| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 12011 | 82 (0.980) | 3 (0.040) | 3/236 | NT | 3.7% | intergenic (+174/+49) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 12017 | 82 (1.080) | intergenic (+180/+43) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGGACTGGCATA > CP000731/11871‑12150 | taAATAATTTTATATATCATTAACATAAAAAGAATTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTAC < 2:225903‑M1/141‑1 (MQ=255)taAACAATTTGATTTATCATTACCATCCTGATACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTAC < 1:202498‑M1/141‑1 (MQ=255) taatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAAt > 1:80926/1‑141 (MQ=255) tttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAACAGCGTACAAATTCgt < 2:111129‑M2/141‑3 (MQ=255) tttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCgt < 1:66581‑M2/141‑3 (MQ=255) ttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGCCGTTCTGCCAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATCAGATTTTAATA‑ATAACACCAGAAAAAACCATACACATTCgtc < 2:26702‑M2/141‑4 (MQ=255) aatatatcATTAACCTACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACATCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCgtac > 1:69082‑M2/2‑137 (MQ=255) atatatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCgtacg < 1:223482‑M2/141‑6 (MQ=255) tctatcaTTAACATACAAAGACTTTGATTGAATGTCACTCTATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTCTTATGAGATTTTAATA‑ATAACTCAAGAAAAAAGCGTACAAATTCgtacgc > 2:92264‑M2/3‑135 (MQ=255) tatatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCgtacgc < 1:6165‑M2/141‑7 (MQ=255) atatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCgtacgct > 1:62648‑M2/1‑134 (MQ=255) atatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTGGATA‑GGAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCgtacgct < 1:108511‑M2/141‑8 (MQ=255) tCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCgtacgctttt > 2:268015‑M2/1‑131 (MQ=255) ttAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTta < 2:93475/141‑1 (MQ=255) aaCATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGCTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGCACAAAATCGTACGCTTTTTtaat > 2:61863/1‑141 (MQ=255) aCATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAGATAA‑ATATATAAAAAGCGTACAAATTCGTACTCTTTTTtaata > 2:280215/1‑141 (MQ=255) aTACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTNTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatata > 2:13379/1‑141 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatataa > 1:358636/1‑141 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTAGTACGCTTTTTtaatataa > 2:231266/1‑141 (MQ=255) aCAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTgtacgcttttttcttgtgtt < 2:42620‑M2/141‑21 (MQ=255) cAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTCTGACACTTTAATA‑ATTATACAAAAAAAAAGCGTACAAATTCGTAAGCTTTTTtaatataata > 2:139714/1‑141 (MQ=255) cAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTtaatataata < 1:325346/141‑1 (MQ=255) cAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGACTAAAGACTCATACTACTTTCCTGATATGAGATTTTAATA‑ATAACAAAAGAAAAAAGCGTACAAATTTGTACGCTTTTTtaatataata > 2:366364/1‑141 (MQ=255) aGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCt < 2:363816/141‑1 (MQ=255) cTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGtt < 1:80885/141‑1 (MQ=255) atGATTCAATGTCACTCGATGTAAAATAGACATTCTGACAGCATCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCCTAAAAATTCGTACGCTTTTTTACTATAATACCTGTTTc > 2:224862/2‑141 (MQ=255) tGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATTCCTGTTTCa < 2:181738/141‑1 (MQ=255) tGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTAATAATATTTTCGTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCa > 1:114468/1‑141 (MQ=255) cAATGTCACTCGATGTAAAAGATACGTTCTGACAGCTTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTact < 2:8737/141‑3 (MQ=255) aaaTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAAt < 2:39769/140‑1 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGa > 2:93296/1‑141 (MQ=255) aCTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacagg > 1:42620‑M2/1‑99 (MQ=255) tCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGtttt > 2:375033/1‑141 (MQ=255) aTGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAg < 2:113388/141‑1 (MQ=255) tGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACAAAAGAAAAAATCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGt > 2:45886/1‑141 (MQ=255) ttaAAAGAGACGTTCTGACAGCGTATAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAAAAAAAAGCGTACGAATTTgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatat > 1:276887‑M2/2‑92 (MQ=255) tAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTAt > 1:146073/1‑141 (MQ=255) aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATc > 2:38968/1‑141 (MQ=255) aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATCAACGTTTTAAGTATc > 2:253311/1‑141 (MQ=255) aaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCt > 2:164772/1‑141 (MQ=255) gagaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTtca > 2:225595/1‑141 (MQ=255) gTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTGCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCAtt > 2:349456/1‑141 (MQ=255) tCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTaa > 1:286542/1‑141 (MQ=255) cTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGATTTTTTAATATAATACTTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAAc > 2:260882/1‑141 (MQ=255) tGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACt < 2:70049/141‑1 (MQ=255) aCAGCGTATAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGa < 2:361690/141‑1 (MQ=255) cAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGaa > 1:209339/1‑141 (MQ=255) cGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACt > 1:363137/1‑141 (MQ=255) tAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAg > 1:295088/1‑141 (MQ=255) aaTCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGtaa > 1:112025/1‑141 (MQ=255) tctcATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGtaata < 1:321051/141‑1 (MQ=255) tcATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGACCGTTTTAAGTATCTTCATCCTTCACTGAAACTACAGTaataat < 2:116634/141‑1 (MQ=255) tcATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTaataat < 1:304331/141‑1 (MQ=255) tcATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTaataat < 1:380216/141‑1 (MQ=255) ataataTTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATAc > 1:388774/1‑141 (MQ=255) atatTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACaaattcgtacgctttttttttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttatacgctgtcagaacgtctcttttaa > 1:276887‑M1/1‑49 (MQ=255) ttttGCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTGAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCGTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTca < 1:26702/141‑1 (MQ=255) ttttCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTca < 1:296506/141‑1 (MQ=255) ttttCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTca < 1:242733/141‑1 (MQ=255) ttCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTcaac < 1:224674/141‑1 (MQ=255) ttCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTcaac < 1:157155/141‑1 (MQ=255) ttCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTcaac < 2:295088/141‑1 (MQ=255) ttCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTcaac > 2:208140/1‑141 (MQ=255) ccTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACaaattcgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatcgagt > 1:42620‑M1/1‑42 (MQ=255) ccTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACTCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACCTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCTTcaacaa > 2:293905/1‑141 (MQ=255) ccTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTcaacaa > 1:142664/1‑141 (MQ=255) cTGTTAGGAAATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAat < 2:332613/141‑1 (MQ=255) aTGAGATATTAATA‑AGTACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAg < 1:106930/141‑1 (MQ=255) gagaTTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGta < 1:225595/141‑1 (MQ=255) gaTTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGtata < 1:144615/141‑1 (MQ=255) ttttAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGt > 1:321271/1‑141 (MQ=255) ata‑ataaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTTCTATTCTTGTTAATGGTCAGTAATAGGACACGGCAACAATATTAGTATAGTTaaaa > 1:391799/1‑141 (MQ=255) ata‑ataaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTaaaa < 1:281825/141‑1 (MQ=255) a‑ataaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTATTAATATAATACCTCTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATa < 2:117558/141‑1 (MQ=255) ataaCACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATCCCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAg < 1:13379/141‑1 (MQ=255) aaCACAAGAAAAAAGCGTACaaattcgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgt < 2:42620‑M1/141‑122 (MQ=255) acacAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACCATATTAGTATAGTTAAAAttgtan > 1:349676/1‑136 (MQ=255) acaAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTACGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGa > 1:92603/1‑141 (MQ=255) caATAAAAAACCGTACAATTATGAACGTTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGAc < 2:317723/141‑1 (MQ=255) caAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGAc < 2:262358/141‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACtt > 2:254538/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAATATAGTTAAAAAAGAAACACTTAg > 1:226094/1‑141 (MQ=255) aaaaGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGGa > 1:127979/1‑141 (MQ=255) aaGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTGGTATAGTTAACATAGAAAGACTTAGTACt > 2:333346/1‑141 (MQ=255) aGCGTACgaatttgtacgcttttttcttgtgttcctatccaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgtatgttaatgatat < 1:108511‑M1/141‑135 (MQ=255) aGCGTACgaatttgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtatcttttacatcgcgtgtcatggaatcaaactctttgtatgttaatgatct > 2:393035‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTCCAAACGATCTTCTATAATGTTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGGACTg > 1:168906/1‑141 (MQ=255) gCGTACgaatttgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgtatgttaatgatata < 1:6165‑M1/141‑136 (MQ=255) gCGTACgaatttgtacgcttttttcttgtgatattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgtatgttaatgatata > 1:220081‑M1/1‑6 (MQ=255) gCGTACgaatttgtacgcttttttcttgagttattattaaaatctcataagaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatagagtgacattcaatcaaagtctttgtatgttaatgataga > 2:92264‑M1/1‑6 (MQ=255) gCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGGACTgg > 2:269082/1‑141 (MQ=255) gCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGAACTgg > 1:385227/1‑141 (MQ=255) cGTACgaatttgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgtatgttaatgatatat < 1:223482‑M1/141‑137 (MQ=255) cGTACCAATTCGTACGCTTTTTAAATAAAACGCCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAGATAGAAAGACTTAGGACTGGc < 1:11196/141‑1 (MQ=255) gTACgaatttgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgatgtcagaacgtctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgtaggttaatgatatatt > 1:69082‑M1/1‑4 (MQ=255) gTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGGCCTGGCa > 2:334539/1‑141 (MQ=255) gTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGGACTGGCa > 1:137887/1‑141 (MQ=255) gacgaatgtgtatggttttttctggtgttattattaaaatctgataacaggaaaatattatgagattttagacgctggcagaacggctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgtatgttaatgatatataa < 2:26702‑M1/140‑139 (MQ=255) aCgaatttgtacgcttttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgtatgttaatgatatataaa < 1:66581‑M1/141‑140 (MQ=255) aCgaatttgtacgctgttttcttgtgttattattaaaatctcataacaggaaaatattatgagattttagacgctgtcagaacgtctcttttacatcgagtgacattgaatcaaagtctttgtatgttaatgatatataaa < 2:111129‑M1/141‑140 (MQ=255) | TAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATA‑ATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGGACTGGCATA > CP000731/11871‑12150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |