| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 36 (1.200) | 35 (1.720) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
27/190 | 0.0 | 59.3% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2176447 = | 35 (1.160) | intergenic (+209/+5086) | ilvA/USA300TCH1516_02069 | L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly | |||||
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA > USA300TCH1516_ALE/512481‑512758 | tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaacaataaaagggacaagataaaa < 1:190399‑M1/2‑1 (MQ=255)tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 1:229027‑M1/2‑1 (MQ=255)tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 2:212603‑M1/2‑1 (MQ=255) cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa > 1:33472‑M1/139‑141 (MQ=255) 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1:295420/1‑141 (MQ=255) acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTGAttgacttaactagtga < 1:20370‑M1/25‑8 (MQ=255) acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaaattacgttcagctacagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaacaagctaaAAAACTGTATTCAGTTTAAtgtttt < 1:20348‑M1/25‑3 (MQ=255) gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa > 1:11587/1‑141 (MQ=255) agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaaccttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa > 1:199119‑M1/112‑141 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACGTGAATTACGAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaaa > 1:65930/1‑140 (MQ=255) 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1:332985‑M1/49‑1 (MQ=255) gTTTGACAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTctg > 2:277467/1‑139 (MQ=255) ttagacgaaaatactttcctatagagtaaaactttgaaatgtagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 2:315845‑M1/89‑141 (MQ=255) ttaaaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 2:322073/138‑1 (MQ=255) ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 2:226414/1‑141 (MQ=255) agtagaacttacgttacgagagagtagaaagttgacaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATCATTAATTCTTGTCGGTAAg < 2:218606‑M1/55‑1 (MQ=255) 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2:286304‑M1/69‑141 (MQ=255) ttgttgAGGTAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg < 2:61671/141‑1 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaaatggacaacatacAAAAAGTTCTTGCCTTATATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATTAACATTGAAAACTGa < 2:323448‑M1/77‑1 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacacgataaAAAAAGTTATTGACTTACATGTTGATATAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGACAACTGAACATTGAAAactca < 2:287213‑M1/77‑3 (MQ=255) gtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa < 1:183311‑M1/78‑1 (MQ=255) ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt > 1:278056/1‑141 (MQ=255) 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2:178008‑M1/86‑1 (MQ=255) aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 1:140692/1‑141 (MQ=255) gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg < 1:170401‑M1/88‑1 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATCATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTCAATGCCACTATg > 2:189359/1‑141 (MQ=255) caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc > 1:41107‑M1/52‑141 (MQ=255) aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa > 1:43996‑M1/51‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAAtt > 2:198331/1‑141 (MQ=255) actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAATATGTCAACATTAATTc > 2:272966/1‑141 (MQ=255) atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 1:284281‑M1/38‑141 (MQ=255) gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATAGAATACTTAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa > 1:64583/1‑141 (MQ=255) aaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTTACTTATATTTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATCAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTACTTCCaaaaa < 2:89140‑M1/107‑1 (MQ=255) ttggtgaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAACATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa > 2:231337‑M1/30‑141 (MQ=255) tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACCATCTGTCAACTGTAATTCCAAAAAACGTaa < 2:138643‑M1/113‑1 (MQ=255) aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata < 1:226414/141‑1 (MQ=255) aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTATAAACatt > 2:212587/1‑141 (MQ=255) ttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTTCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 2:313437/141‑1 (MQ=255) | GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA > USA300TCH1516_ALE/512481‑512758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |