New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | = 1610 | 0 (0.000) | 14 (0.010) | 8/258 | 0.4 | 0.91% | intergenic (+395/‑461) | repA/USA300HOU_pUSA300HOUMR0003 | replication protein A/hypothetical protein |
? | NC_012417 | = 1047 | 3043 (0.870) | coding (148/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
AAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAA > CP000731/1562‑1749 | aTTTTTGTGACAAATGCTGTAGGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatggcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattg > 1:514493‑M1/1‑36 (MQ=255) tgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtacatactcatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgc > 1:230657‑M1/1‑29 (MQ=255) gACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactcttgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgct > 1:38298‑M1/1‑28 (MQ=255) aatgtgtcacAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaataagacattagtcaacactaatgccttaaataatatttttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttctttgtc < 2:428106‑M1/137‑127 (MQ=255) tggtcaCAATCataagacagtacctttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaatagtaattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaatggaatgtgctttttcttcttcgtctgt < 1:347215‑M1/138‑130 (MQ=255) tagacacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgt < 2:85227‑M1/136‑130 (MQ=255) gtgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgt < 2:35713‑M1/140‑130 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgtt > 2:837599‑M1/1‑10 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgtt > 1:916441‑M1/1‑10 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgtt > 1:99679‑M1/1‑10 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgtt > 1:814132‑M1/1‑10 (MQ=255) gggcgcaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgtt < 2:168493‑M1/135‑131 (MQ=255) gtaacaaaagtaatacagtgcttttttataaaaaataaaaaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgctttacgaaattccaaattgcggtaattgtttgtgctttttcttcttcgtctgttg < 2:713144‑M1/137‑132 (MQ=255) gtaacaaaaataagacagtacttttttctaaaaaatcaacaaagaagacattagtcaacactaatgtattaaataatacttttacttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtttgttg > 2:485491‑M1/4‑9 (MQ=255) gtCACAACAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg < 1:419491‑M1/140‑132 (MQ=255) 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(MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 1:593714‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 1:879904‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 1:804390‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 1:409269‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 1:363440‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 1:130232‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 2:751397‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgt > 1:654050‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgactgttg > 2:20431‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgc > 1:150609‑M1/1‑9 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttatacaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgcgctttttcttattcgtctgttgt > 1:484414‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaataagacattagtcaacactaatggcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 2:802602‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcggaattccaaattccggtaattgaatgtgttttttcttctttgtatgtttt > 1:773525‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtcttttgt > 1:446293‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgtttt > 2:102733‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 2:720215‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:973967‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 2:130542‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 2:468458‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 2:336754‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:861468‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:848097‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:831032‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 2:950956‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:858910‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:1005977‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:699984‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:433360‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:564378‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:61035‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:636991‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttattattcgtctgttgt > 1:263484‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgatttttcttcttcgtatgttgt > 1:173572‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgagcattttctacttcgtctgttgt > 1:336651‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaatagcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgcctgttgt > 1:890960‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataagtttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 2:859103‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAacaagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:552538‑M1/140‑133 (MQ=255) tCACAAAAaaaagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagatattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttttttgtctgttgt > 2:645806‑M1/1‑8 (MQ=255) tCAAAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataatgttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 2:108136‑M1/140‑133 (MQ=255) 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1:374111‑M1/1‑3 (MQ=255) aaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataatttcgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttat < 1:210554‑M1/140‑138 (MQ=255) aaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttatc < 1:903988‑M1/140‑139 (MQ=255) aaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttatc < 2:892390‑M1/140‑139 (MQ=255) aataagacagtacttttttataataaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttatct < 2:698936‑M1/140‑140 (MQ=255) aataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaatttaatgtgctttttctgcttcgtctgtggttttatct > 1:454600‑M1/1‑1 (MQ=255) 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2:674882‑M1/1‑1 (MQ=255) aataagaaagtaattttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaagactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgagtgtgctttttcttcttcgtctgttgttttatct < 2:663563‑M1/140‑140 (MQ=255) | AAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAA > CP000731/1562‑1749 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |