| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 19 (0.780) | 13 (0.610) | 12/246 | 0.7 | 42.9% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 18 (0.840) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
TTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTG > USA300TCH1516_ALE/909603‑909876 | ttgatTTAAAGGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta > 2:109528‑M2/1‑138 (MQ=255) cAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTAATAATCTGGCTAAttattcctgc < 2:233779‑M2/141‑11 (MQ=255) aaGGGCAAAAAAAGGGCATAATTGTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct > 2:162875‑M2/1‑130 (MQ=255) gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtttttcgttctaaat < 1:144085‑M2/141‑16 (MQ=255) gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat < 1:273745‑M2/141‑16 (MQ=255) aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATAAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGTATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCa < 1:71139/141‑1 (MQ=255) aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCATTGATAATCTAGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCat > 2:217446/1‑141 (MQ=255) aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAAAGATCTTGACCCTCGGCTCGTGATAGGAATAACAATGTTTTGATTGACCTTGAACTTCATTGATCACCTGGCTAATTATTCCTGCtaaataataata > 2:34431/1‑136 (MQ=255) aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATTAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATgg < 1:240734/141‑1 (MQ=255) gAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaata > 1:109792‑M2/1‑105 (MQ=255) aaaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTCGGACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatac > 1:108077‑M2/1‑104 (MQ=255) aaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTTAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGTTAAATTAATCATATTAATTTCTCATTac > 2:175728/1‑140 (MQ=255) aaaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATATTGATAATTGTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctt > 1:250663‑M2/1‑100 (MQ=255) gggTATGAATAATAAGTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGTTAAATAGATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCt < 2:65974/141‑1 (MQ=255) gTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTgg > 1:45145/1‑141 (MQ=255) 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2:219373/1‑141 (MQ=255) gAAAATTTTATAAATGTATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtgg > 1:154091‑M2/1‑68 (MQ=255) tGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAAAAGTTATTGATATGATAtta > 2:111440/1‑140 (MQ=255) tataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggc > 1:214967‑M2/1‑48 (MQ=255) tataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTACTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGTCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAAt < 2:104201/141‑1 (MQ=255) ataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggca > 1:63285‑M2/1‑47 (MQ=255) ataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATg > 2:182182/1‑141 (MQ=255) taACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcac > 1:107956‑M2/1‑46 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa > 1:258767/1‑141 (MQ=255) tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAAAAGGGATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTAc > 1:76999/1‑141 (MQ=255) gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatactctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaactaaaaaagggcacaaaacgggcagt < 2:260178‑M2/141‑108 (MQ=255) gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggaagtatat < 2:70236‑M2/141‑112 (MQ=255) gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatacaacttaaataaaaatactctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatat < 2:115592‑M2/141‑112 (MQ=255) gAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaat < 1:19228‑M2/141‑118 (MQ=255) ataataCGGTTAATTATTCGTGCTAAATAAATAATATTAATTGCTCCGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatg < 1:126195/141‑1 (MQ=255) aTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatg < 1:43722/141‑1 (MQ=255) gCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTCAAATCTTATATGCCTTCGTg > 2:125506/1‑141 (MQ=255) | TTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTG > USA300TCH1516_ALE/909603‑909876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |