| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 24 (0.860) | 25 (1.330) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
19/190 | 0.1 | 57.8% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2176447 = | 30 (1.080) | intergenic (+209/+5086) | ilvA/USA300TCH1516_02069 | L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly | |||||
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512759 | tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa > 1:280946‑M1/140‑141 (MQ=255) gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa > 1:116525/1‑141 (MQ=255) cacgtgttccgatgccgaacacagaagttaagcaccttaacgtcgatagtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgcttaaaaaatataatggacaagataaaaaaa > 2:316949‑M1/137‑141 (MQ=255) cacctggtcgcatgccgaacacagaaggtaagctccttagcatcgatggtagtcgaaattacgatccgctagagtagaacgttgccaggcagtttattaatcaaatattggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa > 2:187802‑M1/137‑141 (MQ=255) gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGACAAACAAAACAACTCAACTAAAGCAATAACTTCAATTACTAACGAAAAGTAATATTaaaaat > 2:213443/1‑140 (MQ=255) cAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTa > 1:91948/1‑141 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttatgcttgtgagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc > 1:201587‑M1/128‑141 (MQ=255) gATGACATAGGAGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTAGAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGACATAACTTGAATTACTCACCAAAATAAATTCTAAAAAGTAAGTGACtt > 2:7793/1‑141 (MQ=255) ncaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt < 1:213443/139‑1 (MQ=255) acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt < 1:175853‑M1/23‑1 (MQ=255) gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat > 1:92074/1‑141 (MQ=255) gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa < 1:188042‑M1/28‑1 (MQ=255) aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa < 1:291917‑M1/29‑1 (MQ=255) tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg < 1:311066/141‑1 (MQ=255) gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata < 1:128858‑M1/36‑1 (MQ=255) aGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg > 1:112322/1‑141 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 1:196991‑M1/89‑141 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 1:5311‑M1/89‑141 (MQ=255) gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACCACTCAACGTAGGAAGCGATTTGTAGGACTAACAAAAATTAATTTTAAAACGTTATTCACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTTTTGCCGGTacg > 2:39366/1‑139 (MQ=255) gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg < 1:265504/141‑1 (MQ=255) gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgggtaaaaagtaaaatggacaaaataaAAAAAGTTATTGATTTAAATGATGATAAGATGTATAATTAGTTATAGTCggtatgg < 2:170472‑M1/56‑4 (MQ=255) aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGACAAGaa > 2:58810/1‑141 (MQ=255) aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa > 1:158166/1‑141 (MQ=255) cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt > 1:80493/1‑141 (MQ=255) cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTGATTGACGTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt > 2:228442/1‑141 (MQ=255) acttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt > 1:220256‑M1/81‑141 (MQ=255) gTATATGATTTAGTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAAAATAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAATAATAATAAAAATTAATTTACTTAAATGTAAATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa < 2:70527/141‑1 (MQ=255) gTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa < 2:196646/141‑1 (MQ=255) acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaaataaAACAACATGATTAATTGAATGTTGATAAAACGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATgaaa < 2:212048‑M1/65‑2 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagtttataaaacagattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:88209‑M1/74‑141 (MQ=255) tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc > 1:286108‑M1/68‑141 (MQ=255) gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagctaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg < 2:7052‑M1/76‑1 (MQ=255) gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGCACATTGAAAACTg < 1:14140‑M1/76‑1 (MQ=255) gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTg < 1:326‑M1/76‑1 (MQ=255) gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg < 1:49773‑M1/76‑1 (MQ=255) gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg > 2:128858‑M1/66‑141 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATATTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa > 1:205021/1‑141 (MQ=255) ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt > 1:63955/1‑141 (MQ=255) aaaagttgccaggcagttttttaatcaaattttggataaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa > 2:40085‑M1/61‑141 (MQ=255) aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc < 1:177672‑M1/82‑1 (MQ=255) gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat < 1:194210‑M1/85‑1 (MQ=255) gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat < 2:286112‑M1/85‑1 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg > 1:251128/1‑141 (MQ=255) agcagatttttaaaaaaattttagttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa > 2:129635‑M1/50‑141 (MQ=255) aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt < 2:314366/141‑1 (MQ=255) caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTCAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa < 1:15724‑M1/106‑1 (MQ=255) tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa < 1:33476‑M1/113‑1 (MQ=255) aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa < 1:206640‑M1/119‑1 (MQ=255) aaaaagaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa > 1:296946‑M1/23‑141 (MQ=255) ggagaaaattgataagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTTATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt > 2:266340‑M1/21‑141 (MQ=255) atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc < 1:132602‑M1/128‑1 (MQ=255) atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAACATAAATTAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc > 1:75805‑M1/14‑141 (MQ=255) aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat < 2:137727/141‑1 (MQ=255) ataatgTTAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAGTGAAAACTGAATTACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat < 2:136180/140‑1 (MQ=255) aaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGCTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat > 2:270249‑M1/9‑141 (MQ=255) taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt > 2:195672/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCCCTCAGCAAGGTTCATATGTTTAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 1:319464/139‑1 (MQ=17) aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 2:75543‑M1/139‑1 (MQ=255) tAAACAGTGATTGATGTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTTAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 2:234399/141‑1 (MQ=21) | GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |