| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 24 (0.860) | 25 (1.330) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
19/190 | 0.1 | 57.8% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2176447 = | 30 (1.080) | intergenic (+209/+5086) | ilvA/USA300TCH1516_02069 | L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly | |||||
TTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATA > USA300TCH1516_ALE/2176310‑2176581 | ttgacatattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaactaaaatttttttaaaaatcTgct > 2:129635‑M2/138‑140 (MQ=255) tctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc < 1:206312/141‑1 (MQ=40) attgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAAc < 1:194210‑M2/11‑1 (MQ=255) attgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAAc < 2:286112‑M2/11‑1 (MQ=255) gtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGtt < 1:177672‑M2/14‑1 (MQ=255) ttttCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTAGTTTGACCTTTTAAACATAAAATAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTc < 2:21235/140‑1 (MQ=255) tcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttatccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAActttt > 2:40085‑M2/127‑140 (MQ=255) tCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTAc > 1:20549/1‑141 (MQ=40) cagttttcaatgttcatttttcttacctacaataattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttagcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActc < 2:7052‑M2/20‑1 (MQ=255) cagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActc < 1:49773‑M2/20‑1 (MQ=255) cagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActc > 2:128858‑M2/122‑141 (MQ=255) cagttttcaatgtgcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActc < 1:14140‑M2/20‑1 (MQ=255) cagtgttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActc < 1:326‑M2/20‑1 (MQ=255) gttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTa > 1:286108‑M2/120‑141 (MQ=255) aatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatctgttttataaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa > 1:88209‑M2/114‑141 (MQ=255) atcGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCGTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:109453/139‑1 (MQ=255) aaCGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg > 1:289749/1‑141 (MQ=39) tttcatttttcttaacgacaagaattaattatacgttttatcaacattcaattaatcatgttgttttattttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 2:212048‑M2/31‑1 (MQ=255) ttttCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAg > 1:173077/1‑141 (MQ=40) atttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGt > 1:220256‑M2/107‑141 (MQ=255) ccataccgactataactaattatacatcttatcatcatttaaatcaataactttttttattttgtccattttactttttacccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc < 2:170472‑M2/40‑1 (MQ=255) ttCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt < 1:34935/141‑1 (MQ=39) taccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc > 1:5311‑M2/99‑141 (MQ=255) taccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc > 1:196991‑M2/99‑141 (MQ=255) ggCCACGCCATCTTTCGTTGTATTTGCCTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTGGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGTCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:83000/140‑1 (MQ=14) cGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:21117/141‑1 (MQ=38) cGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAACGCGGCTCAGCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:46613/141‑1 (MQ=255) gCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 1:315795/141‑1 (MQ=40) gCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 1:174715/141‑1 (MQ=39) gCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 2:314356/141‑1 (MQ=40) ccATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc < 2:20348/141‑1 (MQ=38) tttctttGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTaa < 2:201343/141‑1 (MQ=35) tttatttGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTGTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCtga < 2:316717/141‑3 (MQ=255) tatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:128858‑M2/60‑1 (MQ=255) gtgtTTGCTATTATTTTGACGTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCtt < 2:248457/141‑1 (MQ=11) tttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt < 1:291917‑M2/67‑1 (MQ=255) ttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc < 1:188042‑M2/68‑1 (MQ=255) tATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACCCTAGCGGAGCGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 1:236737/141‑1 (MQ=17) aacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 1:175853‑M2/73‑1 (MQ=255) gtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTCACAAGCATAACTTCTGTGTTCGGCATgg > 1:201587‑M2/60‑141 (MQ=255) ttttAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCGCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:140409/141‑1 (MQ=18) aCATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGCCTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTCTTCGGCATGGGAACAgg > 2:136948/1‑141 (MQ=255) tttttttatcttgtccattttattttttaaccaatatttgattaataaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGATCGTAATTTCGACTACCATCGATGCTAAGGAGCTTACCTTCTGTGTTCGGCATGCGACCAGgtg > 2:187802‑M2/51‑141 (MQ=255) tttttttatcttgtccattatattttttaagcaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACTATCGACGTTAAGGTGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATCGGAACACgtg > 2:316949‑M2/51‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtgt < 2:311271/141‑1 (MQ=32) aaaaaaaGAGACCTTGCGTTTTCAATTCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGTCAACGTTCTACTCTAGCGTAACGTAAGTTCTACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGtgtg < 2:200691/141‑1 (MQ=11) aaaaaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGtgtg < 1:142653/141‑1 (MQ=32) ttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa > 1:280946‑M2/48‑141 (MQ=255) aaaaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 2:20549/141‑1 (MQ=32) aaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 1:213509/1‑141 (MQ=32) agagACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcc < 2:289749/141‑1 (MQ=32) gagaCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCAGCGCATCCACTTTTTGAGGGGGCACGGTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcct < 2:228334/141‑1 (MQ=11) gagaCCTTGCGGTCCCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcct < 2:181649/141‑1 (MQ=17) tggtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCtt < 2:96689‑M2/101‑1 (MQ=255) ttttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGTGATCAGGTGTGACCTCCTTGCTATCGTCAcc > 2:241237‑M2/29‑141 (MQ=255) ttaaccaaaatttgattacaaaacTGCCTGGCAACTTTCTACTCTAGCGGAACTTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCCGCATCGAACCAGGTGTGACCTCCTTGATATCATCACCacac > 2:12630‑M2/25‑141 (MQ=255) ttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGAc < 1:129635‑M2/117‑1 (MQ=255) tGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:36370/141‑1 (MQ=32) aaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa < 2:88209‑M2/123‑1 (MQ=255) aatttgatcaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAt < 1:87490‑M2/125‑1 (MQ=255) gattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACACTAGCGGAGCGTAAGCACGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTACCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGtaat < 1:202644‑M2/130‑2 (MQ=255) ttaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTACGGAGCTTACTGTGGGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGACTGTAAttt > 1:320057‑M2/10‑141 (MQ=255) tcTTTTTGCCGTGCAACGTTGTACTGTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGTATATGTGCGGATGTCGGCATGGGAACTGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATtata < 2:81230/140‑1 (MQ=11) | TTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATA > USA300TCH1516_ALE/2176310‑2176581 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |