| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_012417 | 2035 = | 1183 (0.860) | intergenic (+268/+58) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1710 total aligned reads displayed.
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(MQ=17) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGACGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTCTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa < 2:729153/141‑1 (MQ=17) gcagagaAAATTTATTGATGTTGAGAATAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGATATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGTGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt < 1:764458/138‑1 (MQ=255) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt > 1:942468/1‑141 (MQ=32) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGGGGCTCAACGGCAATAAAGCAATTgg < 1:555093/141‑1 (MQ=17) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 1:187964/141‑1 (MQ=32) agaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGa < 2:787194/141‑1 (MQ=31) ttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaata > 2:440019/1‑141 (MQ=31) ttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaata < 1:606497/141‑1 (MQ=31) gTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGCCCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTaa < 1:747439/141‑1 (MQ=38) gTTGAAAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTaa < 2:1027337/141‑1 (MQ=38) ttGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTaac < 2:241523/141‑2 (MQ=38) gagaAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGt > 1:25015/1‑141 (MQ=40) agaagaACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTa > 2:964968/1‑141 (MQ=40) aagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAc > 2:197389/1‑141 (MQ=255) aagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTAAACTATTAAGCCGACCATACGACAAGATTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAc > 2:295284/1‑141 (MQ=255) agaaCCATTAACCAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAGGGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAcc < 1:476597/141‑1 (MQ=255) GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAccc < 1:1068976‑M1/141‑1 (MQ=255) ACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTTAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGATTAAATAGTATCTAAAGTAACCCGt < 2:690548‑M1/141‑1 (MQ=255) CCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCACACGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAt < 2:1064219‑M1/141‑1 (MQ=255) cttctCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGGGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCTACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTTAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAtt > 2:570134‑M1/6‑141 (MQ=255) TAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTa < 2:422337‑M1/141‑1 (MQ=255) ACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAg < 2:632733‑M1/141‑1 (MQ=255) | TGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATT > NC_012417/1836‑2116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |