| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 2264 = | 388 (1.070) | 10 (0.010) | 4/238 | NT | 1.5% | intergenic (+44/+124) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0003/USA300HOU_pUSA300HOUMR0004 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2053 = | 958 (0.820) | intergenic (+286/+40) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 497 total aligned reads displayed.
TAATAGGTTTTTAAAGAATGATATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑T‑‑‑AA‑ACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATC > CP000731/2124‑2404 | tAATAGGTTTTTAAAGAATGATATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGagaag < 1:509768/141‑1 (MQ=255)tAATAGGTTTTTAAAGAATGATATTCATGTATTAGAAATGCAAATACACAATAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGagaag < 2:412120/141‑1 (MQ=255)aaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcgg > 2:334500‑M1/141‑141 (MQ=255)aaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcgg > 1:403349‑M1/141‑141 (MQ=255) aaTAGGTTTTTAAAGAATGATATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGagaaga > 2:897401/1‑141 (MQ=255) aaTAGGTTTTTAAAGAATGAAATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGagaaga < 1:344214/141‑1 (MQ=255) ttagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcgGAAcc > 2:600909‑M1/137‑141 (MQ=255) aGGTTTTTAAAGAATGATATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTGGAGAAGAAcc > 1:47300/1‑141 (MQ=255) tagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcgGAAccc > 1:582023‑M1/136‑141 (MQ=255) tagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcgGAAccc < 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ctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcgGGACCCTTa < 1:132351‑M1/9‑1 (MQ=255) taaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgcaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttacttcagatactctttattccaattgctttattgacgttgggcctcgGAACccttcc < 1:311736‑M1/10‑3 (MQ=255) aaGAATGATATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAGATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGCGAAGAACCCTTAAC‑‑T‑‑‑aa > 1:357/1‑141 (MQ=255) aaGAATGATATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑T‑‑‑aa < 1:145586/141‑1 (MQ=255) tGATATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑T‑‑‑AA‑ACTTg > 1:162384/1‑141 (MQ=255) 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agaagaACCCTTAAC‑‑T‑‑‑AA‑ACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAGGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAGGCCAATAGAACAATTGGAATAGAATCAGCCTGCagag > 2:719366/1‑141 (MQ=11) agaagaACCCTTAAC‑‑T‑‑‑AA‑ACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACagag < 1:779208/141‑1 (MQ=255) gaagaaCCCTTAAC‑‑T‑‑‑AA‑ACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGc > 2:529416/1‑141 (MQ=255) gaagaaCCCTTAAC‑‑T‑‑‑AA‑ACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGc > 1:938345/1‑141 (MQ=255) aagaaCCCTTAAC‑‑T‑‑‑CA‑ACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCa > 1:229966/1‑141 (MQ=255) | TAATAGGTTTTTAAAGAATGATATTCATGTATTAGAAATTCAAATACACAGTAATTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑T‑‑‑AA‑ACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATC > CP000731/2124‑2404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |