| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 514,457 | Δ16 bp | 60.4% | intergenic (+2525/‑4223) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 514456 | 339 (0.930) | 500 (1.410) | 8/252 | NT | 60.4% | intergenic (+2524/‑4239) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 514473 = | 327 (0.930) | intergenic (+2541/‑4222) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 955 total aligned reads displayed.
CTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGA > USA300TCH1516_ALE/514334‑514612 | tttCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGa < 1:2124471/141‑1 (MQ=255) cggctggatcatctcctttctaaggatatattcggaacatcgtcttcagaagatgtggattagaatcacttgtagtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGa < 1:3231986‑M2/3‑1 (MQ=255) cTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAgcg < 1:2838211/141‑1 (MQ=255) tAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAgcgc > 1:1617947/1‑141 (MQ=255) tatTAGGAAGATCTTCTTCAGAATATGCGGAATAACGTGACATATTGTATGCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑aa < 1:3077121/141‑1 (MQ=255) cGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAg > 1:778292/1‑141 (MQ=255) ggAACATCGTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGa < 1:2645499/141‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAACAAAttt > 2:1008746/1‑140 (MQ=255) tcttctTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGAAGTATGCGAGAGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGt > 2:3923491/1‑141 (MQ=255) tcAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTg < 2:1972611/141‑1 (MQ=255) tcAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTg > 1:2580783/1‑141 (MQ=255) tcAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTg < 1:1148051/141‑1 (MQ=255) cAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGATCTCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGa < 1:3474661/141‑1 (MQ=255) aagaTGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGaaaa < 1:570894/141‑1 (MQ=255) agaTGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGCAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAACAGAAATTGTACATTGaaccc > 1:1416170/1‑138 (MQ=255) ggAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTCGAta > 2:236251/1‑141 (MQ=255) aagaagatgcggaataaagtgacatattgtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattacttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACtagataagcacg > 2:1883070‑M2/93‑137 (MQ=255) aCATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTTAAATATTTTTTGTTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTCGCTTTTGTACTAGATAAGTAAGTaaaa < 2:1390971/141‑1 (MQ=21) aCATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTaaaa > 2:2984916/1‑141 (MQ=255) cAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTAc > 1:4318218/1‑141 (MQ=255) gtgacatattgtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTAcc < 1:1540152‑M2/67‑1 (MQ=255) gtgacatattgtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTAcc < 1:381786‑M2/67‑1 (MQ=255) aGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTAcc > 2:2287118/1‑141 (MQ=255) gTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTTCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑ACAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTCTACCa > 2:361852/1‑141 (MQ=255) gTTTTGAATGTTAAGTTAACATTAAATTATTTTTTTGTTAGCGTGCTCGAATTGATAAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTTACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCa < 1:1008746/141‑1 (MQ=17) gacatattgtattgagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTAACTAAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCa < 2:634690‑M2/69‑1 (MQ=255) gacatattgtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCaa > 1:4232493‑M2/73‑141 (MQ=255) gacatattgtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCaa > 1:1327038‑M2/73‑141 (MQ=255) ttGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGc > 1:1746177/1‑141 (MQ=255) catattttatttagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttctgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTATATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGc < 2:3851618‑M2/71‑1 (MQ=255) cataatttattcagtgttgaatgtttatttaacattgaaatattttttggtgaaagtgatattgattatgATAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGc < 2:251526‑M2/71‑1 (MQ=255) tGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCa < 1:3330322/141‑1 (MQ=255) atattgtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCa < 2:502401‑M2/72‑1 (MQ=255) aTGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCaaaa < 2:798774/141‑1 (MQ=255) tgtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTCTACCAAGCAAAAc > 2:3746305‑M2/66‑141 (MQ=255) gtattcagttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAAcc > 1:4400567‑M2/65‑141 (MQ=255) tttatttaACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCg > 1:941720/1‑141 (MQ=255) ttcaggtttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACGAGATAAGGAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAg < 2:285885‑M2/80‑1 (MQ=255) tcagttttggtggttgagctaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGt < 2:2124170‑M2/81‑1 (MQ=255) agttttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACAGAGTGa > 2:2067954‑M2/59‑141 (MQ=255) ttttgaatgtttattgaacattcaaatattttttcgttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAAt < 1:1982935‑M2/85‑1 (MQ=255) aaCATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAAt < 1:1846440/141‑1 (MQ=255) tttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATa < 2:3312110‑M2/86‑1 (MQ=255) aCATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATa < 1:2902488/141‑1 (MQ=255) ttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGCCT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAACCTAGCTAAGTAAGTAAAATATAGATTCTACCAAGCAAAACCAAGAGAATaa > 2:737599‑M2/55‑141 (MQ=255) ttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATaa > 1:3153518‑M2/55‑141 (MQ=255) ttgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgctgatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATaa < 2:568352‑M2/87‑1 (MQ=255) ttgaagggttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGAGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATaa < 2:1742177‑M2/87‑1 (MQ=255) tgaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATaaa > 2:3451248‑M2/54‑141 (MQ=255) gaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAAtaaaa > 2:3509507‑M2/53‑140 (MQ=255) gaatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAag < 1:715500‑M2/89‑1 (MQ=255) aatgtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatagtgtttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAaga < 2:267424‑M2/90‑1 (MQ=255) aaaTATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGt > 2:1644261/1‑141 (MQ=255) gtttatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGt‑t < 1:2351542‑M2/93‑1 (MQ=255) tatttaacattcaaatattttttggttaaagtgatagtgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTa < 1:2411993‑M2/96‑1 (MQ=255) ttaacattgaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAAGTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAAt < 2:1247710‑M2/99‑1 (MQ=255) ttaacagtcaaatagtttttgattaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAAt < 2:2751715‑M2/99‑1 (MQ=255) tGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAACAAAACAGAAAAAAAAAACAGA‑TTTAAATAAg > 2:3099833/1‑141 (MQ=18) acattcgaagatttgttggttaaagagatattgcttatgCGAGAGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTCGATAAGTACGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAACACCGACAGCATAAAGAGT‑TTTAAATAAg < 2:1610818‑M2/102‑1 (MQ=255) cattcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCTAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGc < 1:4056116‑M2/103‑1 (MQ=255) aattcaaatatttttttgttaaagtgatatggcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGc < 2:2917393‑M2/103‑1 (MQ=255) attcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCt < 1:4009019‑M2/104‑1 (MQ=255) ttcaaatatttttttgttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAGAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGCCTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCtt < 1:193429‑M2/105‑1 (MQ=255) tcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTg > 1:1091524‑M2/36‑141 (MQ=255) tcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTg > 1:2276894‑M2/36‑141 (MQ=255) tcaaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTg < 1:387888‑M2/106‑1 (MQ=255) caaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGa > 1:252741‑M2/35‑141 (MQ=255) aaaGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGa < 2:2612135/141‑1 (MQ=255) aaatattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGaa > 2:1442098‑M2/34‑141 (MQ=255) atattttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAAtt > 2:1215851‑M2/32‑141 (MQ=255) agattttttagttaaagtgatatagcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAAtt < 2:453133‑M2/110‑1 (MQ=255) ttttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCAt > 2:2463059‑M2/29‑141 (MQ=255) ttttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCAt > 1:9100‑M2/29‑141 (MQ=255) ttttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATaa > 2:3240926‑M2/27‑141 (MQ=255) ttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGa > 1:2201247‑M2/25‑141 (MQ=255) ttggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCAAGTG‑CTGGTGCTTCTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGa < 1:859786‑M2/117‑1 (MQ=255) tttATGAAAAGAAAGCAGTATGAGAGCGCTTGACT‑AAAGAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGaaa < 2:1124674/140‑1 (MQ=255) ggttaaagtgatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGaaa < 1:1491‑M2/119‑1 (MQ=255) gcataaagtgatattgcttatgCTAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACAGTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGaaa < 1:3751749‑M2/119‑1 (MQ=255) cTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGaaa < 1:4121305/141‑1 (MQ=255) tATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAaata > 1:2769062/1‑141 (MQ=255) aaaTAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAACAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCACGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATACGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGc > 2:3344564/1‑141 (MQ=14) aaaTAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTATACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGAGAATAAAGAGA‑TTTAAATAAAACACAATACATAAGCaataacaga > 2:1514605/1‑137 (MQ=14) gatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACGGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTAGAATTCATAAGAAATAATCGCTa > 2:4020306‑M2/14‑141 (MQ=255) gatattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTa > 1:638064‑M2/14‑141 (MQ=255) atattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAg < 1:3679987‑M2/129‑1 (MQ=255) atattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAg < 1:3937372‑M2/129‑1 (MQ=255) atattgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAACTGTACAGTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAg < 1:1210659‑M2/129‑1 (MQ=255) atattgcttatgCCATCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGGACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAg < 1:3623360‑M2/129‑1 (MQ=255) ttgcttattCGGTCGTTTGACT‑AAAAAAAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAgtgt < 1:2727049‑M2/132‑1 (MQ=255) ttgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAgtgt < 1:2034741‑M2/132‑1 (MQ=255) ttgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAgtgt < 2:4206786‑M2/132‑1 (MQ=255) aGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAgtgt > 2:891696/1‑141 (MQ=33) tgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGtt > 1:479249‑M2/9‑141 (MQ=255) tgcttatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGAAAAAGATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGAGAATAAAGAGT‑TTTAAATAACCTTGACTTCAGAAGAACTAATGgctagactt > 2:2185333‑M2/9‑137 (MQ=255) gCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAACCAGA‑TTTTATGAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGtt > 1:3008530/1‑141 (MQ=11) ttaagCGAGCGCTTGACT‑AAAAAAAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGa < 2:4334082‑M2/136‑1 (MQ=255) tatgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGaa > 1:3401991‑M2/5‑141 (MQ=255) atgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGtgttctttc < 1:3522214‑M2/138‑5 (MQ=255) tgCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTGCCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAg > 1:1690022‑M2/3‑141 (MQ=255) | CTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACT‑AAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGT‑TTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGTTCGAAAGA > USA300TCH1516_ALE/514334‑514612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |