| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2660570 = | 42 (0.920) | 4 (0.100) | 4/234 | NT | 10.1% | intergenic (+12/+237) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2660603 = | 33 (0.800) | intergenic (+45/+204) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV | |||||
AAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCC > USA300TCH1516_ALE/2660431‑2660705 | aaaGAATTTTAGTAACACCGCATATTACTTTCTTCTCTGATGCATCTCTCTAAACGCCTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTa < 1:15685/140‑1 (MQ=255)aaaGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTa < 1:490857/140‑1 (MQ=255) aaGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACATAGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCACTAACACTGGTACATGTGAAACACCCTTAACTTACTTTACATATTTaa > 2:74390/1‑140 (MQ=255) aaGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTAGCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAACCACGTTTAAATTAATATATATATTTac > 2:16910/1‑139 (MQ=255) aGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTaaa > 1:90238/1‑140 (MQ=255) gAATTTTAGTCATACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGAAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTaaaa < 1:480250/140‑1 (MQ=255) gAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTaaaa > 1:111676/1‑140 (MQ=255) tcaacaaatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAg > 2:506494‑M1/136‑140 (MQ=255) ttAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCaaa > 2:349854/1‑140 (MQ=255) ttAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTATGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATAAATTTAAAAACaaa > 2:197676/1‑140 (MQ=255) aatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCAAAgg < 2:521241‑M1/11‑1 (MQ=255) aatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaaacaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCAAAgg < 1:199709‑M1/11‑1 (MQ=255) aatattaatatatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcaataaaatcatttgaatagatggtaaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCAAAgg < 2:442575‑M1/11‑1 (MQ=255) tAACACCACATATTGTTTTCTTCTCTGATGAAACAGTACAAAAACTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACAGATCAAACACGTTTAAATTAATATCTATATTTAAAAGCAAAgctg > 2:283198/1‑137 (MQ=255) cacaTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAt > 1:63352/1‑140 (MQ=255) tatctcaaacaggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgt > 2:362677‑M1/120‑140 (MQ=255) tatTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGc < 1:500941/140‑1 (MQ=255) atTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGcc > 2:109315/1‑140 (MQ=255) atTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGcc < 1:450641/140‑1 (MQ=255) tGCTTTCCTCTCTGATGAAGCAGTACGAAGCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACAGTGGTACATGTGAAACACTTTTAAATTAATATATTTATTTATAAGCAAAGGCGCGTCATGTGTCtt < 2:286559/140‑1 (MQ=255) gCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCttt > 1:67267/1‑140 (MQ=255) tttATTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACCCATCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTGTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGc < 1:14943/140‑1 (MQ=255) ttcttcTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCt < 1:515505/140‑1 (MQ=255) aggttaggcaataatgccatagtaaaataagcgcactaaaatcatttgaatagatgataaaataaagcggattttaatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAACAAAGACGAGCCATGTGCCTTtgcct < 2:348878‑M1/31‑3 (MQ=255) ctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGTCATGTGCCTTTGCTTTTTAtt < 1:282748/140‑1 (MQ=255) gatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAAGATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 2:376829/1‑140 (MQ=255) atgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTg > 2:51493/1‑140 (MQ=255) tgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTGAAACGTAGCTTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATCTTGt < 1:374236/140‑1 (MQ=255) aGCAGTACAAAACCTTATTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTTAAAAACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCATTTGATTTTTATTTTGtata > 1:292967/1‑140 (MQ=255) aGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCt > 1:60913/1‑140 (MQ=255) tACACAGCCGTGTTGAAGGTGTTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGt < 2:154892/140‑1 (MQ=255) tACAAAACCTTGGTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGt < 2:154908/140‑1 (MQ=255) aaaCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGGTTTTTATTTTGTATATCTGTATCa > 2:55085/1‑140 (MQ=255) agccTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGGATATCTGtcgcat < 2:93576/138‑6 (MQ=255) tcTTGTTGAAGTGGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGTAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCaaaa < 2:319387/139‑1 (MQ=255) cTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAAt < 1:549505/140‑1 (MQ=255) ttgttgAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTCAATGAAGACGCACACCTTGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCACAATc > 1:483138/1‑140 (MQ=255) ttgttgAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAACAta > 2:135075/1‑139 (MQ=255) ttgAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGAt < 1:528291/140‑1 (MQ=255) tggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTa < 1:109315/140‑1 (MQ=255) tgtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaa < 1:363822/139‑1 (MQ=255) gtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaaa < 2:67267/140‑1 (MQ=255) tAAACGCAGCCTTATCTGTCATTAACACTGGTACAAAGGATACACGGTTACATTGTCATAGACATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCAATTTGATTAAAATc > 1:129298/1‑140 (MQ=255) tAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAACAAAAGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATc > 1:280270/1‑140 (MQ=255) caTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATTTTTTTAATAGCTTTGGCGCGCCTTGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCtttatt < 1:197282/140‑1 (MQ=255) ttAACACTGGTACATGGGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTAtt < 2:79803/140‑1 (MQ=255) tAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTc > 2:445745/1‑140 (MQ=255) aCAGGTGAAACACGTTTAAATCAATTTATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATTTGTCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCACCTATTCAAATGAtttt < 1:283198/140‑1 (MQ=255) aatcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCATTTGATTTTTATTTTGTATATATGTATCAAAATCGATTTGATTAGAATCCGCTTAATTTTATTATCTATTCAAATGAATTTa < 2:180755‑M1/106‑1 (MQ=255) tcaaatcgattttgatacagatatacaaaataAAGAGCAAAGGCACATGGCGCGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGt < 1:348878‑M1/108‑1 (MQ=255) gtgAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTTTTTTATCTTGTATTCAAATGATTTTAGTg > 2:247841/1‑140 (MQ=255) atcacGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGTCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCt < 1:81267/138‑1 (MQ=255) aaCACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCt > 1:31035/1‑140 (MQ=255) acGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTAt > 1:330842/1‑140 (MQ=255) acGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTAt < 1:458455/140‑1 (MQ=255) gTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTAttt > 1:276675/1‑140 (MQ=255) ttAATATATATATTTAAAACCAAAGGCGCGCCATTTCCTTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTTCATCAAAATCGATTTGCTTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATg < 2:236943/140‑1 (MQ=255) atTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGcc < 2:63352/140‑1 (MQ=255) | AAAGAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCC > USA300TCH1516_ALE/2660431‑2660705 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |