| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 64 | 44 (0.400) | 3 (0.040) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
3/194 | NT | 15.5% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
ATAATGCTTAATAATAAAGTGATTAATAAATAAAAATAAACATCCATCAACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26902‑27041 | ataATGCTTAATAATAAAGTGATTAATAAATAAAAATAAACATCCATCAACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTa < 2:39523‑M2/141‑2 (MQ=255) taATGCTTAATAATAAAGTGATTAATAAATAAAAATAAACATCCATCAACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTat < 2:165702‑M2/141‑3 (MQ=255) taATGCTTAATAATAAAGTGATTAATAAATAAAAATAAACATCCATCAACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTat > 1:361402‑M2/1‑139 (MQ=255) taATGCTTAATAATAAAGTGATTAATAAATAAAAATAAACATCCATCAACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTat > 2:254390‑M2/1‑139 (MQ=255) 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2:342052‑M2/1‑2 (MQ=255) | ATAATGCTTAATAATAAAGTGATTAATAAATAAAAATAAACATCCATCAACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26902‑27041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |