| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 961 = | 1497 (1.170) | 5 (0.000) | 5/250 | NT | 0.36% | pseudogene (682/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
| ? | NC_012417 | 980 = | 1340 (1.090) | pseudogene (701/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/1105‑961‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaattATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGA > NC_012417/980‑1119 CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAGTGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGA > 2:258453/1‑141CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAGTTTTGATTTTCGA > 1:40817/1‑141CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGA > 1:808016/1‑141CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGA > 1:180516/1‑141CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGA > 1:884092/1‑141CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGA > 1:313408/1‑141CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGA < 2:706024/141‑1CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGA > 2:258358/1‑141 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AATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAAT > 2:13866/1‑141 AATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAAT > 2:409658/1‑141 AATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAAT < 2:48860/141‑1 AATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTATCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGAACTTAGTCAACACTTGCGACTTAACTAATAATTTTTCTTTTCGAAAT > 2:44721/1‑141 atcTATCGCTTTTTTCTTATTTTTGTTACACTACATACAGCATGTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACACAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATT < 2:80639/138‑1 agATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTAACACTACATACAGAATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCTACAAAAAAGACACTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATT < 1:578525/139‑1 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AAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTTTTTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAAT > 2:598327/1‑141 AAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCCCAAAAAT > 2:127946/1‑141 AAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAAT < 1:278953/141‑1 AAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAAT < 1:807049/141‑1 AAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAAT < 1:782780/141‑1 AAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAAT < 2:175460/141‑1 AATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACATATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAAAGCAATATATTGTGTCACCAAAAaa > 2:416803/1‑139 AATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCTATATATTGTGTCACAAAAATA < 1:490535/141‑1 AATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTTTCACAAAAATA > 2:690058/1‑141 AATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATA > 2:769936/1‑141 AATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATA > 2:356550/1‑141 AATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATA > 2:300123/1‑141 AATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTAACAAAAATA > 1:173906/1‑141 AATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTCTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACTCAATAAATTGTTGCCCCAAAATA > 2:216250/1‑141 AATTATTATTTAAGACATCAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTAGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATA < 1:925069/141‑1 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTTTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAA > 2:124568/1‑141 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTTATTTTTTATAAAAAAGTACTGACTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAA > 2:161936/1‑141 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAACAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAA > 1:363497/1‑141 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATACGTACATCTCATCGTAGTGGGTCACAAAAATAA > 2:658109/1‑141 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTTTGTCACAAAAATAA > 2:362547/1‑141 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTTTCACAAAAATAA > 2:523298/1‑141 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAA > 1:819343/1‑141 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAA < 1:766278/141‑1 ATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAA > 2:269377/1‑141 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TATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTAATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGA < 1:537258/141‑1 TATTATGTAGGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGA < 2:381294/141‑1 CACAATATATTGCGTTTGTCTTATTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTACTTTTTTATAAAAAATCAACAAAAAAGACATTAGTCAACACTAATGTCTTAAATAATAATTTTGCTTTTCGAAATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/1105‑961‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaattATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGA > NC_012417/980‑1119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |