| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 47 (0.880) | 37 (1.010) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
30/180 | NT | 53.3% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
TACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/512758‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTA > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998415 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TACTAAATAATGTTTGTAACTTTTAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTGTACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTT < 1:461038/141‑1TACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTT < 2:235491/141‑1 ACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTGTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAAAATTTAAGTCAATAACTTTTTTTt > 1:560427/1‑140 CTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTtt > 2:620032/1‑139 AATGTTTGTAACTTATAGTTACGATTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTC > 2:476224/1‑141 TGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTACGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCA > 1:406168/1‑141 TGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCA > 1:81306/1‑141 TTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCACTGTTCATTTTTCTTACCTACAAGAATTCATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAAGTTTTTTTATCTTGTCCATT > 2:13102/1‑141 TGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATGAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTT > 1:4333/1‑141 GTAACTTATACTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTA < 1:663008/141‑1 ACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAAAATTTAAGCCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAA > 2:272058/1‑141 TTTTGGAATTAACGTTGACATCTGGTCATTCCGGTTTGAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACCTTTTATAAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTG < 1:123660/141‑1 TTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTG < 1:108398/141‑1 TTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTG < 1:577310/141‑1 TTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGA > 2:208788/1‑141 TTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCACTAACTTTTTTTATCTTAGCCATTTTGTTTTTTAACCAAAATTTGtt > 1:595554/1‑139 TTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCACAATTTGAT > 2:659391/1‑141 TTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTATCTTACCGACAAGAATTAATTATACAATCTACAACCACCTAAGTCATGAAGTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGAT > 2:469125/1‑141 ttttttCGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACTTTTAATTCAATAACTTTTTTTATTTTTTCCTTTTTATTTTTTAACCATACTTTGATTAAA > 2:29110/7‑141 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TGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACGTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT < 1:432453/141‑1 aATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCGTACCGCCAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC < 2:228260/140‑1 CATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC < 2:229483/141‑1 CATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTAAATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC < 2:437910/141‑1 ATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAAC > 1:596252/1‑141 TCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTC < 1:537745/141‑1 ATTAAGTTTTCCATGTTAAAATTTCTTACAGACAAGAATTAATTATACATTTTATCCACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTA < 1:300900/141‑1 GTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTA > 1:633523/1‑141 GTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCAATTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTCAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTA < 1:429966/141‑1 TTTCAATGTTCGTTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATAAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACAAAAATTTGATTAAAAAAATGCCTGGCAACGTTCTACACTCGC > 2:338205/1‑141 CAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATTTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAAATAGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTACTACTCTAGCGca > 2:12669/1‑139 TGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGAACG > 2:328716/1‑141 TGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACG < 2:25486/141‑1 TGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACG < 1:539245/141‑1 GTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGT < 1:208788/141‑1 GTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGT < 2:271370/141‑1 GTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAATACCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGT > 2:381037/1‑141 TTTTCTTACCGACAAGAATTAAGTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTACCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTC > 2:485868/1‑141 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ATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCT < 2:214260/141‑1 ATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCT < 1:29110/141‑1 AACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGT < 1:121661/141‑1 accTTTAAGTCAATACCTTTTTTTCGCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTT < 1:312199/138‑1 ATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG < 2:360724/141‑1 TTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACGCTAGCGGAACGTAGGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGG < 2:239986/141‑1 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TTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGACGGCAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGT > 1:154788/1‑141 TTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGT > 2:94953/1‑141 TTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGA < 2:284380/141‑1 TTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAC < 1:372354/141‑1 TTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAAGTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAC < 2:113229/141‑1 CTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACGGGTGTGACCTCCT > 2:149718/1‑141 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USA300TCH1516_ALE/512758‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTA > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |