| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1665543 = | 22 (0.970) | 3 (0.140) | 3/254 | 2.6 | 13.0% | coding (270/411 nt) | zur | Zinc‑specific metallo‑regulatory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1665539 | 20 (0.960) | coding (274/411 nt) | zur | Zinc‑specific metallo‑regulatory protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCAAGACTCACATACACCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGTGCAGGTTTCTATATATTGTGTCGAATGAAATTCCAGGATAATTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/1665410‑1665679 | ggtaaGACTCACATACACCATAAACTTTAAGTGTTTTTTTGTTAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAatgatgatga < 2:76478/137‑1 (MQ=255) ggcaagactcacatacaccataaacttcaagtttgtgtttgtgaatattaacaccaggtagtgataattttatctgatctattggacaataatctattacctttgtatctccacacttttcacagataaactgatgtgga < 1:60033‑M1/10‑5 (MQ=255) ggaaagactcacatacaccataaacttcaagtttgtgtttgtgaatattaacaccaggtagtgataattttatctgatctattggacaataatctattacctttgtatctccacacttttcacagataacataatgctaa < 1:192304‑M1/10‑5 (MQ=255) aGACTCACATACACCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGGACAATAATCTATTACCTTTATATCTCCACACTTTTCACAGATAAAatgatgatgatgat > 2:3476/1‑140 (MQ=255) gACTCACATACACAATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACCGATAAAatgatgatgatgatg > 2:188932/1‑140 (MQ=255) cTCACATACACCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAAGACCAAGTAGAGATAATTTTATCTGATCTATTGGACAATCATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATAATGATGATGATGGt > 2:84943/1‑140 (MQ=255) acCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTTATCTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAg < 2:241132/140‑1 (MQ=255) acCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGTACAATGATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAg < 2:231043/140‑1 (MQ=255) aaacttcaagtttgtgtttgtgaatattaacaccaggtagtgataattttatctgatctattggacaataatctattacctttgtatctccacacttttcacagataaaATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTa < 1:117841‑M1/31‑1 (MQ=255) aaGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCAAAGATCAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACt > 2:98193/1‑140 (MQ=255) tttgtgaatattaacatcaggtagtgataattttatctgatctattggacaataatctattacctttgtatctccacacttttcacagataaaATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCAt > 2:175363‑M1/94‑140 (MQ=255) aaCACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGGACAATAATCTATTACCTATGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTg < 1:152905/140‑1 (MQ=255) ttttATCTGATCTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTa < 1:251715/140‑1 (MQ=255) cTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCATAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAAt < 2:30242/140‑1 (MQ=255) cTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAAt < 2:127545/140‑1 (MQ=255) tattggacaataatctattacctttgtatctccacacttttcacagataaaATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGt > 2:117841‑M1/52‑140 (MQ=255) tGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCAGTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGt < 1:168810/140‑1 (MQ=255) gACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGTGc < 2:205602/140‑1 (MQ=255) ataatCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATAATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACAATCAAGTTATATATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAATTGAAGGt > 2:195090/1‑140 (MQ=255) ataatCTATTACCTGTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGATTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATCTCACCATCAAGTTCACTGCATTAAATACTCCCTAGGTCTTTAACTAAGTTCAGGt > 2:257173/1‑140 (MQ=255) aCCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGTGCAGGTTTCTatatat > 2:22719/1‑140 (MQ=255) cTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGTGCAGGTTTCTATCTAtta > 2:226753/1‑139 (MQ=255) tctcCAGACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGATTTGTAGAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGGTCTGTATTTTCAATAATTACTAAATATTTAGATAAGTGCAGGTTTCTATATATTGTGCCGat > 2:266636/1‑139 (MQ=255) tctcCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGTGCAGGTTTCTATATATTGTGTAGaa > 1:66792/1‑140 (MQ=255) tCACAGATGAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGTGCAGGTTTCTATATATTGTGTCGAATGAAATTCCAgg < 1:23873/140‑1 (MQ=255) tCACACATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAACTCTTTAAATAAGTGCAGGTTTCTATATATTGTGTCGAATGAAATTCCAgg < 2:136458/140‑1 (MQ=255) atgatgatgataatgTTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCACGTTCTGTATTTTCAATAATTTCTAAACCTATAAATAAGTGCAGGTTTCTATATATTGTATCGAATGAAATTCCAGTATAAttttaaa > 2:81296/1‑137 (MQ=255) | GGCAAGACTCACATACACCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGGACAATAATCTATTACCTTTGTATCTCCACACTTTTCACAGATAAAATGATGATGATGATGGTTTGTACAAGCGATTCTAAACTTCATTTCACCATCAAGTTCTGTATTTTCAATAATTCCTAAATCTTTAAATAAGTGCAGGTTTCTATATATTGTGTCGAATGAAATTCCAGGATAATTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/1665410‑1665679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |