New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 341 (1.190) | 16 (0.070) +TACATTATAAAATACATATC |
8/120 | NT | 6.7% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2479065 | 251 (0.870) | intergenic (+21/+119) | USA300HOU_RS12765/hrtA_2 | hypothetical protein/Putative hemin import ATP‑binding protein HrtA |
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
GGGACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCGGACAGA > USA300TCH1516_ALE/42474‑42651 | aCATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGc < 2:4557292/91‑1 (MQ=255) aTAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTc > 2:1491316/1‑91 (MQ=255) tAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCg > 2:5329026/1‑91 (MQ=255) aaaGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGt < 2:876072/91‑1 (MQ=255) aGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTg < 2:1251426/91‑1 (MQ=255) tCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGc < 2:3202936/91‑1 (MQ=255) cTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGct < 1:3259144/91‑1 (MQ=255) cTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGct < 1:3070298/91‑1 (MQ=255) ttGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGcta < 2:5082019/91‑1 (MQ=255) ttGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGcta > 2:3805868/1‑91 (MQ=255) ttGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGcta < 2:1794100/91‑1 (MQ=255) tGGATAAGTTAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGctac < 2:587363/91‑1 (MQ=255) tGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGctac < 1:3583214/91‑1 (MQ=255) ggATAAGTGAAAAAAGACCATTTCTATTGATCTCATATGGGAATCGTCTTGTTTATAAATTTTTCGCTCATTTCCAGCTCGTTGGgctgct > 2:3430995/1‑91 (MQ=255) 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aaaaGACAATTTCTATTGATATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTtat < 1:4330937/91‑1 (MQ=255) aaaaGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTtat < 2:1133301/91‑1 (MQ=255) aaaaGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTtat < 1:80628/91‑1 (MQ=255) aaaaGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTGATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTtat < 1:5491952/91‑1 (MQ=255) aatgACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTtata < 2:1552683/88‑1 (MQ=255) aaaGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTtata < 1:5639581/91‑1 (MQ=255) aaGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTatat > 1:1104077/1‑91 (MQ=255) aGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATAtt < 1:4635067/91‑1 (MQ=255) aGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATAtt < 2:3468827/91‑1 (MQ=255) aGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATAtt > 1:3678637/1‑91 (MQ=255) aGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATAtt < 2:1923822/91‑1 (MQ=255) gACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTa > 1:3998032/1‑91 (MQ=255) aCAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTaa > 1:2086774/1‑91 (MQ=255) cAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAg < 1:1273905/91‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 2:4970243‑M1/35‑1 (MQ=255) aaTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGt > 2:3731976/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGt > 1:2523766/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGt > 2:5157122/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGt > 1:5339952/1‑91 (MQ=255) aTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg < 1:3215013/91‑1 (MQ=255) aTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg > 1:3044701/1‑91 (MQ=255) aTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg > 2:2174245/1‑91 (MQ=255) aTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATGAAGTg < 2:5529853/91‑1 (MQ=255) tttCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGc > 1:4999993/1‑91 (MQ=255) tttCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGc < 2:3605024/91‑1 (MQ=255) ttCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGcc > 1:3088740/1‑91 (MQ=255) tccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGcc < 2:4620899‑M1/38‑1 (MQ=255) tCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCa < 2:340506/91‑1 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagctttttttttttttattttataatgtaCAGCTCGTTGAGTTGCTATTTTCCTTATATTAAGTgcct < 2:251460‑M1/39‑2 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 2:2036271‑M1/39‑1 (MQ=255) atcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAtt < 1:5281400‑M1/41‑1 (MQ=255) aTTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTa > 1:4458492/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATAc < 2:4904665/91‑1 (MQ=255) taataTAGAACTTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACaaa < 2:4483273/91‑1 (MQ=255) atatAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAAc > 1:3426400/1‑91 (MQ=255) ataGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCa > 1:870954/1‑91 (MQ=255) ataGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCa < 1:2442604/91‑1 (MQ=255) taGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCaa < 2:5382187/91‑1 (MQ=255) taGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCaa > 1:5057275/1‑91 (MQ=255) taGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCaa > 2:23893/1‑91 (MQ=255) 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aaaTTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGtt < 1:2260857/91‑1 (MQ=255) aaTTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTtc < 1:2215209/91‑1 (MQ=255) tGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTctct < 1:3465845/91‑1 (MQ=255) gTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCtt > 2:2683494/1‑91 (MQ=255) gttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCtttt < 1:3340377/90‑1 (MQ=255) cTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCtttt > 1:4748585/1‑91 (MQ=255) cTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCtttt < 1:1454490/91‑1 (MQ=255) cTTTTTTATAAATTTTTTGAGTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTGCTTTTCTTATACTAAGTGCCCTTAATACAAAACCAAGTTCTCtttt < 2:4731286/91‑1 (MQ=255) 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ttGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCt > 1:55465/1‑91 (MQ=255) tattattTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCg < 2:4039901/90‑1 (MQ=255) gATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCg > 2:1382332/1‑91 (MQ=255) ttattTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCGga > 1:2993413/1‑91 (MQ=255) tttCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCGgacaga < 1:719469/91‑1 (MQ=255) tttCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCGgacaga < 1:4873080/91‑1 (MQ=255) | GGGACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCGGACAGA > USA300TCH1516_ALE/42474‑42651 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |