| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 482715 = | 53 (0.860) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 6.2% | intergenic (+512/‑171) | USA300HOU_RS02285/USA300HOU_RS02295 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 482748 = | 41 (0.710) | intergenic (+545/‑138) | USA300HOU_RS02285/USA300HOU_RS02295 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TATCCAGTAAATCAAATTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACAT > USA300TCH1516_ALE/482576‑482848 | tcttacaatctcctcgtatcatcattttcattttacaaatgttatccataatatcaatgtgccacaaatttcactttaccgacaatatcaaaattataaagttcatattgttatgtatattgcaaataaaacattgtataa > 2:541503‑M1/140‑141 (MQ=255) atCCAGTAAATCAAATTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAAt > 2:192226/1‑141 (MQ=255) atCCAGTAAATCAAATTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAAt > 2:385062/1‑141 (MQ=255) ccAGTAAATCAAATTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGATATATAGACAAAAATAAATCTATTGATACGCCTTACACCATCTGTATAATAAATATAATTCGTACTAAAtta > 2:584408/1‑140 (MQ=255) aGTAAATCAAATTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGaa < 1:615100/141‑1 (MQ=255) aGTAAATCAAATTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGaa > 1:201507/1‑141 (MQ=255) gTAAATCAAATTAGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACACTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGaaa > 1:311971/1‑141 (MQ=255) aaTTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCaaa < 1:358962/141‑1 (MQ=255) aTTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCaaaa > 1:435399/1‑141 (MQ=255) aTTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCaaaa < 1:247515/141‑1 (MQ=255) tagAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAata < 1:118769/139‑1 (MQ=255) tGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTATGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTAAAAATATCAAAatat > 2:68885/1‑141 (MQ=255) atgatgGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTa < 2:61508/141‑1 (MQ=255) gaagtatgAATAAGATTAAAGAATCCAACTAAAGTTATGACTAAACATATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACTCCTTACCCACTCTTTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTAtt < 2:636372/136‑1 (MQ=255) tggatgAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑c < 1:533731/141‑1 (MQ=255) tggatgAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑c < 1:52224/141‑1 (MQ=255) aTAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGTTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATtata < 1:397106/141‑1 (MQ=255) aTAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATtata > 1:674518/1‑141 (MQ=255) gaGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATAc < 1:186204/140‑1 (MQ=255) ggggTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAACAAAATATTGTTATTT‑CAATTATaaaa > 1:382200/1‑141 (MQ=255) gTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGt < 2:446581/141‑1 (MQ=255) 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2:625040/1‑141 (MQ=255) tataGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTta < 1:644070/141‑1 (MQ=255) gACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAAt > 1:566797/1‑141 (MQ=255) aCAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAAtt < 2:578494/141‑1 (MQ=255) aTAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAACTCCTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGata > 1:393186/1‑141 (MQ=255) tAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGatat > 1:56304/1‑141 (MQ=255) aaCTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATACCAATATGAACTTTATAATTTTGATAtt > 1:693800/1‑141 (MQ=255) aaCTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATATTTTTGATAtt > 2:193467/1‑141 (MQ=255) aaCTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATAtt > 2:375951/1‑141 (MQ=255) aaCTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTACTTGCATTGTATATAACAATATGAACTTTATAATTTTTATAtt > 2:6669/1‑141 (MQ=255) tctATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTc > 1:669643/1‑141 (MQ=255) cGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGa > 1:689223/1‑141 (MQ=255) cTTATCCGCTCTGTATAATAAATATAAATAGTACTATATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAAt < 2:712094/141‑1 (MQ=255) tACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAAttt > 2:32168/1‑141 (MQ=255) ccactctGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTtgtg < 2:435399/138‑1 (MQ=255) ccTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAACCATTGTTTTTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGc < 1:429961/141‑1 (MQ=255) tctGTATAATAAATATAAATCGTACTATATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGcac < 2:518561/141‑1 (MQ=255) 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1:340922/141‑1 (MQ=255) ataataAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGa < 1:104139/141‑1 (MQ=255) ataaatataaatCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTCAGGA‑TAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGatat < 1:141275/141‑1 (MQ=255) aatataaatCGTACTAAATGGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGAtattat < 2:82197/141‑1 (MQ=255) aatCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATaa > 1:246498/1‑141 (MQ=255) aatCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATaa > 2:701485/1‑141 (MQ=255) aatCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGAACATTGATATTATGGATaa > 1:708706/1‑141 (MQ=255) atCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAAc > 1:195227/1‑141 (MQ=255) atCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAAc > 1:117708/1‑141 (MQ=255) tCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACa < 2:508957/141‑1 (MQ=255) tCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACa < 2:99852/141‑1 (MQ=255) aagtaggaaaTTGAAAATAGCAAAATATGGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACa < 1:623650/134‑1 (MQ=255) attgtatAATTGAAA‑TAACAATATTTTGCTATTTTCAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACAt < 2:285225‑M1/134‑1 (MQ=255) | TATCCAGTAAATCAAATTTGAAAATGATGGATGAATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACAT > USA300TCH1516_ALE/482576‑482848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |