| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 37094 = | 98 (1.270) | 9 (0.130) | 4/240 | NT | 10.2% | intergenic (+118/‑719) | USA300HOU_RS14915/ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 37188 = | 68 (0.950) | intergenic (+212/‑625) | USA300HOU_RS14915/ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GAACATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAAGTTTACAGTGATATGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTGAGATTATACTAAT > USA300TCH1516_ALE/36954‑37234 | taacgtacctcttatctgtcattttactgagaactgcttttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattactcttattagtatactctcagttagaatgagtataaaaatgtaaataataacc < 2:414219‑M1/1‑1 (MQ=255)taacgtacctcttatctgtaattttactgagaactgcttttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattcctcttattagtataatctcagtaagaatgcgtataaaaatgaaaattacaacc < 2:43876‑M1/1‑1 (MQ=255)taacgtacctcttatctgtaattttactgagaactgcttttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattcctcttattagtataatctcaataagaatgcgtataaaaatgaaaattacgacc < 2:634032‑M1/1‑1 (MQ=255) aacgtacctcttatctgtaattttactgagaactgcttttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattcctcttattagtataatctcagtaagaatgcgtataaaaatgaaaattacaacCg < 2:386018‑M1/2‑1 (MQ=255) aaCATATAAGATAGAGAAATAACCTAGTGGCCGATTGTGCTGGATGAGCCTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAAGTTTACAGTGATATGCTTATTTTTTTATCTTACg < 1:323207/141‑1 (MQ=255) aCATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAAGTTTACAGTGATCTGCTTATTTTTTTATCTTACgt > 2:869784/1‑140 (MQ=255) aatatAAGATAGAGAAATAAACTAGCGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAGGTTTACAGTGATATGCTTATTTTTTTATCTTACGAt < 2:338600/140‑1 (MQ=255) ctacctcttatctgtaattttactgagaactgcttttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattcctcttattagtataatctcagtaagaatgcgtataaaaatgaaaattacaacCGAtt > 1:625561‑M1/137‑141 (MQ=255) ctcttatctgtaattttactgagaactgcttttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattcctcttattagtataatctcagtaagaatgcgtataaaaatgaaaattacaacCGATTTTGt < 1:771299‑M1/9‑1 (MQ=255) ctcttatctgtaattttactgagaactgcttttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattcctcttattagtataatctcagtaagaatgcgtataaaaatgaaaattacaacCGATTTTGt > 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gtgCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAAGTTTACAGTGATATGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTc > 1:748474/1‑141 (MQ=255) tttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattcctcttattagtataatctcagtaagaatgcgtataaaaatgaaaattacaacCGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCg < 1:52214‑M1/39‑1 (MQ=255) tttaacaaacctcttatctgcaattttacttagaattgcttttactattcctcttattagtataatctcagtaagaatgcgtataaaaatgaaaattacaacCGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCg < 1:52176‑M1/39‑1 (MQ=255) cTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAAGTTTACCGTGTAATGCTGATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAg > 1:686169/1‑141 (MQ=255) cTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAAGTTTACAGTGATATGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAg > 1:328767/1‑141 (MQ=255) gatgaGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAAGTTTACAGTGATATGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCa < 1:154895/141‑1 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2:685473/141‑1 (MQ=255) cAGTGATATGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTtat < 1:838774/141‑1 (MQ=255) ggATATGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACg < 1:152343/140‑1 (MQ=255) tatacGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGc < 1:769491/140‑1 (MQ=255) gATATGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGc < 2:163576/141‑1 (MQ=255) tatGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCAt < 1:746649/141‑1 (MQ=255) tGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTATACGTGCATGCTGGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTc < 2:405025/141‑1 (MQ=255) gCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCt < 1:882546/141‑1 (MQ=255) aTTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACt < 1:618152/141‑1 (MQ=255) tttttttATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTg < 2:388239/141‑1 (MQ=255) tttttATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTgag < 1:808480/141‑1 (MQ=255) tttttATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTgag < 1:176637/141‑1 (MQ=255) tttATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTGAGAt > 1:873349/1‑141 (MQ=255) tttATCTCACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTGAGAt < 2:666181/141‑1 (MQ=255) tCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTGAGATtata < 1:278916/141‑1 (MQ=255) tCTTACGATTTTGTACGGGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTGAGATtata < 2:368561/141‑1 (MQ=255) aCGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCCTTCTTACTGAGATTATACtaa < 1:486930/141‑1 (MQ=255) CGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTGAGATTATACtaat > 2:386697‑M1/1‑141 (MQ=255) | GAACATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACTAAACTGATTTTTTAAAGTTTACAGTGATATGCTTATTTTTTTATCTTACGATTTTGTACGTGCATGCTTGCCTAGGGGTATGGCTCGAGCCATTAGTCTCTCGCACATACTATTCCCTCAGGCGTCAGCACTTACAAAATCGGTTGTAATTTTCATTTTTATACGCATTCTTACTGAGATTATACTAAT > USA300TCH1516_ALE/36954‑37234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |