| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 19 (0.840) | 17 (0.850) | 17/244 | 0.2 | 43.8% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 27 (1.360) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
TGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATG > USA300TCH1516_ALE/909604‑909872 | tgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTAGCTAAtta < 1:135500‑M2/140‑4 (MQ=255) agagCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCt < 2:193349/137‑1 (MQ=255) aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAACTCTATATATGCTTATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTAATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatacca < 1:74492‑M2/140‑23 (MQ=255) gCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTATTTATTCCTGCTAAATATATCATAtt > 1:39150/1‑140 (MQ=255) gCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATAtt > 2:167232/1‑140 (MQ=255) tAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaa > 1:88556‑M2/1‑112 (MQ=255) aTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAATTGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata > 1:134230‑M2/1‑110 (MQ=255) gAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaat > 1:251758‑M2/1‑105 (MQ=255) cAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaata > 1:156553‑M2/1‑94 (MQ=255) aaGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGtt < 1:225765/140‑1 (MQ=255) gggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacgttttaataaca < 1:9506‑M2/140‑50 (MQ=255) gTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCATTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaac < 2:248107‑M2/140‑52 (MQ=255) tcataaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtttt > 1:103322/3‑140 (MQ=255) taataaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacaattaag < 2:128868‑M2/140‑59 (MQ=255) taataaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCATTAACGTGATGTTGCTGGACtttt > 1:96243/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATTTTGCTGGGCTTTTTAATTTaaa > 1:79429/1‑140 (MQ=255) ttGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttg > 2:176968‑M2/1‑70 (MQ=255) aaTGCATATATAACCATGTTTTGATTGCTATTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTTCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGata < 2:213349/140‑1 (MQ=255) cATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTa > 2:210422/1‑140 (MQ=255) ataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattactgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggc < 1:191607‑M2/140‑94 (MQ=255) cAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaa > 1:30505‑M2/1‑43 (MQ=255) aTGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGGTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATg < 2:213484/140‑1 (MQ=255) gTTTTGATTCCCCGTGACCTCCAGCTACAAGCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGCGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGCATTTATATGATATTTAGCAATGAGATGCt > 2:191251/1‑140 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttattgtatgagtattgtcaatcaaaaagggcacaaaaggggc < 2:93690‑M2/140‑105 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt > 2:99854/1‑140 (MQ=255) tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggca < 1:171831‑M2/140‑106 (MQ=255) gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatacccataatataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcag < 2:108797‑M2/140‑107 (MQ=255) aTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCAGAGACTATTAATTTAAACAGGTATTTATCAGATATTTCGCAATAAGATGCTATTaaa > 2:229810/1‑138 (MQ=255) aTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATCTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGAAATGAGATGCTATTACg > 1:2767/1‑140 (MQ=255) gtccTTGTATTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGAt < 2:6886/138‑1 (MQ=255) cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATa > 1:28651/1‑140 (MQ=255) cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGAATTTATATGATATTTAGGATTAAGATGATATTACGtata > 2:179388/1‑140 (MQ=255) ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTCTACTTTTGTCAGGTGTTTCTATTATATTAAGAAATGAGATGCTATAACAGATaa > 1:22347/1‑140 (MQ=255) cTTGAACTTCCTTGATAAGCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa < 1:122022/140‑1 (MQ=255) tctTGATAATATGGCTAAttattactgcgaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcg > 2:135500‑M2/2‑18 (MQ=255) ccTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGCATCACATTCTATTACGGATAAAGTAAAATcc > 2:106455/1‑140 (MQ=255) ccTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAAGCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTAGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATcc < 2:40997/140‑1 (MQ=255) ttGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCta < 1:242737/140‑1 (MQ=255) aTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcc > 1:199787/1‑139 (MQ=255) cTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATCGCTCAGTAACGAGATTGGAGTGTACTTTTTAATTTAAACAAGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATACTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatt > 2:246493/1‑139 (MQ=255) | TGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATG > USA300TCH1516_ALE/909604‑909872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |