Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	346033	346152	120	8 [7]	[7] 8	[USA300HOU_RS01550]	[USA300HOU_RS01550]

AATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/346131‑346293                       |                                                                                                                                             aaTTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTAt                        >  2:468979/1‑141 (MQ=255)           aGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTAtt              >  2:563948/1‑141 (MQ=255)                    aatTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtatt                                                            >  1:428608/1‑86 (MQ=255)                    aatTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtatt                                                            >  1:428631/1‑86 (MQ=255)                    aatTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtatt                                                            <  2:428608/86‑1 (MQ=255)                    aatTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGtatt                                                            <  2:428631/86‑1 (MQ=255)                     atTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTgtagta    <  1:143727/141‑1 (MQ=255)                       tGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTatt  >  1:506/1‑141 (MQ=255)                       |                                                                                                                                             AATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTAATGAGATGGAAAACCAAAAACAAGGCAATGGCTTAAAAATTGCAACATGGGTATTTATTGTATTAACAGTAGTTACACCGCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/346131‑346293

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑