New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | = 2949 | 551 (0.950) | intergenic (‑275/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 618 total aligned reads displayed.
GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATA > NC_012417/2809‑3065 | gTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTTACATTTATTTTTTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAc < 1:132233/129‑1 (MQ=255) gTTAATTCGATTTTATCTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGATTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAc > 1:76181/1‑129 (MQ=255) ttAATTCGATTTTATTTGATAATTCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTAGTTTGCAGATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACg < 2:141820/129‑1 (MQ=255) tAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGa > 2:233001/1‑129 (MQ=255) 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GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATA > NC_012417/2809‑3065 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |