New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 14186 | 290 (1.010) | 16 (0.060) | 14/142 | NT | 5.5% | intergenic (+87/‑563) | serS_1/ygaZ | Serine‑‑tRNA ligase/Inner membrane protein YgaZ |
? | USA300TCH1516_ALE | = 14200 | 292 (1.150) | intergenic (+101/‑549) | serS_1/ygaZ | Serine‑‑tRNA ligase/Inner membrane protein YgaZ |
Only 100 of 414 total aligned reads displayed.
TACAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGTTTGTGGTTTAATGGGGTGAACGCATT > USA300TCH1516_ALE/14110‑14290 | aCAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGc > 2:404801‑M2/1‑90 (MQ=255) aCAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGc < 1:1464301‑M2/91‑2 (MQ=255) cAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGcc < 1:3059580‑M2/91‑3 (MQ=255) cAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGcc < 1:3881523‑M2/91‑3 (MQ=255) cAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGcc > 1:2804795‑M2/1‑89 (MQ=255) cAAGCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGcc > 1:1323137‑M2/1‑89 (MQ=255) cAAGCATTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGcc > 1:2133028‑M2/1‑89 (MQ=255) gCTTTAAAAAGTGTATATGTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTCTAAGTAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGccact > 2:3168440‑M2/1‑86 (MQ=255) gCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGccact > 2:4942913‑M2/1‑86 (MQ=255) gCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGccact > 2:1692540‑M2/1‑86 (MQ=255) gCTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGccact > 1:3829561‑M2/1‑86 (MQ=255) cTTTAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGccactt < 2:4793919‑M2/91‑7 (MQ=255) ttAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGccactttt < 2:2891304‑M2/91‑9 (MQ=255) tAAAAAGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGccacttttt > 1:4249094‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaaaGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACtttttt < 1:4546875/91‑1 (MQ=255) aaaaGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACttttttt > 1:1671359/1‑91 (MQ=255) aaaGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTtg > 1:3345986/1‑91 (MQ=255) aaGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTtgt < 2:2303349/91‑1 (MQ=255) aaGTATATATCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTtgt < 2:1919282/91‑1 (MQ=255) tatataTCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCt > 1:3955510/1‑91 (MQ=255) atatatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTg > 2:4014623/1‑91 (MQ=255) atatatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTg < 1:914913/91‑1 (MQ=255) atatatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTg > 2:1970443/1‑91 (MQ=255) atatatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACATTTTTTGTGCTg > 2:3623080/1‑91 (MQ=255) atatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTa < 2:421313/91‑1 (MQ=255) atatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTa > 1:3649358/1‑91 (MQ=255) tatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTaa > 1:3512887/1‑91 (MQ=255) tatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTaa > 2:2387037/1‑91 (MQ=255) tatCTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCAACTTTTTTTGTGCTGTaa > 2:137471/1‑91 (MQ=255) cTACGTATACTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAg < 2:3382855/91‑1 (MQ=255) tataCTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTataa > 1:2404644/1‑91 (MQ=255) ataCTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTataat > 1:5312642/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAg < 1:3233221/91‑1 (MQ=255) ttAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTg < 1:2589614/91‑1 (MQ=255) ttAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTg < 1:150971/91‑1 (MQ=255) tAAAGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGCGAC‑‑AGCTTCGTCAccactttttaaaatattatttaaagtatcttgcc > 1:2260935‑M2/1‑57 (MQ=255) aaaGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAg < 1:4892802/91‑1 (MQ=255) aaaGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAg < 2:1857947/91‑1 (MQ=255) aaaGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAg < 2:2719513/91‑1 (MQ=255) aaGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGc > 1:5046614/1‑91 (MQ=255) aaGCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGc < 2:2483428/91‑1 (MQ=255) gCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCa > 2:1996605/1‑91 (MQ=255) gCAAGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCa > 2:1029222/1‑91 (MQ=255) aGGGCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATg > 2:2798618/1‑91 (MQ=255) gggCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGc > 2:1589985/1‑91 (MQ=255) gggCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGc < 1:1859171/91‑1 (MQ=255) gggCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGc > 2:4255638/1‑91 (MQ=255) ggCAAGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGca > 1:358997/1‑91 (MQ=255) aGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATa > 2:785289/1‑91 (MQ=255) aGATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATa > 1:3153073/1‑91 (MQ=255) gATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaa > 2:3949650/1‑91 (MQ=255) gATACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaa > 2:1497736/1‑91 (MQ=255) aTACTTTAAATAATATTGTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaac < 1:2473200/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaaca < 1:4329621/91‑1 (MQ=255) cTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaacaac > 2:2153011/1‑91 (MQ=255) cTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaacaac > 1:4068336/1‑91 (MQ=255) cTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaacaac > 1:694217/1‑91 (MQ=255) cTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaacaac > 1:4193484/1‑91 (MQ=255) cTTTAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATaacaac < 2:924225/91‑1 (MQ=255) ttAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAAcaacaa < 2:3576248/91‑1 (MQ=255) ttAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAAcaacaa > 1:2192668/1‑91 (MQ=255) ttAAATAATATTTTAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAAcaacaa > 1:2085955/1‑91 (MQ=255) 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ttttAAAAATTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGt > 1:472062/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGtt > 1:444602/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGttt < 1:3433995/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGttt > 1:5468330/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGttt < 1:4963846/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGttt > 2:3248763/1‑91 (MQ=255) aaaaGTGGTGACGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGTTtgtg < 1:5218254/91‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGTCGAAGCT‑‑GTCGCCACTTTTTTTGTGCTGTAAAAGTATAATAGTGAGCCAATGCACATAACAACAATAAATTAAGTTTGTgg < 2:5355424/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |