| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 28 (1.520) | 12 (0.750) | 10/234 | 0.5 | 35.6% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 19 (1.180) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
GAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAA > USA300TCH1516_ALE/895651‑895919 | tttcaagggcaaaaaaagggcataatttttaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataataatgttttgattgctcttgaacttccttgataatctggctaat > 1:205394‑M1/135‑135 (MQ=255)tttcaaaggaaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataataatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaat > 1:206098‑M1/135‑135 (MQ=255)gAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGt < 2:215639/135‑1 (MQ=255)gAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGt < 1:22368/135‑1 (MQ=255) 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aGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATACCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGca > 1:35132/1‑135 (MQ=255) tgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 2:16643‑M1/41‑135 (MQ=255) gATATTTAAGACTTCATTAATGAAAAATATAATGGTGCAGTTATTCCTGATAAATAATTACAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACAATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac < 2:171784/135‑1 (MQ=255) gATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac < 2:188090/135‑1 (MQ=255) gATAGTCAAGACTTCATGAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACATCGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac < 2:188212/135‑1 (MQ=255) tgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGTGTTATTTTTGCGGTATAGACAAAACAAAAGCGCACAAAagggga < 2:94904‑M1/104‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |