New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2085296 = | 60 (0.660) | 63 (0.780) | 48/232 | NT | 48.6% | coding (173/201 nt) | hlb_1 | Phospholipase C |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2128343 | 80 (0.990) | coding (1/825 nt) | hlb_2 | Phospholipase C |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CTACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/2128204‑2128483 | cTACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAt < 2:88301‑M2/141‑2 (MQ=255) cTACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCAAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAt < 2:296367‑M2/141‑2 (MQ=255) aCATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAGAAAAACAACTAAAATTTTAGAGAGTATATAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAACAACTGTTGTTACAGAGTTTCTAtgt < 2:406442‑M2/141‑4 (MQ=255) aCATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgt < 2:1035931‑M2/141‑4 (MQ=255) aCATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgt < 2:102031‑M2/141‑4 (MQ=255) aCATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgt > 1:620322‑M2/1‑138 (MQ=255) aCATCCATGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAAGAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgt < 2:694606‑M2/141‑4 (MQ=255) cATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGTCACTTTTTTGATTCCAAACCAAATAAAAACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgta < 1:799304‑M2/141‑5 (MQ=255) ccGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGATCCCGGATTTACTCCAAACCCACTAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatcc < 1:1037356‑M2/141‑8 (MQ=255) ccGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatcc < 1:843864‑M2/141‑8 (MQ=255) cGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatcca < 2:304631‑M2/141‑9 (MQ=255) gtgtATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaa > 1:396448‑M2/1‑132 (MQ=255) gtgtAATCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAAGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaa > 2:574425‑M2/1‑132 (MQ=255) ctgtaTTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATCAAGAGGACAAAAAAACAACTACAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTTCAAACCCAATAAATACTGTTGTTGCAAGGTTTCTAtgtatccaa > 2:605107‑M2/2‑132 (MQ=255) tgtTTTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCACTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaa < 2:958911‑M2/141‑11 (MQ=255) tgtATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACCAAAAAACACCTAAAATTTTAGAAAGTCTGTAATTGAGGGACCCATTAGGGAATCCAAACCCAATAAATACTGTTGGTACAAGGTTTCTCtgtatcaaaa < 2:54254‑M2/141‑11 (MQ=255) tgtATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGAAAAAAAAAAAAATAAAGTTTTAGCGAGAATGTAATTTAGGAAAACATTACGGACTCCAAACCCAATACAAACTGTTGTTACAAGTTTTCTATGAATCCaaa > 2:94688/1‑141 (MQ=255) gtATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaac < 1:892088‑M2/141‑12 (MQ=255) ttCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactgg < 2:631779‑M2/141‑15 (MQ=255) tctcATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTCTGTATCCAAACTggg > 2:173388/1‑141 (MQ=255) tcATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTggggg > 2:184961/1‑141 (MQ=255) aTTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCa > 1:215307/1‑141 (MQ=255) aTTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCa > 2:465802/1‑141 (MQ=255) tttGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagactt > 1:561724‑M2/1‑121 (MQ=255) ttGTTAGAAGAAAAATTTAATTAATAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAat > 2:1070005/1‑141 (MQ=255) ttGTTAGAAGAAAAAGTTAATGAATAGGACAAAAAACCAACCAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTGTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAat < 2:343761/141‑1 (MQ=255) agaagaAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACACCTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGAACCATAAGGCGCTACAAACCCAATAAAAACTGTTGTTATAAGATTTCTAtgtatccaaactggagacatttaaca < 2:877798‑M2/141‑27 (MQ=255) agaagaAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtatatccaaactggagacttttaaca < 2:610392‑M2/141‑27 (MQ=255) agaaAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataa < 1:69459‑M2/141‑30 (MQ=255) aaaaaTTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaa < 2:273673‑M2/141‑32 (MQ=255) aaTTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGa > 1:413164/1‑141 (MQ=255) aTTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGAt > 1:678461/1‑141 (MQ=255) tttAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattact < 2:902758‑M2/141‑37 (MQ=255) ttAATGAAGAGGACAAAAAGACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGATCCATTAGGGATAGCAAACCCATCAAATTCTGGTGTTTCAATGTTGCTATTTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGAttt > 1:587972/1‑141 (MQ=255) ttAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattactt < 1:282831‑M2/141‑38 (MQ=255) acgaaGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatc > 1:124736‑M2/3‑101 (MQ=255) aTGAAGAGGACAAACAAACAACTAAAATTGTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAAt > 1:591320/1‑141 (MQ=255) gAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcat > 2:245944‑M2/1‑99 (MQ=255) agagGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattc < 1:76228‑M2/141‑45 (MQ=255) gagGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattca < 1:13831‑M2/141‑46 (MQ=255) gagGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGAc > 2:899198/1‑141 (MQ=255) ggACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATGAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaa < 2:929358‑M2/141‑48 (MQ=255) gACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaa < 1:459741‑M2/141‑49 (MQ=255) aaaaaaaacAACTAAAATTTTAGAAAGTTTGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAGTACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaag > 2:416349‑M2/2‑91 (MQ=255) aaaaaaCAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGCCCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagta > 1:26791‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaaCAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATcttctt > 2:262354/1‑141 (MQ=255) aaaaCAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATcttctt > 1:606123/1‑141 (MQ=255) aaaCAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGGGTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaa < 1:978615‑M2/141‑56 (MQ=255) ccacTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTatat < 1:184208/139‑1 (MQ=255) caacTAAAATTTTAGAAAGTATGTCATATAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCAAATAAATACTGTAGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattccttatcattcaaaaagtaaaacag < 2:510007‑M2/141‑59 (MQ=255) caacTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCACTAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCGGATTTAATCGGACAGTCTTCTTctat > 1:23238/1‑141 (MQ=255) acTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTa > 2:283972/1‑141 (MQ=255) acTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTa > 1:772677/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTaaaa < 1:487210/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataat > 1:94688‑M2/1‑77 (MQ=255) ttttAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAtataa < 2:765718/141‑1 (MQ=255) gAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAatgttg > 2:634844/1‑141 (MQ=255) gAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAatgatg > 1:1001493/1‑141 (MQ=255) aaaGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtacaacagcataaaataaaggtt < 2:63914‑M2/141‑74 (MQ=255) aaGTATGCTATTTAGGGGCCCATTGGGGACTCCAAACCCAATAATTACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAACCTGGGGGAAATATTAACGCGCTGATTTAATCGGATAATCTTCTTGTATTAAAAATAATGATGTc < 2:875508/141‑1 (MQ=255) gTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataact > 1:454163‑M2/1‑61 (MQ=255) aTTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTc < 1:375527/141‑1 (MQ=255) gggACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGa < 2:360893/141‑1 (MQ=255) ggACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTccctgca > 2:272128/1‑135 (MQ=255) ggACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGaa > 2:558387/1‑141 (MQ=255) ttAGGGACTCCAAACCCAGTAAATACTGGTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAACCATTTg > 2:373476/1‑141 (MQ=255) tAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGa < 1:304631/141‑1 (MQ=255) aGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGaa > 1:63593/1‑140 (MQ=255) ggACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaatagcataatatcaaagtttataactttatcattaccaaacattac < 2:264098‑M2/141‑101 (MQ=255) gACTCTAAACCCAATAAATACTGTTGTTACATGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTATTCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCATTGAAGCATTTGATAAt < 2:147282/141‑1 (MQ=255) gACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAAt < 1:184961/141‑1 (MQ=255) aCTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATg < 1:894235/141‑1 (MQ=255) cTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATgg < 2:705362/141‑1 (MQ=255) cTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATgg < 1:907551/141‑1 (MQ=255) tCCAAATCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataagattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcat > 2:823692‑M2/1‑37 (MQ=255) tCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcat < 2:609681‑M2/141‑105 (MQ=255) cAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTAACCCAACAGATGATTATATAAACGTTGTTTTTTAATCTGATAATCTTATGATATTAAAAATAATTATGTCATAATATTTAATGAAGCATTTGATATTTGTGc > 2:397472/1‑141 (MQ=255) aaaCCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatata < 1:338022‑M2/141‑108 (MQ=255) aaaCCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctaatata < 2:548365‑M2/141‑108 (MQ=255) aaCCCAATAAATACTGTTGTTACAGGGTTTCTATGTATCCAAACTGAGGGCAGTATAAAGGCGCGGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGGTAAGAGTGCAt > 2:315403/1‑141 (MQ=255) aaCCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatataa < 1:622989‑M2/141‑109 (MQ=255) aCCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAAGGAAGCATTTGATAATGGTGCATc > 1:738480/1‑141 (MQ=255) cccAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCa < 1:1070005/141‑1 (MQ=255) aataaataCTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGAc < 2:221890/141‑1 (MQ=255) aataaataCTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGAc < 2:678461/141‑1 (MQ=255) ataaataCTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACa < 1:289320/141‑1 (MQ=255) ttaataCGGTTGTTACAAGTTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACaa > 2:1098156/3‑141 (MQ=255) aataCTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAat > 1:543269/1‑141 (MQ=255) cTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatataaaataaaattttag < 1:983574‑M2/141‑122 (MQ=255) gttgtcACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATTAGACAACTTATTaa < 2:618758/141‑1 (MQ=255) gttgtaACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTaa < 2:656806/141‑1 (MQ=255) ttACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatataaaataaaattttagggactt > 1:452364‑M2/1‑14 (MQ=255) tACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAAt < 1:828550/141‑1 (MQ=255) aaGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatataaaataaaattttagggacatttat < 1:1078291‑M2/141‑132 (MQ=255) aaGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTTATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAAtgtg < 1:88301/141‑1 (MQ=255) aaGGCTTCTATGTATCCGAACTTACGGCAAAATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAGTTATTAAGTAAtgtg < 2:771873/141‑1 (MQ=255) ttATGTGTCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCGTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAg < 2:474517/140‑1 (MQ=255) cTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatataaaataaaattttagggactttttagggattt < 1:815953‑M2/141‑139 (MQ=255) cTATGTATCCAAACGGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAg < 2:131328/141‑1 (MQ=255) aTGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGaa > 1:1051203/1‑141 (MQ=255) | CTACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/2128204‑2128483 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |