New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 855629 = | 126 (1.140) | 3 (0.050) +TCCCATTGGCATTTACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATT |
3/162 | 12.5 | 4.3% | intergenic (+160/‑600) | zipA_1/cggR | Cell division protein ZipA/Central glycolytic genes regulator |
? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 104 (0.940) | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
ACCAGTATGACAGACAACACAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTGGGAGGAGCC > USA300TCH1516_ALE/855491‑855768 | cccAGTGTGACAGACAACACAATTAAGTAGGTTGTATCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTg < 4:238748/140‑1 (MQ=255) gTATGACAGACAACACAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGAc < 1:656096/141‑1 (MQ=255) gTATGACAGACAACACAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGAc > 2:857342/1‑141 (MQ=255) gTATGACAGACAACACAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGAc < 2:760003/141‑1 (MQ=255) tATGACAGACAACACAATTAATTAGGTTGTCTCGAATGTTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACa > 1:682506/1‑141 (MQ=255) cgagacaACCTAATTAATTGTGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGaaa > 1:679538/3‑141 (MQ=255) cagacaACACAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAAt < 2:247148/141‑1 (MQ=255) agacaACACAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATGGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATg < 1:150588/141‑1 (MQ=255) acaacaCAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGat > 2:399706/1‑141 (MQ=255) acacAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATAtt > 3:224259/1‑141 (MQ=255) acacAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAAGTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATAtt > 2:229269/1‑141 (MQ=255) cacaATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATAttt > 1:809405/1‑141 (MQ=255) attaattaGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGc < 1:458589/141‑1 (MQ=255) ttaattaGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCa > 2:192100/1‑141 (MQ=255) taattaGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCaa < 1:200984/141‑1 (MQ=255) aattaGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCaaa < 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(MQ=255) ttGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAatttatt < 3:137220/141‑1 (MQ=255) gTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTtc < 2:679538/141‑1 (MQ=255) ctcGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATGGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTtcgt > 2:828601/1‑141 (MQ=255) aaTATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCgtcgtc < 1:627143/141‑1 (MQ=255) gTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCAcccc > 1:810996/1‑141 (MQ=255) ttCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCa < 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(MQ=255) aTAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCAtt > 2:413078/1‑141 (MQ=255) tAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCGGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTg > 3:302832/1‑141 (MQ=255) gTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGcc > 1:440309/1‑141 (MQ=255) tGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCt > 2:87649/1‑141 (MQ=255) gAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTg < 1:526755/141‑1 (MQ=255) aaTTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTa > 3:330408/1‑141 (MQ=255) atttatttTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGGCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCGCAACTTGCATTGCCTGTAg < 4:213930/141‑1 (MQ=255) atttatttTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAg < 3:392192/141‑1 (MQ=255) atttatttTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAg < 2:502280/141‑1 (MQ=255) tatttTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATGTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCNGTCGaga > 2:684199/1‑139 (MQ=255) tatttTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCATGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGaaa < 1:666634/141‑1 (MQ=255) tattatGAGGGAGGTCGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTAGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGaaa < 2:776049/141‑1 (MQ=255) ttttGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAAtt < 4:304486/141‑1 (MQ=255) ttGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTgg > 2:102959/1‑141 (MQ=255) gagtgatGTGCGACAGAAATGATATTTTCGCAAACTTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATGGCCTGTCGAAATTGGAAGTCTAATTTCTCTATCTTTGGGCCCCACCCCACCTTGCATTGCCTGTAAAAACCGgga > 4:154430/1‑141 (MQ=17) gagtgagGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTGgga > 2:499651/1‑141 (MQ=255) gagtgagGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTGgga > 1:75114/1‑141 (MQ=255) agtgagGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGCAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTCACTGTAGAATTTGggag > 2:623458/1‑141 (MQ=255) agGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTggctcctcc < 1:311513/141‑8 (MQ=255) agGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTggctcctcc < 1:311539/141‑8 (MQ=255) ggTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTGGGAGGAGcc < 1:251394/141‑1 (MQ=255) ggTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTGGGAGGAGcc < 1:838327/141‑1 (MQ=255) | ACCAGTATGACAGACAACACAATTAATTAGGTTGTCTCGAATATTGGTTCTTATTTTTATAATTGTTAATTAGGGGAGAGATGATACTTAAATAGTTAGTTATTTATTTTACGGATAGTGAAATTTATTTTGAGTGAGGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTCCATTGCCTGTAGAAATTGGAAATCCAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCACCCCAACTTGCATTGCCTGTAGAAATTGGGAGGAGCC > USA300TCH1516_ALE/855491‑855768 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |