New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | = 1982 | 955 (0.880) | 6 (0.010) | 4/244 | NT | 0.66% | intergenic (+215/+111) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_012417 | = 2027 | 895 (0.870) | intergenic (+260/+66) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1049 total aligned reads displayed.
GAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTC > NC_012417/1888‑2166 | gaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGa < 2:749358/140‑1 (MQ=255) gaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGa < 1:190902/140‑1 (MQ=255) aaaaTATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCACTCGAca < 2:453664‑M2/140‑3 (MQ=255) atatGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCGGACCATTCGAcaagt < 2:20933‑M2/140‑6 (MQ=255) tGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGtttt < 2:595930/140‑1 (MQ=255) tGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGtttt < 1:564700/140‑1 (MQ=255) aTTATCATGAAGACAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTgg < 2:574455/140‑1 (MQ=255) aTCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACCTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGAt < 1:35285/140‑1 (MQ=255) tCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGAtt < 2:436464/140‑1 (MQ=255) aGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGCCGCATGTACGCATAGCGTGAGGTGTTAAGCTGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAg > 1:678815/1‑140 (MQ=17) gATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGGAAATTTATAAATGTTGAAAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGACAAAGCCAGAACTATTAAGCCAACCATTCGACGAGTTTTTGTATTGTTAAgt > 2:728264/1‑139 (MQ=14) gATAATAAAAAATAGAAGACGCAGTTATGCCGAGAAAATTAATTGAGGTTGAGAAGAACGCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAgg < 2:419327/140‑1 (MQ=14) taaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTCAGGGTTcc > 2:320861/1‑140 (MQ=255) taaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGAGTTGGGATTGTTAAgggagcc > 2:230166/1‑136 (MQ=255) taaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACACTTAACAAAACTTGGAGACGAGTGGCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGACGACCATCCGACAAGATTGGGGAATGAGAAGGGTTcc > 1:594362/1‑140 (MQ=14) aaaaaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCg > 1:642297/1‑140 (MQ=255) aaaTAGACCACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAgg < 1:247201/140‑1 (MQ=37) aaaGAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAgg < 2:283966/140‑1 (MQ=38) aaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCCTTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAACGGTTCCGAGGc > 1:281900/1‑140 (MQ=255) tAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTc < 1:331672/140‑1 (MQ=38) tAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTc < 1:619821/140‑1 (MQ=37) tAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCATTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTTAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTGCGAGGCTc > 2:169143/1‑140 (MQ=255) tAGACGACGCATGTTTTACGAGAAAATTTATTGATGTTGAAAAGAACCCTTAGCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCTACCATTTGACAAGTTGTGTGATTGTTAAGGGTTTCGAGGCTc < 2:154873/140‑1 (MQ=11) ggcgacgCATTTATGCCGAGAAAACTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCaa < 1:81573/138‑1 (MQ=18) gacgacGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCaa > 1:311301/1‑140 (MQ=35) cgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACg > 2:646912/1‑140 (MQ=34) cgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATGCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACg < 2:740468/140‑1 (MQ=18) tactcctttATGACGAGAAAAATTATTGATGTTGAGAAGAACCCGTAACTAAACTAGCAGACGAGTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGt < 1:228014/134‑1 (MQ=11) gacgCATTTATGGCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGt < 2:336506/140‑1 (MQ=18) gacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCCACGt > 1:428949/1‑140 (MQ=18) cgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCa > 1:162690/1‑140 (MQ=32) gCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACAATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCaa > 1:341055/1‑140 (MQ=17) aTTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATa < 2:187765/140‑1 (MQ=32) aTTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATa > 1:97609/1‑140 (MQ=33) aTTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATAGTTAAGGATTCCGAGGCTCAACGTCAATa > 2:265256/1‑140 (MQ=18) aTTGATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATa < 2:607077/140‑1 (MQ=17) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGACCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTCTTAAGCCGACCATTCGACAAGTCTTGGGATTGTTAAGGGTCCCGCGGCTCAACGTCAATaa > 2:500265/1‑140 (MQ=11) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa > 2:510171/1‑140 (MQ=33) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAGCGTCAATAAAGc > 1:293741/1‑140 (MQ=18) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAACGc > 1:142272/1‑140 (MQ=18) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGCTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc > 2:543780/1‑140 (MQ=18) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGAGCATTCGACAAGCTGTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCCGCGTCAATAACGCaa > 2:562536/1‑140 (MQ=11) tATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaata > 2:137313/1‑140 (MQ=31) tGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACCAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCACTTGGAATAAATAGtc > 1:100023/1‑139 (MQ=16) tGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTACGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAGCt > 2:639507/1‑140 (MQ=18) tGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCt > 1:633449/1‑140 (MQ=37) ttGAGAAGAACCCTCAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCCCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTaa < 1:38239/140‑1 (MQ=255) tGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTaaa < 2:584022/140‑1 (MQ=39) tGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTaaa > 1:408552/1‑140 (MQ=39) agaagaACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGt > 1:1524/1‑140 (MQ=40) aagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTaa > 1:26407/1‑140 (MQ=255) agaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAc > 1:553901/1‑140 (MQ=255) gaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAcc < 2:351954/140‑1 (MQ=255) aaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAccc > 1:66832/1‑140 (MQ=255) ccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACCAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCACTAAACCAATTGGAATAAATAGTATCTAGAGTAACCCgga > 2:628193/1‑138 (MQ=14) ccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTa > 1:485264/1‑140 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGCGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAt > 2:388366/1‑140 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAt < 2:373073/140‑1 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAt > 1:203280/1‑140 (MQ=255) aCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTACAGTAACCCGTATTTaa > 1:576553/1‑140 (MQ=255) tAAACTTGCATCCGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTACGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCAGAGGCTCAATGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGa < 2:483766/140‑1 (MQ=17) aaaCGTGCAGAGGAATGTCGGCATGGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGAt < 2:126714/140‑1 (MQ=255) aaCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGAtt > 1:535084/1‑140 (MQ=255) aaCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGCATTTAAGAtt > 2:302098/1‑140 (MQ=255) aCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTCAGATTa > 1:522041/1‑140 (MQ=255) ttGCAGACGACTGTCGGCATAGCGTGCGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACa < 1:468622/140‑1 (MQ=255) tGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACGAGTTATGGGATTGTTAAGGGTTCCGCGGCTCAACGACAATAAAGCAATTGGAGTAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACAt > 2:88532/1‑140 (MQ=18) tGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACAATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTGCGCGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACAt > 1:707693/1‑140 (MQ=255) aGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTACGATTACATTGt < 1:180276/140‑1 (MQ=255) aCGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGATTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTAc > 2:112592/1‑140 (MQ=255) gAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACAt > 2:528410/1‑140 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTTAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATcc < 2:762445/140‑1 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATcc < 1:734787/140‑1 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATcc < 1:587754/140‑1 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATcc < 1:213311/140‑1 (MQ=255) tGTCGGCATGGCGGGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCt < 2:464999/140‑1 (MQ=255) tGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTCACCCGAATATATTATTACATAGTACATCCt > 2:696523/1‑140 (MQ=17) gTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCtt < 1:510171/140‑1 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGCCCATTCGACAAGTTTTGGGATTTTTAAGGGTTCCGAGGCTCCACGTCACTAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCCTATTTAATATTACATTGTACATcagtc > 1:419247/1‑136 (MQ=18) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTc < 2:658507/140‑1 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTc < 1:660748/140‑1 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTc > 1:720239/1‑140 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGaaa < 1:436452/140‑1 (MQ=255) aGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCa > 1:693529/1‑140 (MQ=255) gCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGc < 1:457373/140‑1 (MQ=255) cTATTAAGCGGTGCATTCCACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCt < 2:362371/140‑1 (MQ=255) tATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTATGTTTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTg < 1:396508/140‑1 (MQ=255) aTTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAGTAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATACTTCGAAACCATAGTAGCtac > 2:237028/1‑138 (MQ=255) tAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGCTTACATTGTACATCCTTCTCAACCATAGTAGCTGCgc > 1:608726/1‑139 (MQ=255) tAAGCCGACCATTCGACAAGTTTCGGGATTGTTAAGGGTTCCAAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATGCTTCGAACCCATAGTAGCTGCGa > 2:404485/1‑140 (MQ=255) aaGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGAt < 1:116497/140‑1 (MQ=255) ccGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTcc > 1:300518/1‑140 (MQ=255) gACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAg > 1:746542/1‑140 (MQ=255) ccATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCt < 1:364259/140‑1 (MQ=255) cATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa < 1:134863/140‑1 (MQ=255) aTTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAg > 2:617815/1‑140 (MQ=255) cGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGtt < 1:497084/140‑1 (MQ=255) cGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGACATTCCACATAGGtt > 2:249592/1‑140 (MQ=255) aCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAGTAAATAGTATCTAAAGTAACACGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACAATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTc > 2:685421/1‑140 (MQ=255) aCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTc > 2:713644/1‑140 (MQ=255) | GAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTC > NC_012417/1888‑2166 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |