New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | = 1946 | 566 (1.100) | intergenic (+179/+147) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 642 total aligned reads displayed.
TTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGAT‑GCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAA > NC_012417/1806‑2082 | ttataatgtttttTTATTCCTATTGTTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAATGATGAT‑GCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAt > 2:335288‑M2/7‑140 (MQ=255) cacaCTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGAT‑GCTTTTGACGAGATGGAAGAAACATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtt > 1:201419‑M2/1‑139 (MQ=255) agtatttttttttATTCCTATTGTTGGTGATACTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATAAT‑TAGTTCGCCAATCTGTAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt < 2:298744/135‑1 (MQ=255) acacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGAT‑GCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCTAGAAAAttt < 2:63908‑M2/141‑4 (MQ=255) 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1:357477/1‑141 (MQ=255) taataaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTAGAGACGAACCCGTAGCTGAACTGGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTAATAAGCCGACCATCCGACAAGTTTTGAGATTGTTAAGGGtg > 2:101306/1‑140 (MQ=14) ataaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTcc > 1:313579/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTAATATTGAGAAGACCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGAGAGAATTCAATCCGACCATTCAACACGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGa > 2:83085/1‑141 (MQ=14) aaaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAgg < 1:229504/141‑1 (MQ=40) aaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGc < 2:171590/141‑1 (MQ=39) atacgacgCATTTATGCCTAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCaa 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< 1:142406/141‑1 (MQ=17) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaaa > 2:133671/1‑141 (MQ=32) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCCACAATTCTACAATCTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaaa > 1:128886/1‑141 (MQ=11) tttATGCAGAGAAAATTTATAGGTGTTGAGAAGAACCGTTAACTAAACTTGCAGACGTATGTCGGGATAGGGTGAGCTATAAAGCCGCCCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaaa < 2:118965/141‑1 (MQ=11) ttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGGATGTATATCCTTCGGGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg < 1:393773/141‑1 (MQ=11) ttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg < 1:213182/141‑1 (MQ=32) tATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCGTTAACTAAAGTTGCAGACGAATGTTGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCAGTCGAAAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTGAACGTCAATAAAGc < 2:393499/141‑1 (MQ=11) tGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCaa > 1:317027/1‑141 (MQ=32) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg > 1:32378/1‑141 (MQ=32) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg > 1:348840/1‑141 (MQ=32) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTGTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 2:203512/141‑1 (MQ=17) | TTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGAT‑GCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAA > NC_012417/1806‑2082 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |