| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_012417 | = 1946 | 566 (1.100) | intergenic (+179/+147) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATTTATTA > CP000731/4279‑4559 | tttATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAA > 2:328861‑M1/1‑141 (MQ=255)tttATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAA < 2:183924‑M1/141‑1 (MQ=255) tATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACGAAACTTGCAGACGAAGTTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCAGTCTTCAAGTTTTGGTATTGTTAAGTGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc < 1:368312/141‑1 (MQ=11) ccGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAtt > 1:255539/1‑141 (MQ=32) ccGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAtt > 1:272705/1‑141 (MQ=32) cGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTg < 1:363487/141‑1 (MQ=32) gAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGACCAACGTGTATAAGGCAATTgg > 1:52976/1‑141 (MQ=11) aaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaa < 1:192132/141‑1 (MQ=11) aaaaaTGTAGTGATTTGGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGCCGAATGGCGGCATAGCGTGAGCTATTGAGGCGACCATTCGACACGTTATGAAATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaa < 2:283152/141‑1 (MQ=11) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa > 2:352118/1‑141 (MQ=35) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |