| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1732970 | 125 (1.130) | 9 (0.090) | 8/252 | 13.5 | 7.3% | intergenic (+156/+81) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1733003 | 114 (1.130) | intergenic (+189/+48) | limB_2/USA300HOU_RS08645 | Limonene 1,2‑monooxygenase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
AAGTGAAAGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATT > USA300TCH1516_ALE/1732830‑1733110 | aaGTGAAAGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATCCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGcccc > 4:261679/1‑141 (MQ=255) gTGAAAGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCtt > 1:629982/1‑141 (MQ=255) gAAAGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCa > 1:608560/1‑141 (MQ=255) aaaGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCaa < 2:840829/141‑1 (MQ=255) aGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt > 1:558198/1‑141 (MQ=255) aGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACt < 2:814604/141‑1 (MQ=255) gtatggatCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGGTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAATCGCTCCTTCACCtt > 4:269916/1‑141 (MQ=255) tatgtatCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACttt < 3:330690/141‑1 (MQ=255) gatgtatCCATAATAGTAATAAAAATATACAATAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAAGGCTAATTCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACctt < 2:133497/140‑1 (MQ=255) atgtatCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTa > 2:283663/1‑141 (MQ=255) tgtatCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTac < 4:228474/141‑1 (MQ=255) tatCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac < 1:850457/141‑1 (MQ=255) tatCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTacac > 2:743886/1‑141 (MQ=255) atCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACt > 1:300284/1‑141 (MQ=255) ataataTTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTgtgt > 3:17057/1‑141 (MQ=255) atTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAgtg > 2:823393/1‑141 (MQ=255) taataaAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGtt > 1:284084/1‑141 (MQ=255) aaaTATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTg > 2:195865/1‑141 (MQ=255) aCAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATgggg > 2:119711/1‑141 (MQ=255) cAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGgc < 3:208054/141‑1 (MQ=255) aGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGgcg > 3:138631/1‑141 (MQ=255) gacaccgCATTTAGAACGAAAGATGACTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAACTATAATGAAAATATGAAAGCGCACCTTAAACTTTCCACAGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGgagc < 2:772924/135‑1 (MQ=255) gTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGgcgc < 1:151684/141‑1 (MQ=255) gTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGgcgc > 4:245082/1‑141 (MQ=255) aCAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCttt < 2:520479/141‑1 (MQ=255) aCAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCttt < 1:717697/141‑1 (MQ=255) aCAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCttt < 2:705632/141‑1 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3:121917/1‑141 (MQ=255) tgaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATAtt < 3:354176/141‑1 (MQ=255) aatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGa > 2:248338/1‑141 (MQ=255) aaGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATGTTAGTAATGTTTCATATTCACTTATAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTCTGTAAGTGTTTATTTGATGCGTCGCCTTCATAATATTGAAAAGc > 4:162103/1‑141 (MQ=255) aGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCa < 3:339421/141‑1 (MQ=255) gATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCat > 2:853710/1‑141 (MQ=255) tCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATcc > 2:695337/1‑141 (MQ=255) tCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATcc > 2:165769/1‑141 (MQ=255) tCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACGGTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATcc > 1:318574/1‑141 (MQ=255) cTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCa < 2:440496/141‑1 (MQ=255) aTTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAAt < 1:494898/141‑1 (MQ=255) aTTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAAt < 1:541792/141‑1 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atttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAatttatt > 1:909574/1‑141 (MQ=255) atttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAatttatt < 1:395519/141‑1 (MQ=255) ttAGTAATAATTCAAATTCATTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTtct < 1:697756/141‑1 (MQ=255) tAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTtctc < 1:529170/141‑1 (MQ=255) aTGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAGATTTATTTCTCTTTAt > 1:330632/1‑141 (MQ=255) tGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATc > 1:171928/1‑141 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(MQ=255) aTGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTa > 2:443695/1‑141 (MQ=255) tatGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATc > 4:125849/1‑141 (MQ=255) tatGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATc > 2:28314/1‑141 (MQ=255) tatGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGATTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATc > 2:819362/1‑141 (MQ=255) atGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAata > 1:448031/1‑63 (MQ=255) atGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAata < 2:448031/63‑1 (MQ=255) gAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTg < 2:46568/141‑1 (MQ=255) aGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGtat > 3:380971/1‑141 (MQ=255) aGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGtat > 2:673938/1‑141 (MQ=255) cgcCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTatat < 1:142676/141‑1 (MQ=255) cgcCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTatat > 4:194315/1‑141 (MQ=255) gcCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATAtt > 3:200822/1‑141 (MQ=255) ccTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTGTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCAt > 1:667258/1‑141 (MQ=255) cTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCAtt < 1:882509/141‑1 (MQ=255) cTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCAtt < 3:271455/141‑1 (MQ=255) | AAGTGAAAGTATGTATCCATAATATTAATAAAAATATACAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATT > USA300TCH1516_ALE/1732830‑1733110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |