New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 25 (0.770) | 28 (1.250) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
23/180 | NT | 61.9% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala |
CTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998139‑1998417 | cTGATTCCAGGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaa < 2:197318/141‑1 (MQ=25) cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGTCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGATCTAATTCTCCGAATTaa > 1:29110/1‑141 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAAATGCCTgg > 2:35112/1‑141 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc < 1:239997/141‑1 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 1:121287/1‑141 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 1:390674/1‑141 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc > 1:281560/1‑141 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACg > 1:235836/1‑141 (MQ=255) ctctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATTGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGTCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTc < 2:373681/141‑1 (MQ=255) cAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct < 2:345035/141‑1 (MQ=255) tAGGACTGCAATATGTAAGAATAAATGGTGTAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 2:59294/141‑1 (MQ=255) aGGCCTGCAATATGTAATAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 2:271880/141‑1 (MQ=255) gctgagatatGTAAGAATAAGTGGGGTAGAATGACGGGTTCGAACCGCAGAGCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGTTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAg < 2:58010/135‑1 (MQ=17) ccGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGTTTCGAACCGCCGACTCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAg < 2:12577/141‑1 (MQ=255) atatGTGAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc < 2:91207/141‑1 (MQ=255) atGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa > 1:113441/1‑141 (MQ=255) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:225970/141‑1 (MQ=255) gTAGGAACAAAGGGTGGGGCATGGCGGTTTCGAACCGCCGGCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCGCCCATCGGAGCTAATTCCCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 2:159688/141‑1 (MQ=14) tAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCa > 1:216805/1‑141 (MQ=255) gAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTACGAACCGCCGACCCTCTGCTGGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATGCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCg > 1:324129/1‑141 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGTCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGCTCATCAACCATACACGca > 2:22218/1‑140 (MQ=14) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTACGTTCGACTACCCTCGACGCt > 2:31974/1‑141 (MQ=255) tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGa > 2:305869/1‑141 (MQ=255) gggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCTCAGCTGATCTAATTTTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt < 1:303932/141‑1 (MQ=255) cgtcgctctTCTTTCAAGGCAGGTGCTCTCGCAGCGGAGCTAATTTTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGCGGAACGTAAGTACGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATgg < 2:164415/136‑1 (MQ=14) gACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:369194/141‑1 (MQ=255) cccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCCGCATGGGaa > 2:299326/1‑141 (MQ=255) tcatcTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAg > 2:369774/5‑141 (MQ=255) ttgttGTAAGGCAGATGCTTTCCCAGGTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTCCCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:208147/138‑1 (MQ=255) gTAAGGGAAATGCGCTACCAGCTGAGGTGATTGTCCGATTTAAACCTGCCTGGTAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc < 2:57344/141‑1 (MQ=14) tAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 2:297485/141‑1 (MQ=255) agggCAGATGCTCTGCCAGCTGAGCCAATTCTCCGATTTACACCTGCCTGCCACCGTTCTACTCTTGCGGCACGGACGTTCGACCCCCATCGGCGCTCGGGAGCTTACCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct < 2:294164/139‑1 (MQ=11) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 1:33458/1‑141 (MQ=255) aGGCAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc < 1:369057/141‑1 (MQ=255) aGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc < 1:222521/141‑1 (MQ=255) aGGCAGATGCTCTACCAGCTGAGCTAATTGTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc < 2:396780/141‑1 (MQ=255) aGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCTGAACTTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTg < 1:35112/141‑1 (MQ=255) gATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:95997/141‑1 (MQ=255) ctctCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTCAGTTCGACTACCATAGATGTGGGTGAACTTAACTTCTGTGTTCGCCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTCCttta > 1:170028/1‑141 (MQ=17) ctctCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTATACTCTATATGAGCGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata > 1:151987/1‑141 (MQ=17) ccctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACATTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata < 1:273236/139‑1 (MQ=255) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTTTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:265417/141‑1 (MQ=255) gcccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 2:292077/140‑1 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAATGAGATTAACATCGATGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg > 2:83624/1‑141 (MQ=17) gAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa > 1:46942/1‑141 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTCACTTCTGTGTTCCGCATGGAAACAGGTGTGCCCTCCCGACTATAGTGACCAGACac > 2:382837/1‑140 (MQ=14) ccGATTTAAATCTGCCTGGCAACTTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa < 2:46927/141‑1 (MQ=255) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGCCCTCCTTGCTATAGTCCCCAGACATATGCATGGAATTtata > 1:164073/1‑141 (MQ=255) | CTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998139‑1998417 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |