| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 961 = | 1497 (1.170) | 5 (0.000) | 5/250 | NT | 0.36% | pseudogene (682/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein |
| ? | NC_012417 | 980 = | 1340 (1.090) | pseudogene (701/709 nt) | USA300HOU_RS14890 | replication protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1687 total aligned reads displayed.
TAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATAT > NC_012417/821‑1101 | tcttatttttgtgacacaatatattgcgtttgtcttatttttgtttcactacatacagaatttgtcaccaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcgacacaaatgtcttaaataata < 1:363107‑M1/1‑1 (MQ=255) ttatttttgtgacacaatatattgcgtttgtcttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataat > 2:253875‑M1/139‑141 (MQ=255) tttATGGTGGATTACTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTAAGGCGATATCGAAGATGGTAATTTAATTAATGCAATTGATGAAGATAAAACAACAGACGAATAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCGATTTGGAAtt < 2:359373/140‑1 (MQ=14) gTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCGCATACGATTACCGCAATTTGGAAtt < 2:669680/141‑1 (MQ=255) ttATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAAttt < 2:93702/141‑1 (MQ=255) tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTc > 2:132536/1‑141 (MQ=255) tggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGa < 1:635915/141‑1 (MQ=255) ggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGaa < 1:852029/141‑1 (MQ=255) ggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGaa < 1:475384/141‑1 (MQ=255) tggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGCCGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTCCggcac > 2:231974/1‑137 (MQ=255) ggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAg < 1:650236/141‑1 (MQ=255) ggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGAGGTCGAAGCTGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAGACAACAGACGGAGAAGAAAAAGAACATTAAATTACCGCAATTAGGAATTTCGaaacg > 2:324073/1‑139 (MQ=14) gATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGc > 2:11955/1‑141 (MQ=255) tgattAAACAAAAACATAAAACTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCaaa < 1:7074/138‑1 (MQ=255) gCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCACTTTGGAATTTCGAAAAGCaaaa > 2:18838/1‑141 (MQ=255) gCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCaaaa > 2:55967/1‑141 (MQ=255) gCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGAGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCaaaa > 1:745780/1‑141 (MQ=255) acTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGAGGTCGAACATGGTAATTTGATTAATGCAAGCGATGAAGATAAAATAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCaaaa < 1:333723/140‑1 (MQ=255) ttAAACAAAAACATAAACTATTAAGCTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAatt > 1:226766/1‑141 (MQ=255) ttAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAata > 1:126051/1‑140 (MQ=255) aaaCAAAAACATAAAGTTCTGAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAattat < 1:836177/141‑1 (MQ=255) aCAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAattatta < 1:51889/141‑1 (MQ=255) cAAAAACAAACACGTTTCAACTGAGTCGGTGTCGAAGATGGTACTCTGAGTAATGCAAGGGATGAACATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACACTCAATTACCGCAAGTTGGAATTTCGAAAAGCAAAattattat < 2:735243/141‑1 (MQ=14) aaaaCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTAttt > 1:62199/1‑141 (MQ=255) cATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGa > 1:551379/1‑141 (MQ=255) aaTAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTTATGCAAATCACGAAAAGAAAAAACCATTCGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGa < 1:178579/140‑1 (MQ=14) aTAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGAc < 2:752682/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACAtt > 1:211933/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACAtt > 1:495978/1‑141 (MQ=255) aaTTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTa < 1:564743/141‑1 (MQ=255) aaCTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTGGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGa < 1:24414/141‑1 (MQ=255) ataaGACGATGTCGAAGATGTGAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAATAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACt < 2:880936/138‑1 (MQ=255) tAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTaa < 2:480622/141‑1 (MQ=255) tAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATCATTTAAGACATTAGTGTTGACTaa < 1:688105/141‑1 (MQ=255) cggtGTCGAATATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTc < 2:847398/138‑1 (MQ=255) gATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCt > 2:924179/1‑141 (MQ=255) gATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCt > 1:256616/1‑141 (MQ=255) tGTCGAAGATGGTGATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACGTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttt < 1:59354/141‑1 (MQ=255) tGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCCCATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttt > 2:421469/1‑141 (MQ=255) gaagaaGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 2:219599/141‑1 (MQ=255) gAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttttttt > 2:512644/1‑140 (MQ=255) aaaaatagTAATTTGATAAATTCAATGGACGAAAATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATACAACTACCGCAATTAGGAATTGCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 1:924188/134‑1 (MQ=14) aaGATTGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgt < 2:109490/141‑1 (MQ=255) aGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt > 1:441515/1‑141 (MQ=255) aGATGGTAATTTGATTAACGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt < 1:276695/141‑1 (MQ=255) gATTGTAATATGATTCATGAAAGGGATCAAGAAAAAACAAAAGACTAACAAAAAAAAGCATATTCAATCACCGTACTTTAGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTATTGTTTACTAATGTCTGTTttgttg < 2:545190/141‑1 (MQ=9) aaTTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 1:345701/141‑1 (MQ=255) aaTTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:293213/141‑1 (MQ=255) aTTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAtttttt < 2:154613/141‑1 (MQ=255) tttGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTta > 1:100286/1‑141 (MQ=255) tGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTAAAATAATAACTTTTTTGTTGATTTTTtata < 1:456964/141‑1 (MQ=17) gATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaa < 2:575528/141‑1 (MQ=255) gATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaa < 2:169232/141‑1 (MQ=255) aTGCAAGTAATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAg < 2:697556/141‑1 (MQ=255) tGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGt < 1:114693/141‑1 (MQ=255) tGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCATTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGt > 1:576755/1‑141 (MQ=255) aaaGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGtcc < 2:528571/140‑3 (MQ=255) aaGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACt > 2:715152/1‑141 (MQ=255) aGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACCAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTg > 1:291040/1‑141 (MQ=255) gTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGt < 2:386503/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTAGACTTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTc < 1:76456/141‑1 (MQ=255) tatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGACTTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCt < 2:622661/140‑1 (MQ=255) gatgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCt < 1:167533/141‑1 (MQ=255) gatgaAGATAAAAAAACAGACGAAAAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATATAATATAAAAAAGTACTGTCt < 2:639569/141‑1 (MQ=18) tgaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTATTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCttt > 2:654573/1‑140 (MQ=255) gaAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAt < 2:794088/141‑1 (MQ=255) aTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAttttt > 1:314017/1‑141 (MQ=255) tAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTtg < 1:399163/141‑1 (MQ=255) aaaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTtgt < 2:595490/141‑1 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCCCATTTAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGa < 2:400124/141‑1 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGa < 2:440458/141‑1 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGa < 1:532772/141‑1 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATGACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGa < 1:91008/141‑1 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACaatt > 2:200386/1‑139 (MQ=255) aGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATg < 1:78235/141‑1 (MQ=255) aGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATg > 1:377442/1‑141 (MQ=255) aCGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCt < 1:61350/141‑1 (MQ=255) aagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCtgta < 1:800681/141‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCtgtat > 1:945646/1‑141 (MQ=255) agaagaaAAAGCAAATTCAATTTCCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGGCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCtgtat < 2:306620/141‑1 (MQ=255) gaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATGATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAAAAAGTACTTTATTATTTTTGTGAACAATGCAGTtagtag > 2:373029/1‑141 (MQ=14) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAgtgt < 2:339364/141‑1 (MQ=255) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTACTTAAGACAGTAGTGTTGACTAATGTCTTCTCTGTTGATTTATTATAAAAACGTCCTGTCTTATTTTTGTGAGAAATGCTGTATGTAgtgt > 1:152900/1‑141 (MQ=17) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAAGGTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAgtgt > 2:865843/1‑141 (MQ=255) aGCACATTCAAGTACCGGAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTca < 1:863503/141‑1 (MQ=255) gCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTATTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTGCTGTCTTATTCTTTTGCCAAATGATGTATGTAGTGTtac > 2:26838/1‑141 (MQ=17) cacaTTCAATTACCGCAATTTGTAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTCGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTcaca < 1:198629/141‑1 (MQ=255) acaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACaa > 1:881662/1‑141 (MQ=255) tCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAAt < 2:458496/141‑1 (MQ=255) aagtACCGCAATTTGGAATGTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAAAAAAAAAAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATaa < 2:60898/138‑1 (MQ=17) aaTTACCTCAATTTGGAATTTCAAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATaa < 2:767788/141‑1 (MQ=255) aaTTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATaa < 2:49718/141‑1 (MQ=255) aaTTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATaa > 1:813034/1‑141 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGc < 1:729603/141‑1 (MQ=255) tgAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAatat < 2:68503/140‑1 (MQ=255) ggAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAatat > 2:835108/1‑141 (MQ=255) ggAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAataa > 2:819146/1‑140 (MQ=255) ggAAGTTCGAAAAGCAAAATAATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTGGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAGAAATGGTGTATGTAATGTGAGAAAAAATAGACAAACGCAatat > 1:665072/1‑141 (MQ=21) gAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGCCATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAatata < 2:901924/141‑1 (MQ=255) gAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATTCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACACAatata > 1:424285/1‑141 (MQ=255) | TAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATAT > NC_012417/821‑1101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |