| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 4294 = | 10 (1.720) | 12 (0.010) | 8/262 | 0.4 | 0.78% | intergenic (+259/‑206) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | 2073 = | 3033 (0.850) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TTGAAGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAA > CP000731/4155‑4433 | acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 2:185640‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 1:653599‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 2:894136‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 1:799790‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 1:847596‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 2:817565‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 2:771857‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 2:276351‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 2:446323‑M1/1‑1 (MQ=255)acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttataccaattgct < 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2:755325‑M1/3‑1 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcttt < 2:197032‑M1/3‑1 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcttt < 1:961794‑M1/3‑1 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcttt > 2:803711‑M1/138‑140 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcttt > 1:418613‑M1/138‑140 (MQ=255) ttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattcaaattgcttt < 2:577552‑M1/3‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa > 2:1005993‑M1/137‑140 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa < 1:803011‑M1/4‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa < 1:617672‑M1/4‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa < 1:630916‑M1/4‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgaTTTa < 2:32328‑M1/4‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacggattacataagatactatttataccaattgcTTTa < 1:308617‑M1/4‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaagtagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa < 1:610192‑M1/4‑1 (MQ=255) taaagggcgtaacaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTa < 1:966672‑M1/4‑1 (MQ=255) aaagggggtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagatggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt > 2:490826‑M1/136‑140 (MQ=255) aaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttcgatactatttattccaatggcTTTAt < 2:854457‑M1/5‑1 (MQ=255) aaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactattttttccaattgcTTTAt < 1:555993‑M1/5‑1 (MQ=255) 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2:237256‑M1/5‑3 (MQ=255) aaagggcgtaacaaaaaaattagctaagattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttagtccaattgcTTTAt > 2:217280‑M1/136‑140 (MQ=255) aaagagcgtagcaaaaaaatccgctaatcgtgggatacaaggaagcctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattcccattgcttaat < 2:712391‑M1/5‑4 (MQ=255) aagggcgtagcaaacaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaagaatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttaaatactatttattccaattgcTTTAtt < 1:524453‑M1/6‑1 (MQ=255) aagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttatttcaattgctttctt > 2:973354‑M1/135‑137 (MQ=255) aagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAtt < 2:394314‑M1/6‑1 (MQ=255) 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2:152086‑M1/133‑140 (MQ=255) gggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagatggaatcgcagcgacaatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGa < 2:360500‑M1/8‑1 (MQ=255) gcaaaaaacttagctaaaactgggataaaaggaaacctagctggaatcaaaactactttggtttcgaaggatgtacaaggtaatcttaaatacgggtgactttagatcctatttattccaattgcTTTATTGATGTTgag < 2:438981‑M1/15‑1 (MQ=255) aatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGTTAAGTtttgtga > 2:339620‑M1/45‑137 (MQ=255) acgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAggg > 1:699999‑M1/35‑140 (MQ=255) gCCGAAAAAATTTATTGATGTTTAGAA‑‑‑GACCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCaa < 2:650630/140‑1 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |