| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1695023 = | 85 (0.770) | 3 (0.040) +ATTGGCATTTACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATT |
3/170 | 13.0 | 4.9% | intergenic (‑229/+301) | hemN_1/lepA | Oxygen‑independent coproporphyrinogen‑III oxidase‑like protein YqeR/Elongation factor 4 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 104 (0.940) | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAA > USA300TCH1516_ALE/2830050‑2830329 | gCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTaaa < 1:653673/141‑1 (MQ=255) cGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTaaaa > 1:629585/1‑141 (MQ=255) cGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTaaaa > 1:155270/1‑141 (MQ=255) atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac > 4:76849/1‑141 (MQ=255) atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac > 1:293100/1‑141 (MQ=255) atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac > 4:393392/1‑141 (MQ=255) atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATCATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac < 1:159890/141‑1 (MQ=255) actactATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAcgcg < 4:149401/141‑1 (MQ=255) tactaTTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGt > 2:483971/1‑141 (MQ=255) ttCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCg < 1:863335/141‑1 (MQ=255) tCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa < 1:742081/141‑1 (MQ=255) tttAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc < 1:587758/141‑1 (MQ=255) aGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGt < 2:449757/141‑1 (MQ=255) aGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGt < 3:381881/141‑1 (MQ=255) ggATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGtt < 2:210360/141‑1 (MQ=255) gATTATGTATAGGTGTGCTAAAGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt < 1:469772/141‑1 (MQ=255) gATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt < 3:292136/141‑1 (MQ=255) ttATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa > 1:427271/1‑130 (MQ=255) ttATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa < 2:427271/130‑1 (MQ=255) aTGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAAt > 2:23008/1‑141 (MQ=255) tataGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtga < 1:340128/141‑1 (MQ=255) ataGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAGATCAGTTTGAATtgac < 3:46987/141‑1 (MQ=255) taGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 2:736628/1‑141 (MQ=255) taGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact < 1:796531/141‑1 (MQ=255) taGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:694831/1‑141 (MQ=255) aGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactg < 2:179697/141‑1 (MQ=255) ggTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactga > 2:324689/1‑141 (MQ=255) gtgtCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactgac > 1:388666/1‑141 (MQ=255) gtCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGCAATCAGTTTGAATTGACTGACtt > 1:459236/1‑141 (MQ=255) tCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTc > 2:750323/1‑141 (MQ=255) ggCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTATAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGt > 4:375595/1‑141 (MQ=255) cATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 4:262048/1‑141 (MQ=255) tGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa > 1:348061/1‑141 (MQ=255) tGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa < 1:668247/141‑1 (MQ=255) tatTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcg > 1:34486/1‑141 (MQ=255) tatTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcg > 1:729437/1‑141 (MQ=255) tatTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcg < 1:344012/141‑1 (MQ=255) tagtGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcg > 2:509403/4‑141 (MQ=255) ttGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcgcg > 1:453455/1‑141 (MQ=255) cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt > 1:628794/1‑141 (MQ=255) cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt < 4:343115/141‑1 (MQ=255) tGAACTCTATAGCTTTAGGTTTATTATTGAAAAACAACCATAT‑AAATGGAACATTAATGCTTATTAATTATTGAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAGGCGAATTCAGTTTGAATTGATTGACTTCGTTTTACCGCGTGttt < 2:536779/141‑1 (MQ=255) gAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTa < 2:554489/141‑1 (MQ=255) aaTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa > 2:306773/1‑141 (MQ=255) aaTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa < 2:313042/141‑1 (MQ=255) cTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATAtt < 1:747376/141‑1 (MQ=255) cTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATAtt > 2:669183/1‑141 (MQ=255) tataTCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTg < 1:722075/141‑1 (MQ=255) atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGt > 3:15105/1‑141 (MQ=255) tatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGtt > 1:549135/1‑141 (MQ=255) tCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtat < 1:65203/141‑1 (MQ=255) ttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACa > 4:146462/1‑141 (MQ=255) tAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACat > 3:185878/1‑141 (MQ=255) aGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata < 1:152148/141‑1 (MQ=255) aGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata > 2:847880/1‑141 (MQ=255) ggTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatat > 2:401861/1‑141 (MQ=255) gTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatata > 1:272020/1‑141 (MQ=255) tttATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat > 2:317222/1‑141 (MQ=255) ttattaTTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATAtt < 2:96718/141‑1 (MQ=255) tattatTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTc > 3:245558/1‑141 (MQ=255) attattGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt < 1:324689/141‑1 (MQ=255) attattGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt > 2:887934/1‑141 (MQ=255) tGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTg > 1:245218/1‑141 (MQ=255) ggAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc > 1:15206/1‑141 (MQ=255) ggAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc < 1:503041/141‑1 (MQ=255) aaaaCAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGcac < 2:879028/141‑1 (MQ=255) aacaacCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt < 1:51166/141‑1 (MQ=255) aacaacCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt < 2:76861/141‑1 (MQ=255) aacaacCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt < 1:702340/141‑1 (MQ=255) acaacCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATCGTTATACATATATTCTAATTGCACAtt < 3:91658/141‑1 (MQ=255) caacCATATAAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAtt < 4:18627/141‑1 (MQ=255) aacCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTa > 2:610473/1‑141 (MQ=255) aacCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTa > 2:864380/1‑141 (MQ=255) acCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTaa > 3:242997/1‑141 (MQ=255) cATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAc > 3:219555/1‑141 (MQ=255) cATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAc < 1:394826/141‑1 (MQ=255) tat‑aAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACtt < 3:118987/141‑1 (MQ=255) aaaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGt < 3:76849/141‑1 (MQ=255) ttGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTaaa > 2:705785/1‑141 (MQ=255) aCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGcc > 2:667612/1‑141 (MQ=255) cATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCa < 1:715741/141‑1 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCaa < 4:15435/141‑1 (MQ=255) ttAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAAt > 4:365647/1‑141 (MQ=255) tAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATTTATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATg < 4:168839/141‑1 (MQ=255) tAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATg < 1:481768/141‑1 (MQ=255) aTGCCTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAACCGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACAGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATggg < 4:4924/141‑1 (MQ=255) attattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAg > 2:756528/1‑141 (MQ=255) attattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAg > 1:721933/1‑141 (MQ=255) tattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATCGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGaa > 2:731700/1‑141 (MQ=255) ttaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAAt < 3:393392/141‑1 (MQ=255) ttaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAAt < 2:155270/141‑1 (MQ=255) taaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATg > 3:49850/1‑141 (MQ=255) aaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGACAAATCAGTGTTAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAACTGa > 1:443733/1‑141 (MQ=255) cTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGatat > 2:821442/1‑141 (MQ=255) tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATAtttt > 4:207475/1‑141 (MQ=255) ttAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCg > 2:341246/1‑141 (MQ=255) gaaaaaCACTCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAGTTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGc < 2:6598/140‑1 (MQ=255) aaaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCa > 1:691735/1‑141 (MQ=255) aaaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAGCa > 2:747124/1‑141 (MQ=255) aaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCaa < 1:128053/141‑1 (MQ=255) | GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATAT‑AAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAA > USA300TCH1516_ALE/2830050‑2830329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |