Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	2089630	2089722	93	9 [7]	[7] 8	sak/lytN_3	Staphylokinase/putative cell wall hydrolase LytN

TTAAAAGAAACTAAAATTACATTAAAAAATAATTAACAAATATTTAACATTTTAACCTAAGAATTAAAACACTTCTTTCACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACACCAACCATCTATAATTTCAAACACATATATTAATGTTCCAGGCGCGT  >  USA300TCH1516_ALE/2089682‑2089863                                          |                                                                                                                                             ttAAAAGAAACTAAAATTACATTAAAAAATAATTAACAAATATTTAACATTTTAACCTAAGAATTAAAACACTTCTTTCACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACaccaacc                                           >  2:523241/1‑141 (MQ=255)             aaaaTTACATTAAAAAATAATTAACAAATATTTAACATTTTAACCTAAGAATTAAAACACTTCTTTCACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACACCAACCATCTATAATTTc                               >  3:67492/1‑141 (MQ=255)                      ttAAAAAATAATTACCAAATAATACACATTTCAAGCTAAGAATTAAAACACTTCTTTCACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGATCCAATAAATGCGCCACCAACCATCTATAATTTCAAACACata                      >  2:513647/1‑141 (MQ=255)                          aaaaTAATTAACAAATATTTAACATTTTAACCTAAGAATTAAAACACTTCTTTCACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACACCAACCATCTATAATTTCAAACACATATAtt                  >  1:114553/1‑141 (MQ=255)                           aaaTAATTAACAAATATTTAACATTTTAACCTAAGAATTAAAACACTTCTTTAACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACACCAACCATCTATAATTTCAAACAAATttatta                 >  3:102264/1‑141 (MQ=255)                              taatTAACAAATATTTAACATTTTAACCTAAGAATTAAAACACTTCTTTCACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACACCAACCATCTATAATTTCAAACACATATATTAATg              >  1:307758/1‑141 (MQ=255)                                atTAACAAATATTTAACATTTTAACCTAAGAATTAAAACACTTCTTTCACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACACCAACCATCTATAATTTCGAACACATATATTAATGtt            >  1:572901/1‑141 (MQ=255)                                          atTTAACATTTTAACCTAAGACTTAAAACACTTCTTTCACAATCAATATCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACACCAACCATCTATAATTTCAAACACATATATTAATGTTCCAGGCCCGt  >  4:264207/1‑141 (MQ=255)                                          |                                                                                                                                             TTAAAAGAAACTAAAATTACATTAAAAAATAATTAACAAATATTTAACATTTTAACCTAAGAATTAAAACACTTCTTTCACAATCAATCTCTCATGCCATATCCACTCATTATGATTGTTCCAATAAATGCGACACCAACCATCTATAATTTCAAACACATATATTAATGTTCCAGGCGCGT  >  USA300TCH1516_ALE/2089682‑2089863

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑