| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 130,854 | (T)5→1 | 14.4% | intergenic (‑94/+272) | sarS ← / ← yfhA | HTH‑type transcriptional regulator SarS/putative siderophore transport system permease protein YfhA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 130853 | 65 (1.150) | 11 (0.200) | 8/256 | NT | 14.4% | intergenic (‑93/+276) | sarS/yfhA | HTH‑type transcriptional regulator SarS/putative siderophore transport system permease protein YfhA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 130858 = | 66 (1.180) | intergenic (‑98/+271) | sarS/yfhA | HTH‑type transcriptional regulator SarS/putative siderophore transport system permease protein YfhA | |||||
GATTATAAAATCTCTAATTTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTTTTATCTCCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAATATTGATTGATATTATAGAATATGAGTCGGTGTTATTTGTATATAAAGTATTA > USA300TCH1516_ALE/130719‑130997 | gATTATATAATCAATGAATTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTATTATCTCCTTGTATAAACACTTTATTTTAATATAAAACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTtta < 2:108250/140‑1 (MQ=255)gATTATAAAATCTCTAATTTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTTTTATCTCCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAATATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTtta < 2:101350/140‑1 (MQ=255)gATTATAAAATCTCTAATTTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTTTTATCTCCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTtta < 1:585417/140‑1 (MQ=255) ttATAAAATCTCTAATTTTGTCATGGTTATTATATTTCATTGTTTTATCTTCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATACATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTttatt > 2:53084/1‑140 (MQ=255) 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1:390681/1‑140 (MQ=255) aTCTCCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTa > 1:504328/1‑140 (MQ=255) tctcCTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTaa > 1:657852/1‑140 (MQ=255) tatctccttgtatatgcactttattttaatataacacaatataataagaaaaataatccataatttacaattaaaaataatatgatatATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAAt < 2:381728‑M2/52‑1 (MQ=255) cTTGTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAACAAACCATCATTTCGTGATTGATAA‑AATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATaa > 1:701301/1‑140 (MQ=255) gTATATGCACTTTATTTTAATATAACACAATATAATAAGAAAAATAATCCATAATTT‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGaa < 1:590348/140‑1 (MQ=255) 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1:386299/1‑140 (MQ=255) tt‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAATATTGATTGATATTATAGAATATGa < 1:319330/140‑1 (MQ=255) tt‑ACAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAATATTGATTGATATTATAGAATATGa > 1:200089/1‑140 (MQ=255) aCAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAATATTGATTGATATTATAGAATATGAGt < 2:127799/140‑1 (MQ=255) cAATTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTGTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAATATTGATTGATATTATAGAATATGAGTc > 2:488963/1‑140 (MQ=255) aaTTAAAAATAATATGATATTTTTATTAAAATTTTTGTTTTTGAATAAATGACATTATCAAACACTATATTTAAATAAGAAATAGTTATCGATATTTGAAAAATCGAAGAATATTGATTGATATTATAGAATATGAGTCg < 2:263254/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |