| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 130,854 | (T)5→1 | 14.4% | intergenic (‑94/+272) | sarS ← / ← yfhA | HTH‑type transcriptional regulator SarS/putative siderophore transport system permease protein YfhA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 130853 | 65 (1.150) | 11 (0.200) | 8/256 | NT | 14.4% | intergenic (‑93/+276) | sarS/yfhA | HTH‑type transcriptional regulator SarS/putative siderophore transport system permease protein YfhA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 130858 = | 66 (1.180) | intergenic (‑98/+271) | sarS/yfhA | HTH‑type transcriptional regulator SarS/putative siderophore transport system permease protein YfhA | |||||
AATGATTATAAAATCTCTAATTTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTTTTATCTCCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAATATTGATTGATATTATAGAATATGAGTCGGTGTTATTTGTATATAAA > USA300TCH1516_ALE/130716‑130991 | aaTGATTATATAATCTCTAATTTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTTTTATCTCCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATAttt < 2:24350/140‑1 (MQ=255)aaTGATTATAAAATCTCTAATTTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTTTTATCTCCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATAttt > 1:633235/1‑140 (MQ=255) aTGATTATAAAATCTCTAATTTTGTTATGGTGAATATAGTTCATTGTTTTATCTCCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATatt > 2:152838‑M1/1‑137 (MQ=255) gATTATATAATCAATGAATTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTATTATCTCCTTGTATAAACACTTTATTTTAATATAAAACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTtta < 2:108250/140‑1 (MQ=255) 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1:660994‑M1/1‑54 (MQ=255) acaATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATCAATGCAATTATCAAACGCTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCga < 1:26831/140‑1 (MQ=255) acaATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCga < 1:21777/140‑1 (MQ=255) ataataAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAat < 2:485263/140‑1 (MQ=255) aataaGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAACTCGAAGAatat > 1:471330/1‑140 (MQ=255) ataaGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAATatt < 1:645505/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |