| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 14186 | 290 (1.010) | 16 (0.060) | 14/142 | NT | 5.5% | intergenic (+87/‑563) | serS_1/ygaZ | Serine‑‑tRNA ligase/Inner membrane protein YgaZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 14200 | 292 (1.150) | intergenic (+101/‑549) | serS_1/ygaZ | Serine‑‑tRNA ligase/Inner membrane protein YgaZ | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCAGTTAAATAAAGGCTTTAGCTACAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/14088‑14186‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaagtggCGAC‑‑AGCTTCGTCACCACTTTTTAAAATATTATTTAAAGTATCTTGCCCTTGCTTTAAGTATACGTAGATATATACTTTTTAAAGCTTGT < USA300TCH1516_ALE/14200‑14111 CCAGTTAAATAAAGGCTTTAGCTACAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTA < 1:2165499/91‑1CCAGTTAAATAAAGGCTTTAGCTACAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTA < 2:4031087/91‑1 CAGTTAAATAAAGGCTTTAGCTACAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAA > 2:1334304/1‑91 CAGTTAAATAAAGGCTTTAGCTACAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAA > 2:4791492/1‑91 AGTTAAATAAAGGCTTTAGCTACAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAA < 2:740360/91‑1 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |