| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 514,457 | Δ16 bp | 60.4% | intergenic (+2525/‑4223) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 514456 | 339 (0.930) | 500 (1.410) | 8/252 | NT | 60.4% | intergenic (+2524/‑4239) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 514473 = | 327 (0.930) | intergenic (+2541/‑4222) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
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GTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATC > USA300TCH1516_ALE/514316‑514596 | tGCGGCTGGATGACCTGCTTTCTAAGGATATATTCGGATGTTTTTCTTCAGCAGATGCCGTATACCCTGACAGATTGTATTCTGTTTTCAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGa < 2:2677775/141‑1 (MQ=11) ccgctttgATCCCCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGaa < 1:2789635/134‑1 (MQ=255) cGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGaaa < 2:3657703/141‑1 (MQ=34) gATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGCAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACAAATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAGGTGATATTGCTTATTAAAATaaat > 2:4244819/1‑140 (MQ=255) 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aTGcgagcgcttgactaaaaagaaattgtacattgaaaactagataagtaagtaaaatatagattttacgacttccagccgatggaataaagagttttaaataagcttgaattcataagaaataatcgctagtgttcgaaa > 1:4378239‑M1/1‑3 (MQ=255) tGcgagcgcttgactaaaaagaaattgtacattgaaaactagataagtaagtaaaatatagattttgccaagcaaaaccgagtgaataaagagttttaaataagcttgaattcataagaaataatcgctagtgttcgaaag > 1:1690022‑M1/1‑2 (MQ=255) tGcgagcgcttgactaaaaagaaattgtacattgaaaactagataagtaagtaaaatatagattttaccaagcaaaaccgagtgaataaagagttttaaataagcttgaattcataagaaataatcgctagtgttcgaaag < 2:2749455‑M1/141‑140 (MQ=255) | GTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATC > USA300TCH1516_ALE/514316‑514596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |