 TTGTTAATTCGATTTTATTTGATTATCCTTTTTACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTATGTTTAGAGAGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA < 2:232830/129‑1 TTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGATTGTTTTAGTTATTTATTGGTTTTCATATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA < 1:43825/129‑1 TTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCATATTTATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA < 1:26534/129‑1 TTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA > 2:94278/1‑129 TTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA < 1:204043/129‑1 TTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATAAATTTATTTAGGTTTAGAGAGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA > 1:55196/1‑129 TGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAA < 2:222229/129‑1 TGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTATTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAA > 1:19652/1‑129 tTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGCATTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGTATCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 2:124484/128‑1 GTTAATTCGTTTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAATGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 2:166752/129‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGTCTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTTATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 2:105986/129‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTTATATTTATTTATTTAGTGTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 1:216667/129‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTTACATTTATTTTTTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 1:132233/129‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 2:205861/129‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC > 1:36602/1‑129 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 1:219346/129‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGCTTTTCAAATTAATTTATTAAGATATAGAGGGTCATACAAAGAAGAAGGAATAGTTTGTTTTTTGAAAC > 1:222112/1‑129 GTTAATTCGATTTTATCTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGATTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC > 1:76181/1‑129 AATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCATATTAATTTATTTCGGTTTATATTGTAATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCG < 1:121581/129‑1 AATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAATGAATAGGTTGTTTTTTGAAAagag > 2:45431/1‑125 TTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACAC < 1:122804/129‑1 TTTATTTAGGTTTAGAGGGTAATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAAT < 2:85845/129‑1 GAAACTCGTTCACACTCGTTTTAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCA > 2:198419/1‑129 GAAACTCGTTCACACTCGTTTCATAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACAATCTAAAAATAAATAAAATAAAGTGAAAACAAATGAATAAATAAAACTTTATAAAAATATAAAAGGATTATag > 1:223594/1‑127 GAAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAATCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCA < 1:181002/129‑1 GAAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCA > 2:154955/1‑129 GAAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCA > 1:74279/1‑129 GAAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCATCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCA < 2:11522/129‑1 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTATACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 1:234572/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTATTGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 1:134257/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 1:91666/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 1:123561/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 2:152252/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACATAAATAAATTAATGTAAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 1:81973/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACACTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 1:134966/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTAATATAACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 1:143640/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCGTCTTCTTTTTATGAACCTCTAAACCTAAATAAGTTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCAAAAAAATCAAAAGGATTATCAA > 2:126825/1‑129 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCATCTTCTATTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATCAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAA > 1:120170/1‑129 AACTTGTTCATACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAATGGATTATCAAA < 2:31828/129‑1 AACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTGCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGAGTATCAAA > 2:118739/1‑129 AACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACTGTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAAGATTATCAAA > 2:83197/1‑129 AACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATTAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAACTAAAAAGAATTATCAAA > 2:207496/1‑129 AACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTTAAAAGGATTATCAAA > 2:183218/1‑129 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AACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTATTCTTTTTATAACCCTATAAACCAAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAA > 1:48510/1‑129 ACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAAT < 2:150645/129‑1 ACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTGTTTATGATCCTTTTAACCTAAATAATTTAATGTTAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAAT < 1:173987/129‑1 CTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATA > 2:201249/1‑129 CTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACATCAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGAATTATCAAATA > 2:3675/1‑129 CTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTATAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATA > 1:182039/1‑129 CTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATAACCCTCTAAAACTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATA > 1:205704/1‑129 TTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2805‑2937‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaacTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATA < NC_012417/2949‑2822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |