| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 19 (0.840) | 17 (0.850) | 17/244 | 0.2 | 43.8% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 27 (1.360) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
AGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/895646‑895924 | aGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAAGTACTGTTAAAAAAGGACATCAAGATGATAGGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGAATTACAATCTAAAGATATACAAGACTTCATTACTGAAAAAGACAATAGTGCCGt > 2:64727/1‑140 (MQ=255) tgttttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctagctaatta < 1:135500‑M1/3‑1 (MQ=255) cGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTAtt > 2:25257/1‑140 (MQ=255) cGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTAtt > 2:25246/1‑140 (MQ=255) aaaGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTcc > 2:73408/1‑140 (MQ=255) aaaGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTcc > 2:73393/1‑140 (MQ=255) aGATAACCATTATGCAATCTGAAGTGCTGTTAAATAAGTAAATCAAGATGATAAGAATATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATATAATGGTGCAGTTATTCCTg < 2:86211/140‑1 (MQ=255) tCCTTATGCGAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAaat < 2:97942/140‑1 (MQ=255) agggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaactctatatatgcttatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttaataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCa < 1:74492‑M1/22‑1 (MQ=255) cTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaa > 1:54645/1‑140 (MQ=255) taattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaa > 1:88556‑M1/113‑140 (MQ=255) attttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataattgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaata > 1:134230‑M1/111‑140 (MQ=255) aattcTGTTAAAGAAGGAAATCAAGATAATAAGAAAATAAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaataa < 2:58241/136‑1 (MQ=255) aaagCTGTTAAAGAAGGACATAAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaataa < 2:13883/137‑1 (MQ=255) gaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAAt > 1:251758‑M1/106‑140 (MQ=255) caagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTtaata > 1:156553‑M1/95‑140 (MQ=255) gggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACGTTTTAATaaca < 1:9506‑M1/49‑1 (MQ=255) gtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgccattgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATaacaac < 2:248107‑M1/51‑1 (MQ=255) cAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACg > 2:60937/1‑140 (MQ=255) taataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACAATTAAg < 2:128868‑M1/58‑1 (MQ=255) aaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGt > 2:8371‑M1/79‑140 (MQ=255) aattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgccctttaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAGTACCAATTAAGTAAAAATACCATTTAATAACAACAATGAAGGGGtt < 2:147504‑M1/63‑1 (MQ=255) ttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTtg > 2:176968‑M1/71‑140 (MQ=255) gCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATACTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTgg < 1:53641/140‑1 (MQ=255) ataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTACTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGc < 1:191607‑M1/93‑1 (MQ=255) tAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcaca > 1:153329/1‑140 (MQ=255) caatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaa > 1:30505‑M1/44‑140 (MQ=255) aaaGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaa < 1:73408/140‑1 (MQ=255) aaaGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaa < 1:73393/140‑1 (MQ=255) ttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTGTATGAGTATTGTCAATCAAAAAGGGCACAAAAGGGGc < 2:93690‑M1/104‑1 (MQ=255) tgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCa < 1:171831‑M1/105‑1 (MQ=255) gattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCCATAATATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAg < 2:108797‑M1/106‑1 (MQ=255) cATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCa < 1:25257/140‑1 (MQ=255) cATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCa < 1:25246/140‑1 (MQ=255) tcttgataatatggctaaTTATTACTGCGAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCg > 2:135500‑M1/19‑140 (MQ=255) aaaTACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGAGGCAGTATATGCAAATTATCGac > 2:88754/1‑139 (MQ=255) aaaTACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGATATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGaa > 2:255217/1‑140 (MQ=255) attATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATCACAAAAATAAACCGGCTATTATTGTGGTATTGAAAATAACAAAGAGCACAAAAGCGACAGTATATGCAACATATCCAAATTTAAACaaactaa > 2:109056/2‑136 (MQ=255) TTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAAt < 1:227960‑M1/140‑1 (MQ=255) | AGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/895646‑895924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |